Wyniki wyszukiwania - BazTech

Ograniczanie wyników

Znaleziono wyników: 3

Liczba wyników na stronie

Wyniki wyszukiwania

Wyszukiwano:
w słowach kluczowych: force field

Sortuj według:

Ogranicz wyniki do:

EDB – baza danych rozkładów energii potencjalnej białek

Mrozek D., Małysiak-Mrozek B., Kozielski S., Kral K., Moczała M., Oleś Ł., Suwała T., Szecówka A.

Studia Informatica

2009

Vol. 30, nr 2B

163-178

Analiza cech strukturalnych i energetycznych białek może być kluczem do zrozumienia, w jaki sposób białka oddziaływają ze sobą w reakcjach komórkowych. Podczas badania złożonych procesów, w których uczestniczą białka, niezwykle pomocne mogą być rozkłady energii potencjalnej na poszczególnych atomach struktury. Baza Energy Distribution Data Bank (EDB, http://edb.aei.polsl.pl) przechowuje rozkłady energii różnych typów dla struktur białkowych pobranych ze znanej amerykańskiej bazy Protein Data Bank. W niniejszym artykule opisujemy cel zbudowanej przez nas bazy EDB, możliwe sposoby jej wykorzystania w badaniach naukowych, możliwości wyszukiwania właściwej informacji i plany dalszego rozwoju.

The analysis of structural and energy features of proteins can be a key to understand how proteins work and interact to each other in cellular reŹactions. The distributions of energy over each atom in protein structures can be very supportive for the studies of the complex processes proteins are involved in. The Energy Distribution Data Bank (EDB, http://edb.aei.polsl.pl) stores a variety of energy distributions for protein molecular structures retrieved from the well-known Protein Data Bank. In the paper, we describe the purpose of the EDB, a possible use of the information stored in it, query possibilities, and plans for future development.

Parametrization of 2-thiouracil and 4-thiouracil in CHARMM all-atom empirical force field

Sarzyńska J., Kuliński T.

Computational Methods in Science and Technology

2005

Vol. 11, nr 1

49-55

A new set of force field parameters complementing the CHARMM27 all atom empirical force field for nucleic acids was developed for 2-thiouracil and 4-thiouracil, two naturally modified RNA bases. The new parameters allow for molecular modeling and molecular dynamics simulations of RNA containing 2-thiouracil and 4-thiouracil.

Theoretical study of new pyranoquinoxaline, pyrimido (pyrido) pyranoquinoxaline and quinoxalinone derivatives

Castro E. A., Moustafa O. S.

Bulletin of the Polish Academy of Sciences. Chemistry

2003

Vol. 51, No. 1

59-69

We present the results of structural theoretical calculations made with the Molecular Mechanics method for a series of new pyranoquinoxaline, pyrimido (pyrido) pyranoquinoxaline and quinoxalinone derivatives which have been recently synthetized. The different contributions to the steric energy are analysed for the new 19 molecules, some particular structural features are discussed and some possible extensions are pointed out.