PL EN


Preferencje help
Widoczny [Schowaj] Abstrakt
Liczba wyników
Tytuł artykułu

Multithread parallelization of a rapid coalescent-based whole genome simulator

Identyfikatory
Warianty tytułu
PL
Wielowątkowe zrównoleglenie szybkiego symulatora całego genomu opartego na koalescencji
Języki publikacji
EN
Abstrakty
EN
In this article improvements introduced into GENOME: A rapid coalescent-based whole genome simulator were presented. Implemented modifications allowed for obtainment of significant speed up of the process of results obtainmenvol.
PL
W artykule przedstawiono modyfikacje wprowadzone do kodu aplikacji GENOME: A rapid coalescent-based whole genome simulator. Wprowadzone zmiany mają na celu skrócenie czasu oczekiwania na wyniki dzięki wykorzystaniu wielowątkowości.
Słowa kluczowe
Czasopismo
Rocznik
Strony
73--88
Opis fizyczny
Bibliogr. 18 poz.
Twórcy
autor
  • Silesian University of Technology, Institute of Informatics
autor
  • Silesian University of Technology, Institute of Informatics
Bibliografia
  • 1. Ren B., Robert F, Wyrick J. J., Aparicio O., Jennings E. G., Simon I., Zeitlinger J., Schreiber J., Hannett N., Kanin E., Volkert VOL. L., Wilson C. J., Bell S. P., Young R. A.: Genome-Wide Location and Function of DNA Binding Proteins, Science, 2000, vol. 290, no. 5500, p. 2306÷2309.
  • 2. Mukherjee S.: Rapid analysis of the DNA-binding specificities of transcription factors with DNA microarrays. Nature Genet., 2004, vol. 36, p. 1331÷1339.
  • 3. Smith R., Mathis A. D., Ventura D., Prince J. T.: Proteomics, lipidomics, metabolomics: a mass spectrometry tutorial from a computer scientist's point of view. BMC Bioinformatics, 2014, no. 15 (7), p. 9.
  • 4. Palsson B.: The challenges of in silico biology. Nature Biotechnology, 2000, vol. 18, p. 1147÷1150.
  • 5. Butcher E. C, Berg E. L., Kunkel E. J.: Systems biology in drug discovery. Nature Biotechnology, 2004, vol. 22, p. 1253÷1259.
  • 6. Lua X., Wanga H., Wanga J., Xub J., Lia D.: Internet-based Virtual Computing Environment: Beyond the data center as a computer. Future Generation Computer Systems, 2013, vol. 29, no. 1, p. 309÷322.
  • 7. Abouelhoda M., Issa S., Ghanem M.: Towards Scalable and Cost-aware Bioinformatics Workflow Execution in the Cloud - Recent Advances to the Tavaxy Workflow System, Journal Fundamenta Informaticae, 2013, vol. 128, no. 3, p. 255÷280.
  • 8. Chang V., Walters R. J., Wills G.: Cloud Computing and Services Science. Communications in Computer and Information Science, 2013, vol. 367, p. 245÷264.
  • 9. Ewens, W. J.: Mathematical Population Genetics, Springer, Berlin 1979.
  • 10. Agrafioti I., Stumpf M. P. H.: SNPSTR: a database of compound microsatellite-SNP markers. Nucleic Acids Res., 2007, vol. 35, supplement 1, p. D71÷D75.
  • 11. Cyran K. A., Myszor D.: Coalescent vs. time-forward simulations in the problem of the detection of past population expansion, International Journal of Applied Mathematics and Informatics, vol. 2, no. 1, 2008, p. 10÷17.
  • 12. Kingman, J. F. C.: Origins of the coalescent: 1974–1982. Genetics, 2000, vol. 156, p. 1461÷1463.
  • 13. Hein J., Schierup M., Wiuf C.: Gene Genealogies, Variation and Evolution: A Primer in Coalescent Theory. Oxford University Press, 2004.
  • 14. Donnelly P., Tavare S.: Coalescents and genealogical structure under neutrality. Annual Reviev Genetics, 1995, vol. 29, p. 401÷421.
  • 15. Hudson R. R.: Gene genealogies and the coalescent process. Oxford survey evolutionary biology, 1990, vol. 7, p. 1÷44.
  • 16. Kingman, J. F. C.: The coalescent. Stochastic Process. Appl., 1982, vol. 13, p. 235÷248.
  • 17. Liang L., Zollner S., Abecasis G. R.: GENOME: a rapid coalescent-based whole genome simulator. 2007, Bioinformatics, vol. 23, no. 12, p. 1565÷1567.
  • 18. Matsumoto M., Nishimura T.: Mersenne Twister: A 623-dimensionally equidistributed uniform pseudorandom number generator. ACM Transactions on Modeling and Computer Simulation, 1998, vol. 8, p. 3÷30.
Typ dokumentu
Bibliografia
Identyfikator YADDA
bwmeta1.element.baztech-f2ed2c4b-2779-4b18-a0c3-b6ea348ca3b8
JavaScript jest wyłączony w Twojej przeglądarce internetowej. Włącz go, a następnie odśwież stronę, aby móc w pełni z niej korzystać.