Historia sekwencjonowania genomów roślinnych

• Autorzy: Puchta Marta , Bolc Paulina , Włodarczyk Sylwia , Groszyk Jolanta , Boczkowska Maja
• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

Obecnie dostępnych jest 576 sekwencji genomów dla 383 gatunków roślin. Do ich sekwencjonowania wykorzystano wszystkie omówione artykule technologie. Jednak tylko nieliczne sekwencje udało się złożyć z taką dokładnością jak genom rzodkiewnika, gdzie w obrębie 140 Mpz ciągłości brakuje jedynie w 161 miejscach.

Słowa kluczowe

PL

rośliny; genomy roślinne; sekwencjonowanie genomów; metody sekwencjonowania

EN

plants; plant genomes; genome sequencing; sequencing methods

• Wydawca: ELAMED Media Group
• Czasopismo: Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski
• Rocznik: 2020
• Tom: nr 2
• Strony: 22--27
• Opis fizyczny: Bibliogr. 29 poz., rys.

Twórcy

autor

Puchta Marta

• Krajowe Centrum Roślinnych Zasobów Genowych, Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin - Państwowy Instytut Badawczy

autor

Bolc Paulina

• Krajowe Centrum Roślinnych Zasobów Genowych, Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin - Państwowy Instytut Badawczy

autor

Włodarczyk Sylwia

• Krajowe Centrum Roślinnych Zasobów Genowych, Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin - Państwowy Instytut Badawczy

autor

Groszyk Jolanta

• Krajowe Centrum Roślinnych Zasobów Genowych, Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin - Państwowy Instytut Badawczy

autor

Boczkowska Maja

• Krajowe Centrum Roślinnych Zasobów Genowych, Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin - Państwowy Instytut Badawczy

Bibliografia

• 1. Kuroiwa T. et al.: Genome size of the ultrasmall unicellular freshwater green alga, Medakamo hakoo 311, as determined by staining with 4’, 6-diamidino-2-phenylindole after microwave oven treatments: II. Comparison with Cyanidioschyzon merolae, Saccharomyces cerevisiae (n, 2n), and Chlorella variabilis. „Cytologia”, 201 6, 81 (1), 69-76.
• 2. Pellicer J., Fay M.F., Leitch I.J.: The largest eukaryotic genome of them all? „Botanical Journal of the Linnean Society”, 2010, 164 (1), 10-15.
• 3. Soltis P.S. et al.: Polyploidy and genome evolution in plants. „Current Opinion in Genetics & Development”, 2015, 35, 119-125.
• 4. Van de Peer Y., Maere S., Meyer A.: The evolutionary significance of ancient genome duplications. „Nature Reviews Genetics”, 2009, 10 (10), 725-732.
• 5. Salman-Minkov A., Sabath N., Mayrose I.: Whole-genome duplication as a key factor in crop domestication. „Nature Plants”, 2016, 2 (8), 1-4.
• 6. Appels R. et al.: Shifting the limits in wheat research and breeding using a fully annotated reference genome. „Science”, 2018, 361 (6403).
• 7. JiaYan W. et al.: Systematic analysis of in tron size and abundance parameters in diverse lineages. „Science China Life Sciences”, 2013, 56 (10), 968-974.
• 8. Morley S.A., Nielsen B.L.: Plant mitochondrial DNA. „Molecules”, 2017, 15, 17.
• 9. Maxam A.M., Gilbert W.: A new method for sequencing DNA. „Proceedings of the National Academy of Sciences”, 1977, 74 (2), 560-564.
• 10. Sanger F., Nicklen S., Coulson A.R.: DNA sequencing with chain - terminating inhibitors. „Proceedings of the National Academy of Sciences”, 1977, 74 (12), 5463-5467.
• 11. Zimmermann J. et al.: Automated Sanger dideoxy sequencing reaction protocol. „FEBS Letters”, 1988, 233 (2), 432-436.
• 12. Luckey J.A. et al.: High speed DNA sequencing by capillary electrophoresis. „Nucleic acids research”, 1990, 18 (15), 4417-4421.
• 13. Tabor S., Richardson C.C.: DNA sequencing with pyrophosphatase. 1996, Google Patents.
• 14. Voelkerding K.V., Dames S.A., Durtschi J.D.: Next-generation sequencing: from basic research to diagnostics. „Clinical Chemistry”, 2009, 55 (4), 641-658.
• 15. Rothberg J.M. et al.: An integrated semiconductor device enabling non-optical genome sequencing. „Nature”, 2011, 475 (7356), 348-352.
• 16. Rusk N.: Torrents of sequence. „Nature Methods”, 2010, 8 (1), 44.
• 17. Ginolhac A. et al.: Improving the performance of true single molecule sequencing for ancient DNA. „BMC Genomics”, 2012, 13 (1), 177.
• 18. Eid J. et al.: Real-time DNA sequencing from single polymerase molecules. „Science”, 2009, 323 (5910), 133-138.
• 19. Mikheyev A.S., Tin M.M.: A first look at the Oxford Nonopore MinlON sequencer. „Molecular Ecology Resources”, 2014, 14 (6), 1097-1102.
• 20. Tyler A.D. et al.: Evaluation of Oxford Nanopore's MinION sequencing device for microbial whole genome sequencing applications. „Scientific Reports”, 2018, 8 (1), 1-12.
• 21. Arabidopsis Genome Initiative: Analysis of the genome sequence of the flowering plant Arabidopsis thaliana. „Nature”, 2000, 408 (6814), 796.
• 22. Michael T.P., Jackson S.: The first 50 plant genomes. „The Plant Genome”, 2013, 6 (2).
• 23. Wóycicki R. et al.: The genome sequence of the North-European cucumber (Cucumis sativus L.) unravels evolutionary adaptation mechanisms in plants. „PloS One”, 2011, 6 (7).
• 24. Potato Genome Sequencing Consortium: Genome sequence and analysis of the tuber crop potato. „Nature”, 2011, 475 (7355), 189.
• 25. Garsmeur O. et al.: A mosaic monoploid reference sequence for the highly complex genome of sugarcane. „Nature Communications”, 2018, 9 (1), 1-10.
• 26. Cochrane G. et al.: The international nucleotide sequence database collaboration. „Nucleic Acids Research”, 2016, 44.
• 27. Kersey P.J.: Plant genome sequences: past, present, future. „Current Opinion in Plant Biology”, 2019, 48, 1-8.
• 28. Twyford A. D.: The road to 10,000 plant genomes. „Nature Plants”, 2018, 4 (6), 312-313.
• 29. Lewin H.A. et al.: Earth BioGenome Project: Sequencing life for the future of life. „Proceedings of the National Academy of Sciences”, 2018, 115 (17), 4325-4333.

Uwagi

PL

Opracowanie rekordu ze środków MNiSW, umowa Nr 461252 w ramach programu "Społeczna odpowiedzialność nauki" - moduł: Popularyzacja nauki i promocja sportu (2020).