Wyniki wyszukiwania - BazTech

Ograniczanie wyników

1 Studia Informatica

1 2011

Powiadomienia systemowe

Sesja wygasła!
Sesja wygasła!

Znaleziono wyników: 1

Liczba wyników na stronie

Wyniki wyszukiwania

Sortuj według:

Ogranicz wyniki do:

Integracja i wizualizacja danych strukturalnych na przykładzie baz sieci biologicznych

Świder K., Jędrzejec B., Jakobus D.

Studia Informatica

2011

Vol. 32, nr 2A

199-212

Do najważniejszych zadań biologii systemowej należy badanie sieci biologicznych, celem ich lepszego poznania i praktycznego wykorzystania. W artykule przedstawiono zintegrowane środowisko BiNArr do wstępnego przetwarzania oraz wizualizacji danych, pochodzących z wybranych baz sieci biologicznych. Zaproponowano jednolitą grafową reprezentację struktur pozyskanych z oryginalnych zasobów oraz przygotowano moduły do ich wizualizacji i edycji. Przewidziano także możliwość eksportu grafów w formatach wymaganych przez aplikacje drążenia grafów. Do prezentacji wybranych funkcji systemu posłużyły – udostępnione w bazach KEGG – mapy szlaków metabolicznych oraz sieci oddziaływań białko-białko, pozyskane z za-sobów DIP.

The investigation of biological networks for their better understanding and making available for practical use is currently the important task in systems biology. The paper presents an integrated environment BiNArr aimed to perform some data preparation operations as well as visualization of the network data stored in biological databases. We proposed the unified graph representation for the structures extracted from original resources and developed the modules for their visualization and edition. Another important feature is the automatic coding of the resulting graphs in several formats required by different graph mining applications. In order to present some capabilities of the application, the structures from example databases representing metabolic pathways (KEGG) as well as protein-protein interactions (DIP) were used.