Wyniki wyszukiwania - BazTech

1

Biotypowanie mikroorganizmów za pomocą spektrometrii mas oraz spektroskopii NMR

Mielko Karolina Anna, Młynarz Piotr

Wiadomości Chemiczne

|

2020

|

[Z] 74, 1-2

57--70

EN

Typing microorganisms is a very important element of laboratory diagnostics. Appropriate recognition of the pathogen and determination of its sensitivity to the drugs used is necessary to start treatment. There are many types of microbial typing. The most popular division is genotypic and phenotypic typing (among which biotyping, antibiotic resistance analysis, and protein profile analysis are the most common) or phagotyping) [1, 2]. Recently, there has been a very rapid development of mass spectrometry techniques as a method for identifying microorganisms [3]. Mass spectrometry (MS) and nuclear magnetic resonance spectroscopy (NMR) are methods that allow the comparison of metabolomic profiles of microorganisms. These are also methods commonly used in metabolomics. Metabolomics is a field of science dealing with the analysis of low-mass compounds characteristic of the studied material [4]. Therefore, the use of metabolomics in microbiology allows to identify and discriminate of microorganisms [5]. Recently, the analyzes also apply to metabolites. Many studies focus on the analysis of volatile organic compounds (VOCs) that allow the analysis of samples directly from the patient without the need for isolation of a single microorganism [6, 7]. Recent studies show many possibilities for the use of NMR spectroscopy. The results of the analysis show that it is also a method that allows the identification and differentiation of strains of microorganisms. Thanks to this method it is also possible to determine the origin of the strain or to indicate its resistance to antibiotics. [10, 11]. Improvement of research algorithms used in metabolomics for biotyping microorganisms may in the future allow for the creation of a fast, accurate and cheap way to identify microorganisms. Proteomic tests using the MS method are very popular, in which protein profiles of strains are analyzed and compared. These studies are mainly conducted using MALDI-TOF MS mass spectrometry. This technique is now quite widely used in microbiological diagnostics [10]. The research confirms the high discrimination power of this method [11].

2

Termograwimetria i analiza gazowa. Cz. 5, TGA-mikro GC/MS

Fedelich Nicolas

LAB Laboratoria, Aparatura, Badania

|

2019

|

R. 24, nr 4

28--32

PL

W poprzednich artykułach tej serii poświęconych termograwimetrii i analizie uwolnionych gazów, omówiliśmy analizę termograwimetryczną (TGA) sprzężoną on-line ze spektroskopią w podczerwieni z transformacją Fouriera (FTIR), spektrometrią masową (MS) oraz chromatografią gazową z detektorem MS (GC/MS). W niniejszym artykule, ostatnim w tej serii, omówimy analizę TGA sprzężoną z mikrochromatografią gazową (mikro GC) opcjonalnie wyposażoną w spektrometr masowy.

3

Metody określania struktury polisacharydów

Samaszko-Fiertek J., Kuźma M., Dmochowska B., Ślusarz R., Madaj J.

Wiadomości Chemiczne

|

2016

|

[Z] 70, 5-6

299--318

EN

Sequencing of polysaccharides is difficult to achieve because of the heterogeneous nature of the polysaccharide structure, high molecular weight (the size of a polysaccharide varies between approximately 16,000 and 16,000,000 daltons (Da)), and polydispersity of the polymer chains. The following information is essential to determine the primary structure of a polysaccharide: • monosaccharide composition: nature and molar ratios of the monosaccharide building blocks; • relative configuration of monosaccharides: d or l; • anomeric configuration: α- or β-configuration of the glycosidic linkage; • ring size: presence and distinction of furanosidic and pyranosidic rings; • linkage patterns: linkage positions between the monosugars and branches; • sequences of monosaccharide residues in the repeating units; • substitutions: position and nature of OH–modifications, such as O–phosphorylation, acetylation, O-sulfation, etc.; • molecular weight and molecular weight distribution. A polysaccharide extracted from plant materials or food products is usually purified before being subjected to structural analysis. The first step of characterizing a polysaccharide is the determination of its purity, which is reflected by its chemical composition, including total sugar content, level of uronic acids, proteins, ash, and moisture of the preparation. The second step is the determination of monosaccharide composition, which will unveil structural information such as the number of monosaccharides present in the polysaccharide and how many of each sugar unit. NMR spectroscopy has become the most powerful and noninvasive physicochemical technique for determining polysaccharide structures. It can provide detailed structural information of carbohydrates, including identification of monosaccharide composition, elucidation of α- or β-anomeric configurations, establishment of linkage patterns, and sequences of the sugar units in oligosaccharides and/or polysaccharides. Monosaccharide composition can be determined also by analysis of totally acid hydrolyzed polysacharide using high performance liquid chromatography (HPLC) or gas chromatography (GC). The ring size and glycosidic linkage positions of sugar units in a polysaccharide could be established by methylation analysis and/or cleavage reduction. The anomeric configuration is conventionally determined by oxidation, and this method can be combined with mass spectrometry to obtain more structural information.

4

Analiza syntetycznych polimerów biodegradowalnych metodą spekrometrii mas z udziałem matrycy (MALDI-TOF) kontra pomiary za pomocą wzmocnienia laserowej desorpcji/jonizacji (ELDI-TOF) z wykorzystaniem parylenu

Miksa B., Potrzebowski M. J.

Przetwórstwo Tworzyw

|

2014

|

[R.] 20, nr 1 (157)

50--55

PL

Metody spekrometrii mas w tym MALDI-TOF (matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight) umożliwiają analizę mas cząsteczkowych polimerów syntetycznych (w tym biodegradowalnych) przez dobranie matrycy ułatwiającej ich jonizację lub jak w przypadku ELDI (enhanced laser desorption/ionization) w wyniku zastosowania modyfikowanej powierzchni ułatwiającej jonizację próbek. Ciecze jonowe będące solami N,N-diizopropyloetyloaminy (DEA) oraz kwasów: 2,5-dihydroksybenzoesowego (DHB), 3-indoloakrylowego (IAA) oraz 2-(4-hydroxyfenylazo)benzoesowego (HABA) znalazły zastosowanie jako matryce jonowe do wyznaczania ciężarów cząsteczkowych polilaktydów o Mw ≥ 4000 metodą MALDI-TOF. Polimery o niskich masach molowych ≤ 2000 mogą być łatwo analizowane bez udziału matrycy na powierzchni płytki pokrytej parylenem-N (poli(p-ksylylenem), PPX), który ułatwia proces laserowej desorpcji/jonizacji próbki (LDI) eliminując sygnały pochodzące od matrycy, zakłócające analizę widma masowego związków o niskich - zbliżonych do matrycy ciężarach cząsteczkowych. Zastosowanie parylenu-N do pokrywania powierzchni płytek poddanych silnej energii lasera wywołującego jonizację analizowanej próbki, nie powoduje pojawienie się dodatkowych sygnałów wynikających z obecności parylenu w widmie masowym, zakłócających interpretację otrzymanych ciężarów cząsteczkowych polilaktydu.

EN

Mass spectrometry MALDI-TOF (matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight) enables spectral analysis of synthetic biodegradable polymers with the addition of ammonium salts using ionic matrices from N,N-diisopropylethylamine (DEA) and DHB (2,5-dihydroxybenzoic acid), IAA (3-indoleacrylic acid), and HABA (2-(4-hydroxyphenylazo) benzoic acid. However, the MALDI mass spectra of polymers of molecular mass up to 1000 Da are often heavily populated with peaks originating from the matrix and matrix secondary reaction products that introduce noise, making it difficult to interpret peaks in this region of the mass spectrum. Thus, polymers of molecular masses up to a few kDa can be analyzed, without the use of a matrix, by direct laser desorption/ionization (LDI). We used ELDI-TOF (enhanced laser desorption/ionization time-of-flight) for the rapid characterization of molecules directly from the support covered with a thin layer of parylen-N (poly(p-ksylylenes)). Hydrophobic parylen used as a support on the target plate influenced on decreasing the area size of the droplets, thus concentrating the spot including a sample of the polymer.

5

Mass spectrometry of compounds with high molecular mass. Part 1

Przybylski R.

Aparatura Badawcza i Dydaktyczna

|

2013

|

T. 18, nr 3

205-214

EN

Assessment of food quality and authenticity has been of great importance for years to provide safe food and in compliance with regulations. This includes control of food processing and preparation, sources and treatment of food and raw materials. From chemical point of view food and raw materials used for it production are very complex in compounds playing important role in human health and food formulation. Additionally, nutritional aspects of food components suddenly are recognized, even further complicate analytical approach. Today's approach to analyze and quantify compounds of interest present in complex food matrix requires utilization of efficient isolation, separation and identification techniques. Due to very efficient separation by HPLC this method is very often used, mainly because it is possible to analyze non-volatile components usually without prior derivatization. GC has very limited application, even when offering better separation, because components to be analyzed have to be volatile enough or need to be derivatized to volatilize them. These separation techniques are usually hyphenated with specific and highly sensitive detectors including mass spectrometer (MS) which provides information about chemical structure of the molecules.

PL

Ocena jakości i autentyczności żywności ma duże znaczenie dla dostarczania żywności bezpiecznej, odpowiadającej przepisom. Ocena ta obejmuje kontrolę procesów produkcji i przygotowania żywności oraz surowców do jej wytwarzania. Z chemicznego punktu widzenia żywność i surowce stosowane do jej produkcji są bardzo złożoną mieszaniną związków chemicznych mających duże znaczenie dla zdrowia człowieka i składu produktu żywnościowego. Dodatkowo, aspekty odżywcze składników żywności są poznawane komplikując analizę. Współczesne podejście do jakościowej i ilościowej analizy interesujących związków chemicznych w złożonej matrycy żywności wymaga stosowania dobrych metod ich izolacji, rozdzielania i identyfikacji. Ze względu na bardzo dobrą rozdzielczość HPLC jest ona bardzo często stosowana. Umożliwia ona analizę związków nielotnych, zwykle bez konieczności derywatyzacji. GC ma bardzo ograniczone zastosowanie, chociaż umożliwia lepsze rozdzielanie, ponieważ analizowane składniki muszą być odpowiednio lotne lub wymagają przekształcenia w związki lotne. Te techniki rozdzielania są zwykle łączone ze specyficznymi i zapewniającymi wysoką wykrywalność detektorami, w tym spektrometrami mas, które pozwalają otrzymywać informacje o strukturze chemicznej cząsteczek.

6

Charakteryzacja właściwości mechanicznych warstw węglowych na UHDPE

Batory D., Grabarczyk J., Kaczorowski W.

Engineering of Biomaterials

|

2008

|

Vol. 11, no. 76

24--27

PL

Polietylen dużej gęstości (UHDPE - Ultra High Density Polyethylene) jest jednym z najpopularniejszych polimerów stosowanych w medycynie. Z materiałem tym bardzo często możemy się spotkać w konstrukcjach stawów biodrowych czy kolanowych, gdzie nie bez znaczenia są ich odpowiednie właściwości mechaniczne. W zastosowaniach, gdzie wymagany jest niski współczynnik tarcia i wysoka odporność na zużycie, warstwy węglowe wydają się być najlepszym rozwiązaniem. Dodatkowo oprócz pozytywnego wpływu warstw węglowych na właściwości mechaniczne, powłoki te wpływają na poprawę biozgodności pokrywanych materiałów. Celem przeprowadzonych badań była charakteryzacja mechanicznych właściwości warstw węglowych wytworzonych na podłożu UHDPE z użyciem różnych metod CVD i PVD. Najistotniejszym zagadaniem było zbadanie zależności pomiędzy współczynnikiem tarcia i odpornością na zużycie a zastosowaną metodą i parametrami wytwarzania warstw. Badania trybologiczne zostały wykonane metodą pin-on-disc. Uzyskane wyniki wskazują na możliwości wykorzystania warstw węglowych na podłożu polimeru UHDPE jako powłok poprawiających odporność na zużycie oraz zmniejszających współczynnik tarcia.

EN

Ultra High Density Polyethylene (UHDPE) is one of the most popular polymer materials widely used in medicine. Very often UHDPE it utilised in hip joint and knee constructions, were its perfect mechanical properties are very important. Carbon-based layers seem to be very attractive material for many applications where low friction coefficient and high wear resistant are needed. Beside of positive mechanical properties these layers improve biocompatibility of covered surfaces. The aim of the study was the characterization of mechanical properties of different types of carbon-based layers manufactured with use of CVD and PVD methods on UHDPE. Precisely the purpose was to find the correlation between obtained friction and wear parameters and applied method and the deposition parameters. The friction coefficient and wear resistance were measured by the pin-on-disc method. As a result of the investigations it was noticed that hard carbon layers deposited on Ultra High Density Polyethylene’s surface noticeably improve its wear resistance and ensure very low friction coefficient.

7

Spektrometria mas w analizie elementarnej - techniki procedury pomiarowej, cz I

Wojciechowski M., Krata A., Bulska E.

Analityka : nauka i praktyka

|

2008

|

nr 3

4-8

8

Multinuclear NMR and MS Characterization of Silver(I) Perfluorocarboxylates Complexes with 1,4-Bis(diphenylphosphino)butane

Szymańska I., Goliński A., Pazderski L., Szłyk E

Polish Journal of Chemistry

|

2007

|

Vol. 81, nr 3

299-311

EN

Ag(I) perfluorinated carboxylates complexes with 1,4-bis(diphenylphosphino)butane (dppb) of general formulae [Ag2(dppb)(RCOO)2]n, where R = C2F5, C3F7, C4F9, C6F13, C8F17 have been prepared and characterized by MS, 1H, 13C, 19F, 31P NMR and IR spectroscopy. In the solid state Ag(I) compounds are most likely tetranuclear species bridged by both diphosphines and carboxylates, because MS studies revealed multinuclear metallated species with bridging dppb and carboxylates. Variable temperature (VT) 31P NMR spectra demonstrate that studied complexes form binuclear species bonded by diphosphine with intermolecular diphosphine exchange, in chloroform solution. Thermal studies of Ag(I) compounds revealed three stages decomposition processes (exothermic) resulting in metallic silver formation in the range 713-853 K.

9

Spektrometria mas we współczesnej analityce. Część VI: Badanie specjacji pierwiastków metodami sprzężonymi z ICP-MS

Ruszczyńska A., Bulska E.

Analityka : nauka i praktyka

|

2007

|

nr 1

6-9

10

Przełomowe techniki wykrywania biomarkerów białkowych

Meyer M., Ketterlinus R., Deiniger S.- O., Ebert M., Roecken C.

Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski

|

2006

|

nr 8-9

49--50

PL

Obecnie opracowywane są nowe zastosowania spektrometrii mas w proteomice, mające szansę w najbliższej przyszłości na wdrożenie w laboratoriach klinicznych. Pośród nich dwie bardzo obiecujące techniki już wzbudziły zainteresowanie w kręgach zajmujących się badaniami klinicznymi, a mianowicie profilowanie biomarkerów techniką MALDI MS oraz obrazowanie MALDI (MALDI Imaging).

EN

New mass spectrometric (MS) proteomics technologies are currently under investigation which have the potential to reach the clinical laboratory in the near future. Of these two very promising techniques have already gained much interest in the clinical research community, namely biomarker profiling by MALDI MS and MALDI imaging technology.

11

Identyfikacja modyfikacji posttranslacyjnych peptydów

Hartmer R., Lubeck M.

Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski

|

2006

|

nr 8-9

46--48

PL

Nowatorski system tandemowej spektrometrii mas tandemowej spektrometrii mas (PTM Discovery System), oferuje użytkownikowi możliwość zastosowania dwóch różnych metod fragmentacji MS: CID (ang. – collision induced dissociation) oraz ETD (ang. – electron transfer dissociation), których wyniki doskonale się uzupełniają. Informacje uzyskane przy pomocy obu technik idealnie nadają się do analizy modyfikacji posttranslacyjnych (PTM) białek, np. fosforyzacji. Fragmentacja oparta na metodzie ETD, podobnie jak powszechnie znana metoda CID, pozwala na szybką identyfikację peptydów w połączeniu z technikami rozdziału online.

EN

A novel tandem mass spectrometry instrument (PTM Discovery System) offers the application of two different MS fragmentation techniques (i.e. collision induced dissociation, CID, and electron transfer dissociation, ETD) showing highly complementary fragmentation results. The information obtained from both techniques is ideally suited for the characterization of post translational modification (PTM), such as phosphorylation. ETD based fragmentation shows a similar short duty cycle as common CID, allowing fast peptide identification and characterization in combination with online separation techniques.

12

Spektrometria mas we współczesnej analityce. Część V: Zastosowanie układu ICP-MS w chemii analitycznej

Ruszczyńska A., Bulska E.

Analityka : nauka i praktyka

|

2006

|

nr 4

9-15

13

Spektrometria mas we współczesnej analityce. Część IV: Interferencje w ICP-MS i sposoby ich eliminacji

Ruszczyńska A., Bulska E.

Analityka : nauka i praktyka

|

2006

|

nr 3

10-15

14

Synthesis and Characterization of Ionic Cu(I) Perfluorocarboxylate Compounds with 1,4-Bis(diphenylphosphino)butane

Szymańska I., Pazderski L., Kucharek R., Szłyk E.

Polish Journal of Chemistry

|

2005

|

Vol. 79 / nr 11

1705-1711

EN

A series of ionic Cu(I) perfluorocarboxylate compounds with 1,4-bis(diphenyl - phosphino)bu tane (dppb) of gen eral formula [Cu(dppb)2](RCOO), where R = C2F5, C3F7, C4F9, C6F13, C8F17, was prepared and characterized with MS, IR and 1H, 13C, 19F, 31P NMR spectroscopy. The studied species contained monomeric, bis-chelated [Cu(dppb)2]+ cations and uncoordi nated RCOO- anions. The Cu(I) coordi nation of the diphosphines resulted in slight high-frequency shifts of the 31P NMR resonances of the equivalent phosphorus atoms.

15

Acidity of the N+Ch2 Protons in N-Phenacyl-R-pyridinium Bromides

Szafran M., Szwajca A.

Polish Journal of Chemistry

|

2004

|

Vol.78 /nr 11-12

2131-2140

EN

UV-Vis, FTIR, 1H and 13C NMR and MS spectra of 19 N-phenacyl-R-pyridinium bromides and their ylides were measured and analysed. In crystals the investigated salts appear as keto-tautomer, but in water solutions in a keto-enol tautomeric equilibrium. In most salts, the N+CH2 hydrogens, undergo fast hydrogen-deuterium exchange in neutral D2O at room temperature, which confirms the presence of some amount of enolic tautomers in aqueous solutions. The intensity of the ylide bands in the 385-480 nm region is substituent and time dependent and reflects the rates of their formation and decomposition. The ylides with electron-withdrawing substituents form and decompose much faster than those with electron-donating ones.

16

Zmiana składu próbki w analizie przepływowej z detekcją spektrometrii atomowej i spektrometrii mas

Pyrzyńska K.

Analityka : nauka i praktyka

|

2004

|

nr 1

4-9

PL

Analiza przepływowa to jedna z koncepcji mechanizacji postępowania analitycznego, której istotą jest prowadzenie etapu detekcji analitu w warunkach przepływu analizowanej próbki.

17

New Copper(I) Perfluorinated Carboxylates Complexes with Bis(diphenylphosphine)methane

Szłyk E., Kucharek R., Szymańska I.

Polish Journal of Chemistry

|

2001

|

Vol. 75, nr 3

337-344

EN

Copper(I) perfluorinated carboxylates complexes with bis(diphenylphosphine)methane (dppm) of general formula [Cu2(ž-dppm)3(RCOO)2] dppm, whereR=C2F5, C4F9, C6F13, C8F17, C9F19, have been prepared and characterized by vibrational, 31P CPMASNMRand 13C CPTOSSB NMR mass spectra in the solid state. 1H, 13C, 19F NMR and variable temperature 31P NMR spectra were measured in solution. Temperature variable 31P NMR spectra revealed at least three dimeric species in equilibrium. IR and mass spectra analyses suggest dimeric complexes with three bridging diphosphines and monodentate carboxylates in the solid state.

18

Ocena stopnia zanieczyszczenia środowiska w rejonach użytkowanych przez wojsko. Cz. 1, Badania pozostałości materiałów wybuchowych

Błądek J., Rostkowski A., Neffe S., Zdrojewski A.

Biuletyn Wojskowej Akademii Technicznej

|

2000

|

Vol. 49, nr 11

67-81

PL

Przedstawiono wyniki badań nad zastosowaniem chromatografii cienkowarstwowej (TLC) do pomiarów zanieczyszczeń wód i gleb materiałami wybuchowymi i wybranymi produktami ich przemian w środowisku. TLC wykorzystano jako metodę analityczną oraz jako technikę przygotowania próbek do analizy, sprzęgając ją z chromatografią gazową (GC) i spektrometrią masową (MS). Opracowano układy chromatograficzne odpowiednie do rozdziału składników mieszanin badanych analitów oraz do ich wydzielenia od innych, nie oznaczanych składników matryc. Wytypowano najkorzystniejsze techniki wydobywania analitów z matryc, oszacowano odzyski i błędy oznaczeń. W analizach z zastosowaniem TLC/GC/MS określono parametry analityczne badanych substancji (wartości Rf, czasy retencji i widma masowe), które wykorzystano w badaniach weryfikacyjnych. Stwierdzono zanieczyszczenia (głównie gleb) w rejonach użycia i magazynowania materiałów wybuchowych, wykazując potrzebę monitoringu użytkowanych przez wojsko.

EN

The results of invastigation are presented on the use of thin layer chromatography (TLC) for measurement of pollution of waters and soils by explosives and by selected products of theirs transformations in environment. The TLC analytic method was coupled with the gas chromatography (GC) and the mass spectrometry (MS). Using the TLC/GC/MS methods the analytical parameters of the studied substances were defined (the Rf values, the retention times and the mass spectra), which were used in the verification studies. The pollution (mainly of soils) has been found in the regions of using and storing the explosives, which indicates the monitoring need of the army utilized regions.