Wyniki wyszukiwania - BazTech

1

Scenariusze użycia systemu MAS4PSi w diagnostyce medycznej

Górczyńska-Kosiorz S., Małysiak-Mrozek B., Mrozek D.

Studia Informatica

|

2013

|

Vol. 34, nr 2A

337--352

PL

System MAS4PSi (Multi Agent System For Protein Similarity searching) pozwala na szybkie, skalowalne i niezawodne poszukiwanie podobieństwa strukturalnego białek. Poszukiwanie podobieństwa strukturalnego białek jest kluczowe w prowadzeniu badań nad różnymi procesami biologicznymi i innymi obszarami, które mają swoją podstawę w tych procesach biologicznych. Celem niniejszego artykułu jest przybliżenie i określenie możliwych scenariuszy wykorzystania zbudowanego systemu MAS4PSi w powszechnie rozumianej diagnostyce medycznej zarówno na etapie opracowywania eksperymentów pomocnych we wprowadzeniu nowych badań, jak i na etapie typowo diagnostycznym.

EN

MAS4PSi (Multi-Agent System For Protein Similarity searching) is a system that allows fast, scalable and reliable protein structure similarity searching. Protein structure similarity searching is crucial in conducting research on a variety of biological processes, and other areas that have their basis in these biological processes. The purpose of this article is to define and present possible scenarios of using the MAS4PSi system in a broadly understood medical diagnostics, both in the design of experiments supporting new research, as well as the typical diagnostic stage.

2

Porównanie wydajności wybranych narzędzi odwzorowania obiektowo-relacyjnego

Oleś W., Małysiak-Mrozek B., Mrozek D.

Studia Informatica

|

2013

|

Vol. 34, nr 2A

123--144

PL

W artykule przedstawiono wyniki badań, w których przeprowadzono analizę porównawczą pod względem czasów wykonania oraz generacji kodu języka SQL narzędzi odwzorowań obiektowo-relacyjnych na podstawie platformy .NET. Wyniki analizy i przeprowadzonych eksperymentów zostały zilustrowane wykresami i odpowiednio zinterpretowane. W artykule opisano także projekt systemu pozwalającego na przeprowadzenie takich badań oraz strukturę bazy danych zawierającej niezbędne dane testowe.

EN

In this paper we present the results of research, in which we conducted a comparative analysis taking into account execution time and generation of SQL code of the object-relational mapping tools based on the .NET platform. The results of the analysis and the experiments are illustrated by the charts and properly interpreted. In this paper we also describe the design of the system supporting the conduct of such research and the structure of the database containing the necessary test data.

3

Efektywna reprezentacja molekularnych struktur białkowych stosowana w procesie ich porównania

Małysiak-Mrozek B., Mrozek D., Kołkowski Ł.

Studia Informatica

|

2012

|

Vol. 33, nr 2A

507-524

PL

Porównanie molekularnych struktur białkowych często jest ważnym procesem towarzyszącym poszukiwaniu podobieństwa strukturalnego białek, identyfikacji ich funkcji, a także badaniu ewolucji organizmów żywych. Efektywna reprezentacja struktur białkowych jest niezwykle istotna dla powodzenia procesu porównania oraz szybkości jego prowadzenia. W niniejszym artykule przedstawiono rozważania na temat wyboru cech reprezentatywnych opisujących struktury białkowe w procesie ich porównywania. Zaprezentowano również badania dotyczące porównania struktur białkowych za pomocą macierzy odległości międzyrezydualnych, transformowanych następnie do macierzy odcieni szarości i opisanych przez współczynnik jakości obrazu Q dla szybszego porównania i wyszukiwania w bazie danych.

EN

Comparison of protein, molecular structures is often an essential component process of protein structure similarity searching, identification of protein functions, and investigation of the evolution of living organisms. Effective representation of protein structures in the comparison process is then very important for its successfulness and swiftness. In the paper, we present considerations on using various, representative features describing protein structures in their comparison. We also show our research on protein structure comparison with the use of intra-residual distance matrices, which are transformed to the grayscale images and described by means of the Universal Image Quality Index for faster comparison and database retrieval.

4

Dwufazowy algorytm dopasowania w poszukiwaniu podobieństwa struktur białkowych

Krygowski A., Małysiak-Mrozek B., Mrozek D.

Studia Informatica

|

2012

|

Vol. 33, nr 2A

525-541

PL

Poszukiwanie podobieństwa strukturalnego białek jest jednym z kluczowych, a zarazem trudnych zadań współczesnej bioinformatyki strukturalnej. Bogata przestrzeń poszukiwań oraz różnorodność cech strukturalnych i funkcjonalnych białek sprawiają, że powstaje wiele algorytmów poszukiwania podobieństwa białek, których działanie opiera się na różnych cechach reprezentatywnych. W niniejszym artykule przedstawiono nowy, dwufazowy algorytm dopasowania struktur białkowych, wykorzystywany w poszukiwaniu podobieństwa białek.

EN

Protein structure similarity searching is one of the key, and yet difficult tasks of modern structural bioinformatics. A reach exploration space and a wide variety of structural and functional features of proteins caused the development of many algorithms of protein similarity searching, whose activity is based on various representative characteristics. In this paper, we present a new, two-phase algorithm for matching protein structures used in the protein similarity searching.

5

Architektura hierarchicznego systemu wieloagentowego dla procesu poszukiwania podobieństwa białek

Małysiak-Mrozek B., Momot A., Mrozek D., Momot M.

Studia Informatica

|

2012

|

Vol. 33, nr 2A

83-97

PL

Poszukiwanie podobieństwa strukturalnego białek jest procesem niezwykle złożonym obliczeniowo i czasochłonnym, a jednocześnie istotnym z punktu widzenia zrozumienia działania i funkcji cząstek białkowych. Jednym ze sposobów przyspieszenia tego procesu jest jego zrównoleglenie przez rozproszenie obliczeń na wielu komputerach. W niniejszym artykule przedstawiono zaprojektowaną przez autorów architekturę hierarchicznego systemu wieloagentowego wykorzystywanego w poszukiwaniu podobieństwa białek. Zaprezentowano również różne scenariusze użycia i implementacji tej architektury w poszukiwaniu podobieństwa molekuł biologicznych. Dodatkowo przedstawiono wyniki eksperymentów numerycznych potwierdzających przydatność zaprojektowanej architektury w procesie eksploracji struktur białkowych.

EN

Protein structure similarity searching is a very complex and time-consuming process. One of the possibilities how we can accelerate the process is parallelization by distributing the computational procedure on multiple computers. In the paper, we present the architecture of the hierarchical multi-agent system dedicated to protein structure similarity searching. We also demonstrate different scenarios how this architecture can be used and modified in similarity searching of biological molecules. Additionally, we show results of several numerical experiments confirming a suitability of the presented architecture in the exploration of protein structures.

6

Uniwersalna platforma wieloagentowa UMAP

Waligóra I., Małysiak-Mrozek B., Mrozek D.

Studia Informatica

|

2011

|

Vol. 32, nr 2B

85-100

PL

Systemy wieloagentowe pozwalają tworzyć własne rozwiązania programowe oparte na grupach współpracujących ze sobą agentów, realizujących wspólne cele. W niniejszym artykule przedstawiono nową, uniwersalną platformę wieloagentową UMAP, która dostarcza gotowych rozwiązań w zakresie tworzenia agentów programowych, pozostawiając programistom jedynie konieczność zaimplementowania logiki działania agentów, adekwatnie do realizowanego projektu. W artykule przedstawiono informacje dotyczące działania utworzonej platformy, jej architekturę oraz podstawy teoretyczne i standardy, na podstawie których została ona zaprojektowana.

EN

Multi-agent systems allow to build custom software solutions that work on the basis of groups of cooperating agents, realizing a common goal. In the paper, we present a new, universal multi-agent platform (UMAP), which provides ready to use solutions for the implementation of software agents, leaving the programmers only the necessity to implement business logic of agents, according to the expected deliverables. We also show various considerations related to the functioning of the UMAP platform, its architecture, theoretical foundations and standards underlying the design of the platform.

7

Recovery Manager – jak dobrze i szybko odtworzyć bazę danych w SZBD Oracle

Małysiak-Mrozek B., Mrozek D.

Studia Informatica

|

2011

|

Vol. 32, nr 2B

227-247

PL

W artykule przedstawiono cechy narzędzia RMAN, służącego do wykonywania procesów archiwizacji i odtwarzania bazy danych, dostarczanego wraz z instalacją systemu Oracle. Omówiono różne sposoby wykonywania kopii zapasowych oraz zaproponowano odpowiednie strategie odzyskiwania i odtwarzania bazy danych. Każda strategia została zilustrowana odpowiednim przykładem zastosowania.

EN

In this article we present the features of the RMAN tool. This tool is used to backup and recover a database and belongs to the installation packet of DBMS Oracle. We describe different ways of creating database backups and we propose appropriate strategies of database restore and recovery. Each solution was illustrated by the adequate example of usage.

8

Eksploracja danych genetycznych bazy GenBank z wykorzystaniem usług sieciowych

Siążnik A., Małysiak-Mrozek B., Mrozek D.

Studia Informatica

|

2011

|

Vol. 32, nr 3B

35-51

PL

National Center for Biotechnology Information (NCBI) gromadzi ogromne liczby danych opisujących różne organizmy biologiczne na wiele różnych sposobów. Dane te są przechowywane we właściwych bazach danych, zarządzanych przez NCBI. Baza danych GenBank jest jedną z najbardziej znanych na świecie baz NCBI przechowujących dziesiątki milionów sekwencji nukleotydowych DNA i RNA. W niniejszym artykule przedstawiono autorski system eksploracji danych genetycznych bazy GenBank. System search GenBank pozwala nie tylko wyszukiwać i przeglądać dane biologiczne bazy GenBank, ale także łączyć znalezione wpisy bazy GenBank z danymi w innych bazach danych NCBI, dając w ten sposób możliwość międzybazowej eksploracji danych.

EN

National Center for Biotechnology Information (NCBI) collects huge amounts of data describing various biological organisms in several ways. These data are stored in appropriate databases, managed by the NCBI. GenBank is one of the world's most famous NCBI database storing tens of millions of nucleotide sequences of DNA and RNA. In this article, we present a new system designed to explore genetic data in the GenBank database. The search GenBank system not only allows to search and browse biological data in the GenBank, but also combine the GenBank database entries with items in other NCBI databases. Therefore, the search GenBank provides the cross-database exploration possibilities.

9

Język zapytań dla molekularnych struktur białkowych

Wieczorek D., Małysiak-Mrozek B., Mrozek D.

Studia Informatica

|

2010

|

Vol. 31, nr 2A

267-287

PL

Reprezentacja białek w postaci struktury drugorzędowej dostarcza ważnych informacji dotyczących budowy białek i jest często wykorzystywana w procesie poszukiwania podobieństwa białek. Ponieważ istniejące komercyjne systemy zarządzania bazami danych nie udostępniają zintegrowanych sposobów zaawansowanego przetwarzania danych biologicznych na poziomie języka SQL, proces poszukiwania podobieństwa strukturalnego jest zwykle realizowany przez narzędzia zewnętrzne. W niniejszym artykule przedstawiono opracowany i zaimplementowany przez autorów język PSS-SQL, pozwalający na poszukiwanie w bazie danych białek o strukturze drugorzędowej podobnej do struktury wyspecyfikowanej przez użytkownika. W ten sposób otrzymujemy łatwy w zapisie, deklaratywny język do poszukiwania podobieństwa strukturalnego białek.

EN

Secondary structure representation of proteins provides important information regarding protein general construction and shape. This representation is often used in protein similarity searching. Since existing commercial database management systems do not offer integrated exploration methods for biological data e.g. at the level of the SQL language, the structural similarity searching is usually performed by external tools. In the paper, we present our newly developed PSS-SQL language, which allows searching the database in order to identify proteins having secondary structure similar to the structure specified by the user in a PSS-SQL query. Therefore, we provide a simple and declarative language for protein structure similarity searching.

10

Hurtownia danych rozmytych: podstawy teoretyczne i praktyczne aspekty użycia

Miłek M., Małysiak-Mrozek B., Mrozek D.

Studia Informatica

|

2010

|

Vol. 31, nr 2A

489-504

PL

Współczesne systemy analityczne coraz częściej sięgają po nowe sposoby analizy danych oparte na rozmytym wnioskowaniu i przetwarzaniu informacji, która nie zawsze jest reprezentowana w sposób precyzyjny. W niniejszym artykule zaprezentowano nowatorski, w pełni funkcjonalny, opracowany i zrealizowany przez autorów system hurtowni danych rozmytych (FDW, Fuzzy Data Warehouse). Hurtownia danych rozmytych stanowi repozytorium danych, które przechowuje zarówno dane precyzyjne, jak i dane rozmyte oraz pozwala na klasyczne i rozmyte przetwarzanie zgromadzonych w niej danych. W artykule zebrano najważniejsze cechy funkcjonalne systemu FDW oraz wykonanej przez autorów aplikacji analitycznej FDW Browser, należącej do klasy narzędzi eksploracji danych Fuzzy-OLAP.

EN

Modern analytical tools increasingly make use of new ways of data analysis that base on fuzzy reasoning and fuzzy processing of information. In the paper, we present a Fuzzy Data Warehouse system (FDW), which we have designed and developed. Fuzzy Data Warehouse (FDW) is a data repository, which contains fuzzy data and allows a fuzzy processing of the data. In the paper, we focus on the most important functional features of the FDW system and our newly developed FDW Browser, which is an analytical application adhering to the Fuzzy-OLAP class of data exploration tools.

11

Architektura systemu i praktyczne aspekty implementacji hurtowni danych rozmytych

Miłek M., Małysiak-Mrozek B., Mrozek D.

Studia Informatica

|

2010

|

Vol. 31, nr 2A

505-516

PL

Wprowadzenie rozmytości do systemów hurtowni danych pozwala na przetwarzanie danych na wyższym poziomie abstrakcji i wprowadza możliwość analizy danych o nieprecyzyjnym charakterze. Ponadto, umożliwia wyrażanie różnych wskaźników biznesowych w języku naturalnym przy użyciu ogólnych sformułowań typu: dużo, mało, około 10, prawie wszyscy i in., reprezentowanych przez odpowiednie funkcje przynależności. Implementacja hurtowni danych rozmytych i narzędzi analizy danych wykorzystujących elementy logiki rozmytej napotyka na szereg problemów natury technicznej, występujących po stronie istniejących systemów zarządzania bazą danych. W niniejszym artykule, na przykładzie systemu zrealizowanego przez autorów, zaprezentowano architekturę i praktyczne aspekty implementacji hurtowni danych rozmytych.

EN

Incorporation of fuzziness into data warehouse systems gives the opportunity to process data at higher level of abstraction and improves the analysis of imprecise data. It also gives the possibility to express business indicators in natural language using terms, like: high, low, about 10, almost all, etc., represented by appropriate membership functions. There are many technical, server-side problems that appear while developing the Fuzzy Data Warehouse with the use of existing database management systems (DBMSs). In the paper, we show architecture and practical aspects of the implementation of the Fuzzy Data Warehouse system based on our own personal experiences.

12

A method for matching sequences of protein secondary structures

Wieczorek D., Małysiak-Mrozek B., Kozielski S., Mrozek D.

Journal of Medical Informatics & Technologies

|

2010

|

Vol. 16

133--137

EN

Alignment of specific regions of two biological molecules is a basic method for determination how similar these two molecules are. There are several methods of optimal alignment that were developed through many years. However, they are dedicated for nucleotide sequences of DNA⁄RNA or amino acid sequences of proteins. Since the construction of proteins can also be analyzed at the level of secondary structure (and higher), we need a comparative method, which would allow us to determine the similarity between biological particles at this level and express it through the appropriate similarity measure. For this reason, we have modified an existing Smith–Waterman method towards matching sequences of secondary structures elements (SSEs). In the paper, we present our modification to the method. We also describe how we find several alternative and equally optimal alignment paths on the basis of the characteristics of compared sequences. Presented alignment method is used in the PSS–SQL language, which allows searching a database in order to find proteins having secondary structures similar to the structural pattern specified by a user.

13

A declarative query language for protein secondary structures

Wieczorek D., Małysiak-Mrozek B., Kozielski S., Mrozek D.

Journal of Medical Informatics & Technologies

|

2010

|

Vol. 16

139--148

EN

Searching proteins on their secondary structures provides a rough and fast method of identification of molecules having a similar fold. Since existing database management systems do not offer integrated exploration methods for querying protein structures, the structural similarity searching is usually performed by external tools. This often lengthens the processing time and requires additional processing steps, like adaptation of input and output data formats. In the paper, we present the extended SQL language, which allows searching a database in order to find proteins having secondary structures similar to the structural pattern specified by a user. Presented query language is integrated with the relational database management system and it simplifies the manipulation of biological data.

14

EDB – baza danych rozkładów energii potencjalnej białek

Mrozek D., Małysiak-Mrozek B., Kozielski S., Kral K., Moczała M., Oleś Ł., Suwała T., Szecówka A.

Studia Informatica

|

2009

|

Vol. 30, nr 2B

163-178

PL

Analiza cech strukturalnych i energetycznych białek może być kluczem do zrozumienia, w jaki sposób białka oddziaływają ze sobą w reakcjach komórkowych. Podczas badania złożonych procesów, w których uczestniczą białka, niezwykle pomocne mogą być rozkłady energii potencjalnej na poszczególnych atomach struktury. Baza Energy Distribution Data Bank (EDB, http://edb.aei.polsl.pl) przechowuje rozkłady energii różnych typów dla struktur białkowych pobranych ze znanej amerykańskiej bazy Protein Data Bank. W niniejszym artykule opisujemy cel zbudowanej przez nas bazy EDB, możliwe sposoby jej wykorzystania w badaniach naukowych, możliwości wyszukiwania właściwej informacji i plany dalszego rozwoju.

EN

The analysis of structural and energy features of proteins can be a key to understand how proteins work and interact to each other in cellular reŹactions. The distributions of energy over each atom in protein structures can be very supportive for the studies of the complex processes proteins are involved in. The Energy Distribution Data Bank (EDB, http://edb.aei.polsl.pl) stores a variety of energy distributions for protein molecular structures retrieved from the well-known Protein Data Bank. In the paper, we describe the purpose of the EDB, a possible use of the information stored in it, query possibilities, and plans for future development.