Wyniki wyszukiwania - BazTech

Ograniczanie wyników

2 Studia Informatica

2 2012

Znaleziono wyników: 2

Liczba wyników na stronie

Wyniki wyszukiwania

Wyszukiwano:
w słowach kluczowych: bioinformatyka strukturalna

Sortuj według:

Ogranicz wyniki do:

Efektywna reprezentacja molekularnych struktur białkowych stosowana w procesie ich porównania

Małysiak-Mrozek B., Mrozek D., Kołkowski Ł.

Studia Informatica

2012

Vol. 33, nr 2A

507-524

Porównanie molekularnych struktur białkowych często jest ważnym procesem towarzyszącym poszukiwaniu podobieństwa strukturalnego białek, identyfikacji ich funkcji, a także badaniu ewolucji organizmów żywych. Efektywna reprezentacja struktur białkowych jest niezwykle istotna dla powodzenia procesu porównania oraz szybkości jego prowadzenia. W niniejszym artykule przedstawiono rozważania na temat wyboru cech reprezentatywnych opisujących struktury białkowe w procesie ich porównywania. Zaprezentowano również badania dotyczące porównania struktur białkowych za pomocą macierzy odległości międzyrezydualnych, transformowanych następnie do macierzy odcieni szarości i opisanych przez współczynnik jakości obrazu Q dla szybszego porównania i wyszukiwania w bazie danych.

Comparison of protein, molecular structures is often an essential component process of protein structure similarity searching, identification of protein functions, and investigation of the evolution of living organisms. Effective representation of protein structures in the comparison process is then very important for its successfulness and swiftness. In the paper, we present considerations on using various, representative features describing protein structures in their comparison. We also show our research on protein structure comparison with the use of intra-residual distance matrices, which are transformed to the grayscale images and described by means of the Universal Image Quality Index for faster comparison and database retrieval.

Dwufazowy algorytm dopasowania w poszukiwaniu podobieństwa struktur białkowych

Krygowski A., Małysiak-Mrozek B., Mrozek D.

Studia Informatica

2012

Vol. 33, nr 2A

525-541

Poszukiwanie podobieństwa strukturalnego białek jest jednym z kluczowych, a zarazem trudnych zadań współczesnej bioinformatyki strukturalnej. Bogata przestrzeń poszukiwań oraz różnorodność cech strukturalnych i funkcjonalnych białek sprawiają, że powstaje wiele algorytmów poszukiwania podobieństwa białek, których działanie opiera się na różnych cechach reprezentatywnych. W niniejszym artykule przedstawiono nowy, dwufazowy algorytm dopasowania struktur białkowych, wykorzystywany w poszukiwaniu podobieństwa białek.

Protein structure similarity searching is one of the key, and yet difficult tasks of modern structural bioinformatics. A reach exploration space and a wide variety of structural and functional features of proteins caused the development of many algorithms of protein similarity searching, whose activity is based on various representative characteristics. In this paper, we present a new, two-phase algorithm for matching protein structures used in the protein similarity searching.