Wyniki wyszukiwania - BazTech

Ograniczanie wyników

Znaleziono wyników: 3

Liczba wyników na stronie

Wyniki wyszukiwania

Wyszukiwano:
w słowach kluczowych: biologia obliczeniowa

Sortuj według:

Ogranicz wyniki do:

Grafen – IPPT PAN computer of Biocentrum Ochota grid

Postek E., Kowalewski T. A.

IPPT Reports on Fundamental Technological Research

2014

nr 3

1--164

The report treats on computing cluster in the IPPT. The first part of the report is a user manual of the cluster. In the following, we described chosen applications concerning applications of numerical methods in the computational biology, tectonophysics and fluid mechanics. Finally, we depicted a few selected computer programs that are implemented on the cluster.

Praca traktuje o sposobie użytkowania klastra obliczeniowego znajdującego się w IPPT. Praca zawiera podręcznik użytkownika. W dalszym ciągu zostały opisane wybrane aplikacje dotyczące zastosowań metod numerycznych w problemach biologii obliczeniowej, tektonofizyki i mechaniki płynów. Na zakończenie podane zostały przykłady wybranych implementowanych programów komputerowych wraz z ich krótkimi opisami.

Comparison of selected performances of biological and electronic information processing structures

Moškon M., Zimic N., Stražar M., Mraz M.

Przegląd Elektrotechniczny

2013

R. 89, nr 2a

166--169

We present the information processing perspective on biological systems. Several metrics, similar to the ones used in digital electronic circuits, are introduced. These metrics allow us to compare biological information processing structures with their electronic counterparts, to define the ones with the best dynamical properties, analyse their compatibility and most importantly, automatize their design. Regarding the metric values obtained and used on a simple example, target applications of synthetic information processing biological structures are discussed.

W artykule opisano zagadnienie przepływu informacji w systemach biologicznych. Zastosowano tu odwzorowanie na elementach i obwodach elektronicznych, co pozwoliło na analizę ich własności, w tym dynamicznych oraz zautomatyzowanie projektowania takich modeli. Zawarto także omówienie otrzymanych wyników badań.

Accelerating molecular dynamics computing using iteration space slicing

Palkowski M.

Journal of Applied Computer Science

2013

Vol. 21, nr 2

85--96

Molecular dynamics is an important computational tool to simulate and understand biochemical processes at the atomic level. Accurate modelling of processes such as simulation of the Newtonian equations of motion requires a large number of computation steps for systems with hundreds to millions of particles. In this paper, we present an approach to accelerate molecular dynamics simulations by means of automatic program loop parallelization. To parallelize code of applications, we have used the Iteration Space Slicing framework. The scope of the applicability of the approach is illustrated using the Gromacs package. Results of a performance analysis for parallelized loops executed on a multi-core computer are presented. The future work is discussed.