Preferencje help
Widoczny [Schowaj] Abstrakt
Liczba wyników

Znaleziono wyników: 4

Liczba wyników na stronie
first rewind previous Strona / 1 next fast forward last
Wyniki wyszukiwania
Wyszukiwano:
w słowach kluczowych:  DNA isolation
help Sortuj według:

help Ogranicz wyniki do:
first rewind previous Strona / 1 next fast forward last
1
Content available remote The adjustment of granular sludge DNA isolation for PCR-based methods
EN
European Union regulations require very high standards of wastewater treatment due to both, economic and environmental reasons. Thus wastewater treatment plants are searching for new, efficient technologies to obtain the best quality of WWTPs’ effluent. Among other biological methods granular sludge is known to be effective and useful way for sewage purification due to its better sedimentation properties. Granular sludge is interesting also from microbial ecology point of view. The composition of the granules is very difficult to be analyzed with traditional cultivation methods so molecular tools usage is advisable. In order to perform any molecular analysis DNA isolation is required. In this article we compared two DNA isolation methods – mechanical method and commercial GeneMatrix Soil DNA Isolation Kit (Eurx) and two ways of granular sludge preparation with PBS washing before isolation to check does the method of isolation and preparation influence further laboratory procedures, such as polymerase chain reaction (PCR) amplification and denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) separation and fingerprint obtainment. It was stated that there is no influence of the DNA isolation method on the amount of PCR products obtained, but it influences qualitative DGGE resolution and bioinformatical analysis of the results.
PL
Regulacje Unii Europejskiej zaostrzają standardy dotyczące ścieków oczyszczonych, zarówno z powodów ekonomicznych, jak i ochrony środowiska. Dlatego też oczyszczalnie ścieków poszukują nowych, wydajniejszych technologii oczyszczania ścieków. Wśród tych metod osad granulowany wydaje się być efektywną i użyteczną drogą oczyszczania ścieków, ze względu na lepsze niż tradycyjny osad czynny właściwości sedymentacyjne. Osad granulowany jest interesujący również z punktu widzenia ekologii mikroorganizmów. Analiza składu granul jest niezmiernie trudna do wykonania tradycyjnymi metodami mikrobiologicznymi, dlatego też do takich badań niezbędne jest wykorzystanie metod biologii molekularnej. W celu prowadzenia analiz z zakresu biologii molekularnej konieczne jest izolowanie DNA bakteryjnego. W tej pracy podjęto próbę porównania izolacji DNA dwiema metodami – mechaniczną i z użyciem komercyjnego zestawu odczynników GeneMatrix Soil DNA Isolation Kit (Eurx) oraz wykorzystano dwie modyfikacje przygotowania materiału do izolacji poprzez płukanie buforem PBS. Badania miały na celu określenie, czy procedury przygotowawcze i metoda izolacji mają wpływ na efektywność dalszych procedur badawczych, takich jak amplifikacja z użyciem łańcuchowej reakcji polimerazy (polymerase chain reaction, PCR) oraz rozdział w gradiencie czynnika denaturującego (denaturing gradient gel electrophoresis; DGGE) i uzyskanie wzorów struktury genotypowej zbiorowiska. W badaniach wykazano, że wybór metody izolacji nie ma większego wpływu na ilość uzyskanego produktu PCR, ma jednak wpływ na jakość rozdziału DGGE i wynik analizy bioinformatycznej uzyskanych wyników.
2
PL
Intensywny rozwój nauk biologicznych, zarówno w dziedzinie medycyny, kryminalistyki, jak i szeroko rozumianych badań związanych z biotechnologią, stworzył potrzebę doskonalenia technik analitycznych. Na szczególną uwagę zasługują metody biologii molekularnej bazujące na analizie kwasów nukleinowych, charakteryzujące się wysoką czułością i powtarzalnością. Pozwalają one na precyzyjną identyfikację śladów biologicznych, ocenę zmian w profilach ekspresji genów, a także pełną ewaluację bioróżnorodności nisz środowiskowych. Kluczowym elementem determinującym efektywność przeprowadzanych analiz jest etap pozyskiwania (izolacji) materiału genetycznego. Wyraźnie dostrzega się tendencje rozwoju technologii w kierunku zwiększenia przepustowości oraz dokładności izolacji DNA. Aktualnie możliwe jest pokonanie ograniczeń związanych z metodą manualnej izolacji poprzez zastosowanie gotowych zestawów oraz robotów automatycznych umożliwiających pracę z wieloma setkami prób jednocześnie. Celem badań było przeprowadzenie walidacji wybranych metod izolacji genomowego DNA. Wykorzystano trzy komercyjne zestawy. Dwa z nich, dedykowane platformie automatycznej BioRobot M48 Robotic Workstation (Qiagen), bazowały na zjawisku immobilizacji DNA na złożach z cząstkami paramagnetycznymi: QIAsymphony DNA Investigator Kit (Qiagen) oraz MagAttract® DNA Mini M48 (Qiagen). Trzeci zestaw, Sherlock AX (A&A Biotechnology), przeznaczony był do manualnej izolacji genomowego DNA i wykorzystywał mechanizm adsorbcji kwasów nukleinowych na membranach jonowymiennych połączonej ze strącaniem DNA izopropanolem. Ocenie poddano wykrywalność, powtarzalność, i odtwarzalność. Wyniki wskazują, że wszystkie analizowane metody pozwalają na izolację materiału genetycznego o wysokich standardach, który może być wykorzystany w dalszych procedurach badań molekularnych.
EN
The intensive development of biological sciences, both in the field of medicine and broadly defined biotechnology, created the need to improve the analytical techniques. Molecular biology methods based on the analysis of nucleic acids with high sensitivity and reproducibility deserve special attention. They facilitate precise identification of biological traces, assessing changes in gene expression profiles and complete evaluation of environmental niches biodiversity. The main factor determining effectiveness of analysis is a stage of genetic material isolation. There is a clear trend to increase the capacity and accuracy of DNA isolation. Currently it is possible to overcome the limitations associated with manual isolation techniques. Using of kits and automated robots facilitates working with hundreds of samples simultaneously. The aim of the study was to validate the selected genomic DNA isolation methods. Three commercial kits were used. Two of them, which are dedicated to the automatic platform BioRobot M48 Robotic Workstation (Qiagen), are based on the DNA adsorption on silica beads convenient handling of magnetic particles: QIAsymphony Investigator DNA Kit (Qiagen) and MagAttract® DNA Mini M48 (Qiagen). A third kit Sherlock AX (A&A Biotechnology) for manual isolation of genomic DNA are based on the mechanism of nucleic acin adsorption on ion exchange beads combined with the isopropanol precipitation of DNA. The determination limit, reproducibility and repeatability were evaluated. The results indicate that all of the analysed methods allow the isolation of high-quality genetic material, which can be used in subsequent molecular testing procedures.
EN
The aim of this work was to develop an improved method for isolation and purification of genomic DNA from filamentous cyanobacteria. The method described here employs a modified phenol extraction-based procedure. It allowed us to obtain a high yield (60-620 μg/g wet weight, depending on the cyanobacterial strain) of pure and undegraded genomic DNA (A260/A280 ratio of about 1.8 and A260/A230 ratio of about 2.0). Genomic DNA, isolated from cyanobacteria belonging to the genera Anabaena, Nodularia and Nostoc has been successfully used for construction of gene libraries. Thus, this method can be used in procedures requiring highly purified cyanobacterial DNA.
PL
Separacja i oczyszczanie kwasów nukleinowych jest podstawowym etapem większości procedur i technik stosowanych w biologii molekularnej. Istnieje wiele metod izolacji DNA, w wyniku których otrzymuje się DNA biologicznie aktywny, chemicznie stabilny oraz wolny od RNA i białek. Nanocząstki magnetyczne z rdzeniem Fe3O4 pokryte otoczką aminosilanową, zostały zsyntetyzowane celem oceny ich przydatności w zakresie separacji makromolekuł (DNA). Zastosowanie nanocząstek do izolacji kwasów nukleinowych może stanowić podstawę do ustalenia nowych standardów diagnostycznych w biologii molekularnej.
EN
The separation and purification of nucleic acids is an essential step in most of the procedures and techniques used in molecular biology. There are many procedures describing the method of DNA isolation, which result in obtaining a RNA-free DNA, proteins and other compounds that may interfere in subsequent analyzes. Magnetic nanoparticles coated by aminosilanes, were synthesized in order to assess their suitability for the separation of macromolecules (DNA). The use of nanoparticles for the isolation of nucleic acids may provide the basis for setting new standards for diagnostic molecular biology.
first rewind previous Strona / 1 next fast forward last
JavaScript jest wyłączony w Twojej przeglądarce internetowej. Włącz go, a następnie odśwież stronę, aby móc w pełni z niej korzystać.