Wyniki wyszukiwania - BazTech

Ograniczanie wyników

1 Bio-Algorithms and Med-Systems

1 2006

Znaleziono wyników: 1

Liczba wyników na stronie

Wyniki wyszukiwania

Sortuj według:

Ogranicz wyniki do:

The ligand database server

Broniatowska E, Stępień O., Roterman I.

Bio-Algorithms and Med-Systems

2006

Vol. 2, no. 4

21--24

The new database (library) of all smal molecules - ligands creating complexes with protein molecules deposited in the Protein Data Bank is provided. The library contains complete Chemical information for all ligands making possible calculations for the complex; e.g. the ground state electronic structure and partial charges, both calculated by quantum-chemical methods and non-bonding parameters. These properties of ligand molecule are important for computer simulation of protein-ligand interactions. The ligand library can be useful in designing the biochemical experiments such as identification of possible ligands for proteins or drug design in the sense of similarity search to natural ligand for potential competitive inhibitors. The server is freely available via website: www.bioinformatics.cm-uj.krakow.pl/ligands.

Artykuł przedstawia nową bazę danych (bibliotekę) zawierającą ligandy - molekuły tworzące naturalne kompleksy z białkami, zebranymi w bazie Protein Data Bank (PDB). Prezentowana biblioteka zawiera pełną charakterystykę liganda, niezbędną w symulacjach komputerowych kompleksów białko-ligand, np.: ładunki cząstkowe, parametry niewiążące van der Waalsa oraz parametry potencjału torsyjnego. Informacje zawarte w bazie mogą być również wykorzystane w opracowywaniu biochemicznych eksperymentów, takich jak identyfikacja możliwych ligandów białek czy projektowanie leków, przez podobieństwo do naturalnych ligandów, jako potencjalnych inhibitorów kompetycyjnych. Baza jest dostępna na stronie internetowej: www.bioinforma-tics.cm-uj.krakow.pl/ligands.