A model of genome length estimation based on k-mers detection

• Autorzy: Garbulowski M. , Polański A.

Warianty tytułu

PL

Oszacowanie długości genomu na podstawie detekcji fragmentów k-mer

• Języki publikacji: EN

Abstrakty

EN

The genome length estimation at raw sequencing data level gives a practical knowledge about size of the DNA sequence at early stage of analysis. In our research, we created a model based on random sampling of k-mer (very short DNA fragments), that we used to predict genome size. Furthermore, we made the comparison of model results with empirical whole-genome sequencing data.

PL

Oszacowanie rozmiaru genomu na podstawie surowych danych pochodzących z sekwencjonowania dostarcza wiedzy na temat długości DNA na wczesnym etapie analizy. W naszej pracy stworzony został model szacujący długość genomu oparty na losowym doborze krótkich fragmentów DNA zwanych k-mer. Wyniki powstałe przy użyciu modelu zostały odniesione do danych pochodzących z eksperymentów sekwencjonowania całych genomów.

Słowa kluczowe

EN

genome length estimation; genome size; sequencing model

PL

szacowanie długości genomu; rozmiar genomu; model Sekwencjonowania

• Wydawca: Wydawnictwo Politechniki Śląskiej
• Czasopismo: Studia Informatica
• Rocznik: 2015
• Tom: Vol. 36, nr 4
• Strony: 5--16
• Opis fizyczny: Bibliogr. 10 poz.

Twórcy

autor

Garbulowski M.

• Silesian University of Technology, Institute of Informatics, ul. Akademicka 16, 44-100 Gliwice, Poland

autor

Polański A.

• Silesian University of Technology, Institute of Informatics, ul. Akademicka 16, 44-100 Gliwice, Poland

Bibliografia

• 1. Polański A., Kimmel M.: Bioinformatics. Springer, 2006, p. 243÷252.
• 2. Li X., Waterman M. S.: Estimating the repeat structure and length of DNA sequence using l-tuples. Genomes Res., vol. 13, 2003, p. 1916÷1922.
• 3. Lander E. S., Waterman M. S.: Genomic mapping by fingerprinting random clones: A mathematical analysis. Genomics, vol. 2, 1988, p. 231÷239.
• 4. Koronacki J., Mielniczuk J.: Statystyka dla studentów kierunków technicznych i przyrodniczych. Wydawnictwo Naukowo-Techniczne, Warszawa 2006.
• 5. Zhang J. et al.: The impact of next-generation sequencing on genomics. J Genet Genomics, vol. 38(3), 2011, p. 95÷109.
• 6. Schneeberger K., Weigel D.: Fast forward genetics enabled by new sequencing technologies. Trends in Plant Science, vol. 16, 2011.
• 7. Liu L. et al.: Comparison of Next-Generation sequencing systems. Journal of Biomedicine and Biotechnology, vol. 2012, 2012.
• 8. Schokralla et al.: Next-generation sequencing technologies for environmental DNA research. Molecular Ecology, 2012, p. 1794÷1805.
• 9. Samella L.: Correction of sequencing errors in a mixed set of reads. Bioinformatics, vol. 26, 2010, p. 1284÷1290.
• 10. Cock P. J. A.: The Sanger FASTQ file format for sequences with quality scores, and the Solexa/Illumina FASTQ variant. Nucleic Acids Research, vol. 38, 2010, p. 1767÷1771.