Wyniki wyszukiwania - BazTech

Ograniczanie wyników

Znaleziono wyników: 2

Liczba wyników na stronie

Wyniki wyszukiwania

Wyszukiwano:
w słowach kluczowych: dane genomowe

Sortuj według:

Ogranicz wyniki do:

Assignment of tasks to machines under data replication with a tie to Steiner systems

Wojciechowski Paweł, Kasprzak Marta

International Journal of Applied Mathematics and Computer Science

2024

Vol. 34, no. 2

263--275

In the paper a problem of assignment of tasks to machines is formulated and solved, where a criterion of data replication is used and a large size of data imposes additional constraints. This problem is met in practice when dealing with large genomic files or other types of vast data. The necessity of comparing all pairs of files within a big set of DNA sequencing results, which we collected, maintained, and analyzed within a national genomic project, brought us to the proposed results. This problem resembles that of generating a particular Steiner system, and a mechanism observed there is employed in one of our algorithms. Based on the problem complexity, we propose two heuristic algorithms, which work very well even for instances with tight constraints and a heterogeneous environment defined. In addition, we propose a simplified method, nevertheless capable of finding very good solutions and surpassing the algorithms in some special cases. The methods are validated in tests on a wide set of instances, where values of parameters reflect our real-world application and where their usefulness is proven.

Algorithm for genetic data analysis – comparison of the frequency of specific mutations in different populations

Marciniak Anna, Tarczewska Martyna, Kloska Sylwester

Zeszyty Naukowe. Telekomunikacja i Elektronika / Uniwersytet Technologiczno-Przyrodniczy w Bydgoszczy

2020

nr 24

5--11

This paper presents a novel algorithm which can be used to analyze genomic data obtained during Next Generation Sequencing (NGS). Due to the interest in the subject among geneticists, it is necessary to develop algorithms and programs which analyze genetic data that will be user-friendly and accessible to people not related to typical bioinformatics. A way of performing comparative analyze, including proper data preprocessing and final data processing is described. Input data for the algorithm are annotated .vcf files. The outcome of presented algorithm is a file with counted percentage of single nucleotide polymorphisms (SNP) in data for every loaded population.

W artykule przedstawiono nowatorski algorytm służący do analizy danych genomowych uzyskanych podczas sekwencjonowania nowej generacji (NGS). Ze względu na zainteresowanie tą tematyką wśród genetyków konieczne jest opracowanie przyjaznych dla użytkownika i dostępnych dla osób niezwiązanych z bioinformatyką algorytmów i programów analizujących dane genetyczne. Opisano sposób przeprowadzania analizy porównawczej, w tym wstępne i końcowe przetwarzanie danych. Dane wejściowe algorytmu to pliki formatu .vcf z adnotacjami. Wynikiem przedstawionego algorytmu jest plik zawierający informacje dotyczące częstości występowania polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (ang. single nucleotide polymorphism, SNP) w badanych populacjach.