Wyniki wyszukiwania - BazTech

1

Bakteriofagi jako kluczowy element w regulacji liczebności, zmienności i bioróżnorodności bakterii

Sitek R., Kowalczewska Z., Sosnowska E., Markwitz P., Drulis-Kawa Z.

Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski

|

2018

|

nr 4

48--54

PL

Bakteriofagi (wirusy infekujące bakterie) są najliczniejszą grupą cząstek biologicznych w środowisku, wpływającą na bioróżnorodność i liczebność bakterii oraz obieg materii organicznej. Pomiędzy fagami a bakteriami występuje relacja drapieżnik – ofiara (pasożyt – żywiciel), która warunkuje zachowanie równowagi w populacjach bakterii zamieszkujących daną niszę ekologiczną, jak również generuje zmienność bakterii poprzez horyzontalny transfer genów. Rosnąca oporność bakterii na antybiotyki spowodowała wzrost zainteresowania fagami jako środkami terapeutycznymi. Zastosowanie w leczeniu znaleźć mogą zarówno same fagi, jak i ich enzymy (lizyny i depolimerazy).

EN

Bacteriophages (viruses that infect bacteria) are the most abundant biological particles in the environment, impacting bacterial number and biodiversity as well as participating in the circulation of organic matter. There is a predator – prey (parasite – host) relation between phages and bacteria, which determines the balance in bacterial populations living in a given ecological niche as well as drives the evolution of bacteria by horizontal gene transfer. The growing antibiotic resistance in bacteria has caused an increasing interest in bacteriophages as therapeutic agents. Both phages and their enzymes (lysins and depolymerases) may be used for treatment.

2

Monitoring of bacterial biodiversity in anaerobic membrane bioreactors (AnMBRs) dealing with wastewater containing X-ray contrast media compounds

Węgrzyn A., Żabczyński S.

Environment Protection Engineering

|

2014

|

Vol. 40, nr 1

151--164

EN

Iodinated contrast media compounds (ICM) have been identified in wastewater within the last 20 years. In this study, the biodiversity of activated sludge in anaerobic membrane bioreactors dealing with synthetic hospital wastewater with addition of ICM was investigated, using fluorescent in situ hybridization (FISH) and denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE). During the adaptation of microorganisms to anaerobic growth conditions and to ICM presence, differences in the content of Alpha- and Betaproteobacteria were noted and bioreactors showed higher biological diversity (H = 2.9), suggesting that ICM were not toxic to the bacteria. The long sludge age had the strongest influence on the composition of activated sludge biocenosis.

3

Nowoczesne metody badania bioróżnorodności biocenoz bakteryjnych w środowisku

Karło A., Ziembińska A.

Chemik

|

2013

|

Vol. 67, nr 11

1105--1114

PL

W analizach biocenoz bakteryjnych coraz powszechniej wykorzystywane są techniki biologii molekularnej. Wśród nich można wyróżnić metodę FISH – fluorescencyjnej hybrydyzacji in situ oraz jej modyfikacje (RING-FISH, Clone-FISH, CARDFISH i MAR-FISH). W artykule opisano też technikę elektroforezy w gradiencie denaturacji (DGGE), bazującą na bakteryjnym markerze molekularnym 16S rRNA oraz cystometrię przepływową. Ze względu na dużą przewagę tych metod nad klasycznymi metodami mikrobiologicznymi, wynikającą między innymi z możliwości analizowania próbek pobieranych bezpośrednio ze środowiska, są one stosowane w biotechnologii środowiskowej, np. w badaniach bakteryjnej biocenozy osadu czynnego, biorącej udział w biologicznym oczyszczaniu ścieków. Możliwe jest również użycie kilku metod, których rezultaty są komplementarne i pozwalają na stworzenie całościowego obrazu badanej biocenozy.

EN

Molecular techniques are very popular in microbial laboratories. Among them FISH- fluorescent in situ hybridization (with modifications like: CARD-FISH, MAR-FISH, RING-FISH, Clone- FISH), DGGE – denaturing gradient gel electrophoresis based on 16S rRNA molecular marker and flow cytometry, are the most popular. These analytical methods are commonly use in bacterial biodiversity research. The analysis can be performed directly on the environmental sample, so these procedures are simpler and faster that traditional ones. Therefore, molecular techniques can be used in aqueous bacterial biocenosis research, such as activated sludge, which takes part in biological wastewater treatment. It is also possible to use a set of molecular methods in order to obtain complimentary results to present total bacterial biocenosis picture.

4

Phylogenetic diversity and abundance of bacteria from surface microlayer and subsurface water in eutrophic lake

Walczak M., Swiontek Brzezinska M.

Polish Journal of Ecology

|

2010

|

Vol. 58, nr 1

177-186

EN

The bacteria from different phylogenetic groups were studied in surface microlayer (SM, up to 100 [mu]m ) versus subsurface water (SW - 20 cm) in eutrophic lake from spring to autumn of 2007. Abundance of bacteria was determined using a combination of direct counting of 4', 6-diamidino-2-phenylindole and the phylogenetic diversity was determined in fluorescence in situ hybridization (FISH) method with group-specific, fluorescently labeled oligonucleotide probes. The numbers of DAPI bacteria varied between 4.75 and fluorescence in situ hybridization (FISH) demonstrated that Eubacteria constituted the majority of the whole bacterial population and their percentage share ranged from 59 to 75%. Abundances of alpha- beta-Proteobacteria and Cytophaga-Flavobacteria groups varied across seasons, layers, and lacustrine zones. The lowest number of alpha-Proteobacteria group bacteria was observed in spring (SM - 0.2 x 10[^6], SW - 0.16 x 10[^6] cells cm[^-3]), whereas the highest in autumn (SM - 0.62 x 10[^6], SW - 1.6 x 10[^6] cells cm[^-3]). The percentage share of these groups of bacteria in the Eubacteria domain was lower in spring (20.50%) than in summer and autumn (from 65 to over 80%). No fixed difference between the composition of SM and SW bacteria was noticed. Seasonally occurred changes are similar in both layers.