Wyniki wyszukiwania - BazTech

1

Rule based functional description of genes – Estimation of the multicriteria rule interestingness measure by the UTA method

Gruca A., Sikora M.

Biocybernetics and Biomedical Engineering

|

2013

|

Vol. 33, no. 4

222--234

EN

In this paper we present new extension of RuleGO rule generation method. The method was designed to discover logical rules including combination of GO terms in their premises in order to provide functional description of analyzed gene signatures. As the number of obtained rules is typically huge, filtration algorithm is required to select only the most interesting ones. Rule interestingness measures currently used within the RuleGO method do not always allow for the selection of the rules according to user's subjective preferences. In this paper we propose an application of the UTA method for estimation of the multicriteria rule interestingness measure reflecting expert's subjective rule evaluation. In the presented method, each of the rules is characterized by a vector of values reflecting its quality due to the different parial interestingness measures. From the designated set of rules a set of representative rules is selected and presented to an expert who orders the rules based on his preferences. Using the information about the order and values of the partial interestingness measures, the additive multicriteria interestingness measure is estimated. The measure is estimated in such a way that the rule ranking obtained by this function is consistent with the ranking given by an expert. The presented approach is applied to three microarray data sets and obtained rule orders are compared with rule orders generated with the standard RuleGO rule evaluation method. Presented method allows obtaining the rule ranking that is better correlated with expert ranking than the ranking obtained in the standard way.

2

Application of binary similarity measures to analysis of genes represented in gene ontology domain

Kozielski M., Gruca A.

Studia Informatica

|

2012

|

Vol. 33, nr 2A

543-554

EN

The work presents application of four binary similarity measures to analysis of Gene Ontology data. The measures are analysed and compared with semantic measure calculating term and gene similarity. Two kinds of experiments performed on two gene datasets show that binary similarity measures are valuable and interesting methods for the considered application.

PL

Artykuł przedstawia zastosowanie czterech binarnych miar podobieństwa do analizy danych z ontologii Gene Ontology. Miary są analizowane i porównywane z semantyczną miarą wyznaczającą podobieństwo genów na podstawie podobieństwa terminów ontologii. Przeprowadzone zostały dwa typy eksperymentów na dwóch zbiorach danych o różnej charakterystyce. Eksperymenty te pokazują, że binarne miary podobieństwa są wartościowymi i interesującymi metodami analizy dla opisywanego zastosowania.

3

Visual comparison of clustering gene ontology with different similarity measures

Kozielski M., Gruca A.

Studia Informatica

|

2011

|

Vol. 32, nr 2A

169-180

EN

The work presents comparison of four Gene Ontology term similarity measures combined with two methods calculating gene similarity on the basis of terms similarity. Visual comparison of clustering results, where different clustering methods were applied, indicates the best combination of similarity methods that can be utilised in a clustering process.

PL

W artykule przedstawiono porównanie czterech miar podobieństwa terminów ontologii genowych w połączeniu z dwoma miarami podobieństwa genów, przypisanych do tych terminów. Porównane zostały wizualne wyniki grupowania (takie, jak dendrogram), uzyskane za pomocą dwóch algorytmów różnego typu. Wyniki analizy pokazują, które połączenie miar podobieństwa niesie najwięcej informacji wykorzystywanej w procesie grupowania.

4

Quality improvement of rule-based gene group descriptions using information about GO terms importance occurring in premises of determined rules

Sikora M., Gruca A.

International Journal of Applied Mathematics and Computer Science

|

2010

|

Vol. 20, no 3

555-570

EN

In this paper we present a method for evaluating the importance of GO terms which compose multi-attribute rules. The rules are generated for the purpose of biological interpretation of gene groups. Each multi-attribute rule is a combination of GO terms and, based on relationships among them, one can obtain a functional description of gene groups. We present a method which allows evaluating the influence of a given GO term on the quality of a rule and the quality of a whole set of rules. For each GO term, we compute how big its influence on the quality of generated set of rules and therefore the quality of the obtained description is. Based on the computed quality of GO terms, we propose a new algorithm of rule induction in order to obtain a more synthetic and more accurate description of gene groups than the description obtained by initially determined rules. The obtained GO terms ranking and newly obtained rules provide additional information about the biological function of genes that compose the analyzed group of genes.

5

SMPDV - a new jitter estimator proposal

Skurowski P., Gruca A.

Studia Informatica

|

2008

|

Vol. 29, nr 4B

37-47

EN

Multimedia streaming transmission might be affected by jitter - short term packet delivery delay variation. To avoid transmission errors there are de-jitter buffers used, therefore it is necessary to estimate the current jitter although it is impossible to calculate straight value on-line. The situation is complicated by various jitter causes and its appearances. In the paper authors propose their own approach to measuring jitter and a simple estimator that is compared to already existing ones.

PL

Strumieniowanie multimediów w czasie rzeczywistym może zostać zakłócone przez jitter - krótkotrwałą zmienność opóźnień czasu transmisji. Aby zapobiegać zakłóceniom transmisji, stosowane są odpowiednie bufory. Niewykonalne jest wyliczanie na bieżąco jittera z jego definicji - stąd konieczność oszacowania chwilowej wartości. Sytuację komplikuje fakt, iż jitter może mieć różne przyczyny i postaci. Autorzy proponują własne podejście do pomiaru zmienności opóźnienia i prostą miarę zmienności opóźnienia, która jest porównywana z innymi metodami.

6

Analysis of GO composition of gene clusters by using multiattribute decision rules

Gruca A.

Biocybernetics and Biomedical Engineering

|

2008

|

Vol. 28, no. 4

21-32

EN

In this paper, a novel method for characterizing the Gene Ontology (GO) composition of the gene clusters on basis of the decision rules is presented. The rules are expressed as logical functions of the Gene Ontology terms which are interpreted as binary attributes. A new method for evaluating the quality of decision rules based on statistical significance is developed. The presented approach is applied to the well-known data set and the results are compared with the results obtained by other authors.

7

TRS library - tool for inducing and postprocessing of decision rules

Sikora M., Gruca A., Gruca R.

Studia Informatica

|

2005

|

Vol. 26, nr 4

5-21

EN

This paper presents TRS library, which implements decision rules induction algorithms based on tolerance rough sets model. Algorithms used for filtering and approximating rules proposed by their authors arę significant part of the library. Until nów the library was available as a binary file or using command linę interpreter. Recently graphical user interface was created to simplify experiments and analysis.

PL

W artykule opisano bibliotekę TRS, udostępniającą indukcję reguł decyzyjnych za pomocą tolerancyjnego modelu zbiorów przybliżonych. Ważną częścią biblioteki są zaproponowane przez jej autorów algorytmy, umożliwiające filtrację i uogólnianie wyznaczonych reguł. Dotychczas korzystanie z biblioteki było możliwe za pośrednictwem wersji skompilowanej lub poprzez opracowany interpreter skryptów, obecnie opracowano również interfejs użytkownika, dzięki czemu łatwiej można przeprowadzać eksperymenty i analizy.

8

Synchronous recording TDC during the cylinder pressure acquisition

Cupiał K., Dużyński A., Gruca A., Grzelka J.

Journal of KONES

|

2003

|

Vol. 10, No. 3-4

51-57

EN

The authors present digital acquisition system, which enable one channel simultaneous recording of the cylinder pressure in internal combustion engine, pulse signal generated by electronic TDC detector and puls e signal initiated by spark discharge. One can record cylinder pressure with frequency of20 MS/s in time domain (at 1000 RPM this respond measurement with resolution of 0,006 graduate CA) and analysis of expanded and closed indicator diagram. The obtained results were compared with standard indication system results, obtained by measurement with resolution of 1 graduate CA.

PL

Streszczenie W pracy omówiono cyfrowy układ pomiarowy pozwalający zrealizować równoczesną jednohanalową rejestrację szybkozmiennego przebiegu ciśnienia w cylindrze silnika tłokowego i impulsowego sygnału wytwarzanego w elektronicznym detektorze położenia ZZP oraz impulsowego sygnału inicjującego wyładowanie iskrowe w instalacji zapłonowej. Układ ten pozwala rejestrować w funkcji czasu i analizować m.in. otwarte i zamknięte wykresy indykatorowe z częstotliwością próbkowania do 20MHz, co dla n=1000 obr/min odpowiada dyskretyzacji wykresu, co 0,006°OWK. W pracy zawarto także porównanie wyników indykowania uzyskanych przy pomocy tego systemu z wynikami uzyskanymi z wykorzystaniem klasycznego przetwornika kąta obrotu wału o rozdzielczości 1 °OWK.