Scenariusze użycia systemu MAS4PSi w diagnostyce medycznej

• Autorzy: Górczyńska-Kosiorz S. , Małysiak-Mrozek B. , Mrozek D.

Warianty tytułu

EN

Scenarios of using MAS4PSi system in medical diagnostics

• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

System MAS4PSi (Multi Agent System For Protein Similarity searching) pozwala na szybkie, skalowalne i niezawodne poszukiwanie podobieństwa strukturalnego białek. Poszukiwanie podobieństwa strukturalnego białek jest kluczowe w prowadzeniu badań nad różnymi procesami biologicznymi i innymi obszarami, które mają swoją podstawę w tych procesach biologicznych. Celem niniejszego artykułu jest przybliżenie i określenie możliwych scenariuszy wykorzystania zbudowanego systemu MAS4PSi w powszechnie rozumianej diagnostyce medycznej zarówno na etapie opracowywania eksperymentów pomocnych we wprowadzeniu nowych badań, jak i na etapie typowo diagnostycznym.

EN

MAS4PSi (Multi-Agent System For Protein Similarity searching) is a system that allows fast, scalable and reliable protein structure similarity searching. Protein structure similarity searching is crucial in conducting research on a variety of biological processes, and other areas that have their basis in these biological processes. The purpose of this article is to define and present possible scenarios of using the MAS4PSi system in a broadly understood medical diagnostics, both in the design of experiments supporting new research, as well as the typical diagnostic stage.

Słowa kluczowe

PL

bioinformatyka; białko; struktura; podobieństwo strukturalne; system wieloagentowy; obliczenia równoległe

EN

structural bioinformatics; protein structure; similarity; parallel computing; multi-agent system

• Wydawca: Wydawnictwo Politechniki Śląskiej
• Czasopismo: Studia Informatica
• Rocznik: 2013
• Tom: Vol. 34, nr 2A
• Strony: 337--352
• Opis fizyczny: Bibliogr. 18 poz.

Twórcy

autor

Górczyńska-Kosiorz S.

• Śląski Uniwersytet Medyczny; Katedra i Klinika Chorób Wewnętrznych Diabetologii i Nefrologii, ul. 3-go Maja 13-15, 41-800 Zabrze, Polska

autor

Małysiak-Mrozek B.

• Politechnika Śląska, Instytut Informatyki, ul. Akademicka 16, 44-100 Gliwice, Polska

autor

Mrozek D.

• Politechnika Śląska, Instytut Informatyki, ul. Akademicka 16, 44-100 Gliwice, Polska

Bibliografia

• 1. Gu J., Bourne P. E.: Structural Bioinformatics (Methods of Biochemical Analysis). Wiley-Blackwell, 2009.
• 2. Eidhammer I., Jonassen I., Taylor W. R.: Protein Bioinformatics: An Algorithmic Approach to Sequence and Structure Analysis. Wiley, 2004.
• 3. Gibrat J. F., Madej T., Bryant S. H.: Surprising similarities in structure comparison. Curr Opin Struct Biol. 6(3), 1996, s. 377÷385.
• 4. Padgham L., Winikoff M.: Developing Intelligent Agent Systems: A Practical Guide. Halsted Press, New York, USA 2004.
• 5. Wooldridge M.: An Introduction to Multiagent Systems, 1st edition. John Wiley & Sons, 2002.
• 6. Mrozek D., Małysiak B., Augustyn W.: Agent-supported Protein Structure Similarity Searching. Lecture Notes in Artificial Intelligence, Springer-Verlag GmBH, Vol. 5044, 2008, s. 49÷61.
• 7. Shindyalov I. N., Bourne P. E.: Protein structure alignment by incremental combinatorial extension (CE) of the optimal path. Protein Engineering, Vol. 11(9), 1998, s. 739÷747.
• 8. Ye Y., Godzik A.: Flexible structure alignment by chaining aligned fragment pairs allowing twists. Bioinformatics, Vol. 19(2), 2003, s. 246÷255.
• 9. Bellifemine F. et al.: JADE, A White Paper, 2003, http://jade.tilab.com/papers/2003/ WhitePaperJADEEXP.pdf
• 10. Berman H. M., Westbrook J., Feng Z., Gilliland G., Bhat T. N., Weissig H. et al.: The Protein Data Bank. Nucleic Acids Res., No. 28, 2000, s. 235÷242.
• 11. Momot A., Małysiak-Mrozek B., Kozielski S., Mrozek D. et al.: Improving Performance of Protein Structure Similarity Searching by Distributing Computations in Hierarchical Multi-Agent System. 2nd International Conference on Computational Collective Intelligence – Technologies and Applications (ICCCI-2010), Kaohsiung, Taiwan, Lecture Notes in Artificial Intelligence, Springer-Verlag, LNAI 6421, 2010, s. 320÷329.
• 12. Małysiak-Mrozek B., Momot A., Mrozek D., Hera Ł. et al.: Scalable system for protein structure similarity searching. Proc. of the Third International Conference on Computational Collective Intelligence: Technologies and Applications (ICCCI'11), Vol. 6923, Part II, Springer-Verlag, Berlin, Heidelberg, s. 271÷280.
• 13. Małysiak-Mrozek B., Momot A., Mrozek D., Momot M.: Architektura hierarchicznego systemu wieloagentowego dla procesu poszukiwania podobieństwa białek. Studia Informatica, Vol. 33, No. 2A (105), Gliwice 2012, s. 83÷97.
• 14. Mrozek D., Małysiak-Mrozek B., Kozielski S.: Energy Properties of Protein Structures in the Analysis of the Human RAB5A Cellular Activity. Advances in Intelligent and Soft Computing, Vol. 59, Springer Verlag GmBH, 2009, s. 121÷131.
• 15. Mrozek D., Malysiak-Mrozek B., Kozielski S., Świerniak A.: The Energy Distribution Data Bank: Collecting Energy Features of Protein Molecular Structures. Ninth IEEE International Conference on Bioinformatics and BioEngineering, IEEE, 2009, s. 301÷306.
• 16. Mrozek D., Małysiak-Mrozek B.: An Improved Method for Protein Similarity Searching by Alignment of Fuzzy Energy Signatures. International Journal of Computational Intelligence Systems, Atlantis Press, 2011, s. 75÷88.
• 17. Mrozek D., Malysiak-Mrozek B., Kozielski S.: Alignment of protein structure energy patterns represented as sequences of Fuzzy Numbers. Annual Meeting of the North American Fuzzy Information Processing Society, 2009. NAFIPS 2009. Cincinnati, USA, IEEE, 2009, s. 1÷6.
• 18. Mrozek D., Malysiak B., Kozielski S.: An optimal alignment of proteins energy characteristics with crisp and fuzzy similarity awards. Fuzzy Systems Conference, FUZZIEEE 2007. IEEE International, 2007, s. 1÷6.