Metody molekularne stosowane do identyfikacji drożdży w winiarstwie

• Autorzy: Cioch M. , Satora P.

Warianty tytułu

EN

Molecular methods used to identify yeasts in winemaking

• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

Różnorodność mikroflory drożdżowej znajdującej się na owocach winorośli jest determinowana przez wiele czynników, z których najważniejsze są: odmiana winorośli, stopień dojrzałości jagód, warunki klimatyczne uprawy, położenie geograficzne, mechaniczne uszkodzenie winogron czy prowadzenie zabiegów agrotechnicznych. Klasyczne metody identyfikacji polegające na analizie cech fenotypowych mikroorganizmów charakteryzuje wysoka czułość i specyficzność. Metody oparte na PCR umożliwiają natomiast nie tylko powielenie określonego genu, ale również są stosowane do różnicowania i identyfikacji szczepów drożdży. Połączenie tych dwóch technik gwarantuje sukces pełnej identyfikacji.

EN

The diversity of yeast microbiota, as being present on the grapes, is determined by different factors, such as grape variety, a degree of berry ripeness, climatic conditions for growing, geographical location, physical damage to grapes or agro-technical treatment. Classical methods of identification based on phenotypic analysis of microorganisms are characterized by a high sensitivity and specificity. PCR- based methods can not only amplify specific gene, but also are used for differentiation and identification of yeast strains. The combination of these two techniques ensures successful full identification.

Słowa kluczowe

PL

drożdże; winogrona; metody molekularne; PCR-RFLP; PCR-RAPD

EN

yeasts; grapes; molecular methods; PCR-RFLP; PCR-RAPD

• Wydawca: Wydawnictwo SIGMA-NOT
• Czasopismo: Przemysł Spożywczy
• Rocznik: 2014
• Tom: T. 68, nr 2
• Strony: 16--20
• Opis fizyczny: Bibliogr. 31 poz.

Twórcy

autor

Cioch M.

• Wydział Technologii Żywności, Uniwersytet Rolniczy w Krakowie

autor

Satora P.

• Wydział Technologii Żywności, Uniwersytet Rolniczy w Krakowie

Bibliografia

• [1] Barata A., Malfeito-Ferreira M., Loureiro V.: 2012. The microbial ecology of wine grape berries. International Journal of Food Microbiology, 153, 243-259.
• [2] Blanco P., Vázquez-Alén M., Losada A.: 2008. Influence of yeast population on characteristics of the wine obtained in spontaneous and inoculated fermentations of must from Vitis Vinifera Lado. Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology, 35, 183-188.
• [3] Bleve G., Rizzotti L., Dellaglio F., Torriani S.: 2003. Development of Reverse Transcription (RT)-PCR and real-time RT-PCR assays for rapid detection and quantification of viable and molds contaminating yogurts and pasteurized food products. Applied and Environmental Microbiology, 69, 4116-4122.
• [4] Boekhout T., Kurtzman C.P., O`Donnell K., Smith M.T.: 1994. Phylogeny of the yeast genera Hanseniaspora (Anamorph Kloeckera), Dekkera (Anamorph Brettanomyces) and Eeniella as inferred from partial 26S ribosomal DNA nucleotide sequences. International Journal of Systematic and Evolotionary Microbiology, 44, 781-786.
• [5] Bubner B., Baldwin I.T.: 2004. Use of real-time PCR for determining copy number and zygosity in transgenic plants. Plant Cell Reports, 23, 263-271.
• [6] Capece A., Siesto G., Romaniello R., Romano P.: 2009. Restriction analysis of rDNA regions to differentiate non-Saccharomyces wine species in mixed cultures. Journal of Engineering and Technology Research, 1, 68-71.
• [7] Chavan P., Mane S., Kulkarni G., Shaikh S., Ghormade V., Nerkar D.P., Shouche Y., Deshpande M.V. 2009. Natural yeast flora of different varieties of grapes used for wine making in India. Food Microbiology, 26: 801-808.
• [8] Ciardo D.E., Schar G., Bottger E.C., Altwegg M., Bosshard P.P.: 2006. Internal transcribed spacer sequencing versus biochemical profiling for identification of medically important yeasts. Journal of Clinical Microbiology, 44, 77-84.
• [9] Clemente-Jimenez J.M., Mingorance-Cazorla L., Martinez-Rodriguez S., Heras-Vázquez F.J.L., Rodriguez-Vico F.: 2004. Molecular characterization and oenological properties of wine yeast isolated during spontaneous fermentation of six varieties of grape must. Food Microbiology, 21, 149-155.
• [10] Cordero-Bueso G., Arroyo T., Serrano A., Tello J., Aporta I., Vélez M.D., Valero E.: 2011. Influence of the farming system and vine variety on yeast communities associated with grape berries. International Journal of Food Microbiology, 145, 132-139.
• [11] Diguta C.F., Vincent B., Guilloux-Benatier M., Alexandre H., Rousseaux S.: 2010. PCR ITSRFLP: A useful method for identifying filamentous fungi isolates on grapes. Food Microbiology, 28, 1145-1154.
• [12] Di Maro E., Ercolini D., Coppola S.: 2007. Yeast dynamics during spontaneous wine fermentation of the Catalanesca grape. International Journal of Food Microbiology, 117, 201-210.
• [13] Jackson R.S.: 2008. Wine Science. Principals and Applications. Academic Press.
• [14] Kończak B., Karcz J., Miksch K.: 2012. Nowoczesne techniki mikroskopowe i biologii molekularnej w ocenie granulowanej biomasy. Postępy Mikrobiologii, 51, 67-74.
• [15] Korabecna M.: 2007. The Variability in the Fungal Ribosomal DNA (Its1, ITS2 and 5.8S rRNA Gene): Its Biological Meaning and Application in Medical Mycology. Communicating Current Research and Educational Topics and Trends in Applied Microbiology, 783-787.
• [16] Kurtzman C.P., Robnett C.J.: 1998. Identification and phylogeny of ascomycetous yeasts from analysis of nuclear large subunit (26S) ribosomal DNA partial sequences. Antonie Van Leeuwenhoek, 73, 331-371.
• [17] Langmann T., Mauerer R., Zahn A., Moehle C., Prbst M., Stremmel W.: 2003. Real-time reverse transcription – PCR expression profiling of the complete human ATP- binding cassette transporter superfamily in various. Clinical Chemistry, 49, 230-238.
• [18] Li Q., Luan G., Guo Q., Liang J.: 2002. A new class of homogeneous nucleic acid probes based on specific displacement hybridization. Nucleic Acids Research, 30.
• [19] L illy M., Lambrechts M.G., Pretorius I.S.: 2000. Effect of increased yeast alcohol acetyltransferase activity on flavor profiles of wine and distillates. Applied and Environmental Microbiology, 66, 744-753.
• [20] Mackay I.M.: 2004. Real-time PCR in the microbiology laboratory. Clinical Microbiology and Infection, 10, 190-212.
• [21] Mecler I., Nawrot U.: 2008. Metody molekularne stosowane w identyfikacji grzybów z rodzaju Candida. Mikologia Lekarska, 15, 99-103.
• [22] Ocón E, Gutiérrez A.R., Garijo P., López R., Santamaria P.: 2010. Presence of non-Saccharomyces yeasts in cellar equipment and grape juice during harvest time. Food Microbiology, 27, 1023-1027.
• [23] Palka R.: 2007. Zastosowanie osiągnięć biologii molekularnej w mikrobiologii żywności. Przemysł Spożywczy, 2(61), 6-8.
• [24] Porret N.A., Henick-Kling T., Gafner J.: 2006. Validation of real-time PCR system for fast detection of three wine yeast species. A Dissertation Presented to the Faculty of the Graduate School of Cornell University.
• [25] Robak M., Baranowska K., Barszczewski W., Wojtatowicz M.: 2005. RAPD jako metoda różnicowania i identyfikacji drożdży. Biotechnologia, 4, 142-155.
• [26] Senses-Ergul S., Ozbas Z.Y.: 2012. Selection and oenological characterization of local S. cerevisiae strains isolated during spontaneous fermentation of Kalecik Karasi and Emir grape varieties grown in Central Anatolia. Manuscript.
• [27] Sipiczki M.: 2004. Species identification and comparative molecular and physiological analysis of Candida zemplinina and Candida stellata. Journal of Basis Microbiology, 44, 471-479.
• [28] Wang Y., Barbacioru C., Hyland F., Xiao W., Hunkapiller K.L., Blake J., Chan F., Gonzales C., Zhang L., Samaha R.R.: 2006. Large scale real-time PCR validation on gene expression measurements from two commercial long-oligonucleotide microarrays. BMC Genomics.
• [29] Williams D.W., Wilson M.J., Lewis M.A.O., Potts A.J.C.: 1995. Identification of Candida Species by PCR and Restriction Fragment Length Polymorphism Analysis of Intergenic Spacer Regions of Ribosomal DNA. Journal of Clinical Microbiology, 33, 2476-2479.
• [30] Zott K., Claisse O., Lucas P., Coulon J. Lonvaud-Funel A., Masneuf-Pomarede I. 2010. Characterization of yeast ecosystem in grape must and wine using real-time PCR. Food Microbiology, 27, 559-567.
• [31] Żabicka D. Metody detekcji i identyfikacji bakterii. Zakład Epidemiologii i Mikrobiologii Klinicznej, Narodowy Instytut Leków. Warszawa.