Symulacja elektroforezy DNA metodą automatów komórkowych

• Autorzy: Krawczyk M. , Kułakowski K.
• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

Podajemy opis nowego automatu komórkowego, służącego do symulacji procesu elektroforezy żelowej DNA. Cechy szczególne automatu to zależność rozmiaru otoczenia i długości kroku czasowego od stanu układu. Zależności te odzwierciedlają cechy układu równań różniczkowych, zaproponowanego w literaturze do opisu elektroforezy. Automat jest deterministyczny, co odpowiada znanym regułom Monte-Carlo zastosowanym dla elektroforezy w niskiej temperaturze i wysokim polu elektrycznym. Wyniki symulacji świadczą o tym, że w takich warunkach zdolność rozdzielcza elektroforezy silnie zależy od długości łańcucha.

Słowa kluczowe

PL

automat komórkowy; symulacja; proces elektroforezy

• Wydawca: Polskie Towarzystwo Matematyczne
• Czasopismo: Matematyka Stosowana : matematyka dla społeczeństwa
• Rocznik: 2002
• Tom: Nr 3
• Strony: 1--12
• Opis fizyczny: Bibliogr. 16 poz., rys., wykr.

Twórcy

autor

Krawczyk M.

• Wydział Fizyki i Techniki Jądrowej, Akademia Górniczo-Hutnicza, al. Mickiewicza 30, 30-059 Kraków

autor

Kułakowski K.

• Wydział Fizyki i Techniki Jądrowej, Akademia Górniczo-Hutnicza, al. Mickiewicza 30, 30-059 Kraków

Bibliografia

• [1] S. Carlson, Sortowanie cząsteczek polem elektrycznym, Świat Nauki 2/99.
• [2] S. Magnusdottir, B. Akerman, M. Jonsson, J. Phys. Chem. 98 (1994) 2624.
• [3] J. M. Deutsch, J. Chem. Phys. 90 (1989) 7436.
• [4] S. Popelka, Z. Kabatek, J.-L. Viovy, B. Gas, J. Chromatogr. A 838 (1999) 45.
• [5] N. Lee, S. Obukhov i M. Rubinstein, Electrophoresis 17 (1996) 1011.
• [6] M. J. Krawczyk, K. Kułakowski, A. Z. Maksymowicz, Computer Physics Comm. (2002), w druku.
• [7] S. Wolfram, Cellular Automata and Complexity, Addison-Wesley, Reading, 1994.
• [8] K. Kułakowski, Automaty komórkowe, OEN AGH, Kraków, 2000.
• [9] M. E. J. Newman, G. T. Barkema, Monte Carlo Methods in Statistical Physics, Clarendon Press, Oxford, 1999, Chpt. 12.
• [10] T. A. J. Duke, J. L. Viovy, J. Chem. Phys. 96 (1992) 8552.
• [11] N. G. van Kampen, Procesy stochastyczne w fizyce i chemii, PWN, Warszawa, 1990.
• [12] M. J. Krawczyk, J. Dulak, K. Kułakowski, Electrophoresis 23 (2002) 182.
• [13] G. W. Slater, Electrophoresis 14 (1993) 1.
• [14] G. W. Slater, C. Desruisseaux, S. J. Hubert, J.-F. Mercier, J. Labrie, J. Boileau, F. Tessier, M. P. Pepin, Electrophoresis 21 (2000) 3873.
• [15] J.-L. Viovy, Rev. Mod. Phys. 72 (2000) 813.
• [16] F. Robert, Discrete Iterations. A Metric Study, Springer, Berlin, 1986.