Bakterie lubiące zimno i chłód - jak je izolować, hodować i identyfikować

Carolak, Ewa; Dudek, Bartłomiej

Artykuł - szczegóły

Tytuł artykułu

Bakterie lubiące zimno i chłód - jak je izolować, hodować i identyfikować

Autorzy

Carolak Ewa , Dudek Bartłomiej

Identyfikatory

Warianty tytułu

Cold- and chill-loving bacteria - how to isolate, grow and identify them

Języki publikacji

Abstrakty

Bakterie żyjące na obszarach, gdzie przeważa niska temperatura, są ciągle słabo poznane. Wynika to z trudności w odwzorowaniu naturalnych warunków życia bakterii w laboratorium oraz niewystarczająco rozwiniętych technik badawczych. Sytuacja ta jednak stopniowo się zmienia, wraz z coraz większym zainteresowaniem i wykorzystywaniem szczepów psychrofilnych w procesach biotechnologicznych oraz ciągłym rozwojem znanych, jak i nowych technik genetycznych oraz metagenomicznych.

Bacteria living in areas where low temperature prevails are still poorly understood. This is due to the difficulty in recreation of the natural living conditions of bacteria in a laboratory and insufficiently developed research techniques. However, this situation is gradually changing with the growing interest and use of psychrophilic strains in biotechnological processes and the continuous development of known and new genetic and metagenomic techniques.

Słowa kluczowe

bakterie psychrofile psychrotorfy techniki identyfikacyjne

bacteria psychrophiles psychrotorphs identification techniques

Wydawca

ELAMED Media Group

Czasopismo

Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski

Rocznik

2019

Tom

nr 3

Strony

32--38

Opis fizyczny

Bibliogr. 43 poz., rys.

Twórcy

autor

Carolak Ewa

Zakład Mikrobiologii, Instytut Genetyki i Mikrobiologii, Uniwersytet Wrocławski

autor

Dudek Bartłomiej

Zakład Mikrobiologii, Instytut Genetyki i Mikrobiologii, Uniwersytet Wrocławski

Bibliografia

1. Van den Burg B.: Extremophiles as a source for novel enzymes. „Curr. Opin. Microbiol.”, 2003, 6, 3, 213-218.
2. Satyanarayana T., Raghukumar C., Shivaji S.: Extremophilic microbes: Diversity and perspectives. „Curr. Sci.”, 2005, 89, 1, 78-90.
3. Gilichinsky D.A., Wagener S., Vishnevetskaya T.A.: Permafrost microbiology. „Permafr. Periglac. Process.”, 1995, 6, 4, 281-291.
4. Russell N.J. i in.: Cold adaptation of microorganisms. „Philos. Trans. R. Soc. Lond. B Biol. Sci.”, 1990, 326, 1237, 595-611.
5. Hoyoux A. i in.: Extreme catalysts from low-temperature environments. „J. Biosci. Bioeng.”, 2004, 98, 5, 317-330.
6. Geiges O.: Microbial processes in frozen food. „Adv. Space Res.”, 1996, 18, 12, 109–118.
7. Turkiewicz M.: Drobnoustroje psychrofilne i ich biotechnologiczny potencjał. „Kosmos”, 2006, 4, 55, 307-320.
8. Morita R.Y.: Psychrophilic bacteria. „Bacteriol. Rev.”, 1975, 39, 2, 144-167.
9. Gounot A.M.: Psychrophilic and psychrotrophic microorganisms. „Experientia”, 1986, 42, 11, 1192-1197.
10. Kaufman A., Turkiewicz M.: Białka szoku zimna mikroorganizmów. „Postępy Biochemii”, 2014, 1, 50.
11. Moyer C.L., Morita R.Y.: Psychrophiles and Psychrotrophs. „Encyclopedia of Life Sciences”, 2007.
12. Deming J.W.: Psychrophiles and polar regions. „Curr. Opin. Microbiol.”,2001, 5, 3, 301-309.
13. Beales N.: Adaptation of Microorganisms to Cold Temperatures, Weak Acid Preservatives, Low pH, and Osmotic Stress: A Review. „Compr. Rev. Food Sci. Food Saf.”, 2004, 3, 1, 1-20.
14. D’Amico S., Collins T., Marx J.C., Feller G., Gerday C.: Psychrophilic microorganisms: challenges for life. „EMBO Rep.”, 2006, 7, 4, 385-389.
15. Kochan Z., Karbowska J., Babicz-Zielińska E.: Trans-kwasy tłuszczowe w diecie – rola w rozwoju zespołu metabolicznego. „Phmd”, 2010, 64.
16. Russell N.J., Evans R.I., ter Steeg P.F., Hellemons J., Verheul A., Abee T.: Membranes as a target for stress adaptation. „Int. J. Food Microbiol.”, 1995, 28, 2, 255-261.
17. Russell N.J.: Mechanisms of thermal adaptation in bacteria: blueprints for survival. „Trends Biochem. Sci.”, 1984, 9, 3, 108-112.
18. Chintalapati S., Kiran M.D., Shivaji S.: Role of membrane lipid fatty acids in cold adaptation. „Cell. Mol. Biol. Noisy – Gd. Fr.”, 2004, 50, 5, 631-642.
19. Ray M.K. i in.: Adaptation to low temperature and regulation of gene expression in antarctic psychrotrophic bacteria. „J. Biosci.”, 1998, 23, 4, 423-435.
20. D’Amico S., Marx J.C., Gerday C., Feller G.: Activity-Stability Relationships in Extremophilic Enzymes. „J. Biol. Chem.”, 2003, 278, 10, 7891-7896.
21. Whyte L.G., Inniss W.E.: Cold shock proteins and cold acclimation proteins in a psychrotrophic bacterium. „Can. J. Microbiol.”, 1992, 38, 12, 1281-1285.
22. Kawahara H.: The structures and functions of ice crystal-controlling proteins from bacteria. „J. Biosci. Bioeng.”, 2002, 94, 6, 492-496.
23. Sear R.P.: Nucleation: theory and applications to protein solutions and colloidal suspensions. „J. Phys. Condens. Matter”, 2007, 19, 3.
24. Jia Z., Davies P. L.: Antifreeze proteins: an unusual receptor-ligand interaction. „Trends Biochem. Sci.”, 2002, 27, 2, 101-106.
25. Bowman J.P., Mccammon S.A., Brown M.V., Nichols D.S., Mcmeekin T.A.: Diversity and Association of Psychrophilic Bacteria in Antarctic Sea Ice. „APPL Env. MICROBIOL”, 1997, 63, 11.
26. Breezee J. , Cady N., Staley J.T.: Subfreezing Growth of the Sea Ice Bacterium Psychromonas ingrahamii. „Microb. Ecol.”, 2004, 47, 3, 300-304.
27. Bowman J. P.: Methods for psychrophilic bacteria. [In:] Paul J.H. (ed.): Methods in Microbiology. 2001, 30, 591-614.
28. Busse H.J., Denner E.B.M., Lubitz W.: Classification and identification of bacteria: current approaches to an old problem. Overview of methods used in bacterial systematics. „J. Biotechnol.”, 1996, 47, 1, 3-38.
29. Choudhari S. i in.: Metagenome Sequencing of Prokaryotic Microbiota Collected from Byron Glacier, Alaska. „Genome Announc.”, 2013, 1, 2.
30. Simon C., Wiezer A. , Strittmatter A.W., Daniel R.: Phylogenetic Diversity and Metabolic Potential Revealed in a Glacier Ice Metagenome. „Appl. Environ. Microbiol.”, 2009, 75, 23, 7519-7526.
31. Raszka A., Ziembińska A., Wiechetek A.: Metody i techniki biologii molekularnej w biotechnologii środowiskowej. „Czas. Tech. Śr.”, 2009, 106, 101-114.
32. Adamus-Białek W., Wawszczak M.: Zastosowanie sekwencji 16S rRNA w identyfikacji bakteryjnego DNA izolowanego z różnych materiałów. „Rocznik Świętokrzyski”, 2014.
33. Marchesi J.R. i in.: Design and Evaluation of Useful Bacterium-Specific PCR Primers That Amplify Genes Coding for Bacterial 16S rRNA. „Appl. Environ. Microbiol.”, 1998, 64, 2, 795-799.
34. Southern E.M.: Detection of specific sequences among DNA fragments separated by gel electrophoresis. „J. Mol. Biol.”, 1975, 98, 3, 503-517.
35. Sadiq F.A., Li Y., Liu T., Flint S., Zhang G., He G.: A RAPD based study revealing a previously unreported wide range of mesophilic and thermophilic spore formers associated with milk powders in China. „Int. J. Food Microbiol.”, 2016, 217, 200-208.
36. Bosshard P.P., Zbinden R., Abels S., Böddinghaus B., Altwegg M., Böttger E.C.: 16S rRNA Gene Sequencing versus the API 20 NE System and the VITEK 2 ID-GNB Card for Identification of Nonfermenting Gram-Negative Bacteria in the Clinical Laboratory. „J. Clin. Microbiol.”, 2006, 44, 4, 1359-1366.
37. Clarridge J.E.: Impact of 16S rRNA Gene Sequence Analysis for Identification of Bacteria on Clinical Microbiology and Infectious Diseases. „Clin. Microbiol. Rev.”, 2004, 17, 4, 840-862.
38. Drancourt M., Bollet C., Carlioz A., Martelin R., Gayral J.P., Raoult D.: 16S Ribosomal DNA Sequence Analysis of a Large Collection of Environmental and Clinical Unidentifiable Bacterial Isolates. „J. Clin. Microbiol.”, 2000, 38, 10, 3623–3630.
39. Christner B.C., Kvitko B.H., Reeve J.N.: Molecular identification of Bacteria and Eukarya inhabiting an Antarctic cryoconite hole. „Extremophiles”, 2003, 7, 3, 177-183.
40. Margesin R.: Pedobacter cryoconitis sp. nov., a facultative psychrophile from alpine glacier cryoconite. „Int. J. Syst. Evol. Microbiol.”, 2003, 53, 5, 1291-1296.
41. Fagerquist C.K.: Unlocking the proteomic information encoded in MALDI-TOF-MS data used for microbial identification and characterization. „Expert Rev. Proteomics”, 2017, 14, 1, 97-107.
42. Seng P. i in.: Ongoing Revolution in Bacteriology: Routine Identification of Bacteria by Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry. „Clin. Infect. Dis.”, 2009, 49, 4, 543-551.
43. Suzuki Y., Niina K., Matsuwaki T., Nukazawa K., Iguchi A.: Bacterial flora analysis of coliforms in sewage, river water, and ground water using MALDI-TOF mass spectrometry. „J. Environ. Sci. Health Part A Tox. Hazard. Subst. Environ. Eng.”, 2018, 53, 2, 160-173.

Uwagi

Opracowanie rekordu w ramach umowy 509/P-DUN/2018 ze środków MNiSW przeznaczonych na działalność upowszechniającą naukę (2019).

Typ dokumentu

Bibliografia

Identyfikator YADDA

bwmeta1.element.baztech-b5027d75-1c23-432a-a5d9-35c0f8ba690b