Genetyczne metody identyfikowania, klasyfikacji i różnicowania mikroorganizmów

• Autorzy: Olejnik-Schmidt A. , Broniarczyk J. , Schmidt M.

Warianty tytułu

EN

Genetic methods of identification, classification and differentiation of microorganisms

• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

Seria kryzysów dotyczących żywności i pasz wykazała słabe strony legislacji Unii Europejskiej. W Białej Księdze dotyczącej bezpieczeństwa żywności wskazano na potrzebę uaktualnienia przepisów żywnościowych oraz kształtowania polityki na podstawie danych naukowych. W Białej Księdze Komisja zaproponowała podjęcie działań w celu zapewnienia bezpieczeństwa żywności, m.in. opracowanie przepisów ramowych obejmujących cały łańcuch produkcji żywności, tj. od pola do stołu. W ramach realizacji nowej polityki dotyczącej bezpieczeństwa żywności zostały opracowane rozporządzenia Parlamentu Europejskiego i Rady w sprawie substancji dodatkowych, aromatów i enzymów.

EN

Many morphological, biochemical, and physiological characterization tests were established in bacterial identification and systematics. In this short review, we present a brief description of the selected genetic methods recommended for use in the identification, differentiation and classification of microorganisms: restriction fragment length polymorphism, pulsed field gel electrophoresis, denaturing gradient gel electrophoresis, single strand conformation polymorphism and random-amplification of polymorphic DNA. Described techniques allow reliable and fast identification of microorganisms expanding analytic capabilities beyond a limited variety of commercial diagnostic kits.

Słowa kluczowe

PL

identyfikacja mikroorganizmów; 16S rDNA; detekcja; genotypowanie; metody genetyczne

EN

microorganisms identification; 16S rDNA; detection; genotyping; genetic methods

• Wydawca: Wydawnictwo SIGMA-NOT
• Czasopismo: Przemysł Spożywczy
• Rocznik: 2009
• Tom: T. 63, nr 2
• Strony: 12--16
• Opis fizyczny: Bibliogr. 23 poz.

Twórcy

autor

Olejnik-Schmidt A.

autor

Broniarczyk J.

autor

Schmidt M.

• Katedra Biotechnologii i Mikrobiologii Żywności, Uniwersytet Przyrodniczy, Poznań,

Bibliografia

• [1] Busse Hans-Jurgen,Denner; Ewald B.M; Werner Lubitz, (1996) "Classification and identification of bacteria: current approaches to an old problem. Overview of methods used in bacterial systematics". Journal of Biotechnology 47
• [2] Vandamme P., Pot. B, Gills P., De Vos K/. Kerssters K., Swings J. (1996)-Polyphasic Taxonomy, a Consensus Approach to Bacterial Systematics", Microbiological Reviews, 60 (2): 407-438
• [3] Singleton P. (2000) - "Bakterie w biologii, biotechnologii i medycynie, PWN Warszawa
• [4] Clarridge III J. E. (2004) - "Impact of 16S rRNA Gene Sequence Analysis for Identification of Bacteria on Clinical Microbiology and Infectious Diseases" Clinical Microbiology Reviews, 17(4): 840-862
• [5] Woese C.R. (1987)- "Bacterial evolution" Microbiol Rev;51(2):221-71
• [6] Ludwig, W., Schleifer K. H (1994).-"Bacterial phylogeny based on 16S and 23S rRNA sequence analysis" FEMS Microbiology Reviews 15; 155-173
• [7] Song Y.L., Kato N., Liu C., Matsumiya Y., Kato H., Watanabe K. (2000) - "Rapid identification of 11 human intestinal Lactobacillus species by multiplex PCR assays using group- and species-specific primers derived from the 16S-23S rRNA intergenic spacer region and its flanking 23S rRNA", FEMS Microbiology Letters 187:167-173
• [8] Kabadjova P., Dousset X., Le Cam., Prevost H. (2002) - "Differentation of Closely Related Carnobacterium Food Isolates Based on 16S-23S Ribosomal DNA Intergenic Spacer Region Polymorphism", Applied and Environmental Microbiology 68 (11); 5358-5366
• [9] Rachman C., Kabadjova P., Valcheva R., Prevost H. (2004) -"Identification of Carnobacterium Species by Restriction Fragment length polymorphism of the 16S-23S rRNA Gene Intergenic Spacer Region and Species-Specific PCR", Applied and Environmental Microbiology 70 (8): 4468-4477
• [10] Chenoll E., Macian M.C., Aznar R. (2003) - "Identification of Carnobacterium, Lactobacillus, Leuconostoc and Pediococcus by rDNA techniques", System Appl. Microbiol. 26: 546-556
• [11] Baele M, Vaneechoutte M, Verhelst R, Vancanneyt M, Devriese LA, Haesebrouck F. (2002) - "Identification of Lactobacillus species using tDNA-PCR.", J. Microbiol Methods. 50(3):263-71
• [12] Santos S. R; Ochman H, (2004) -"Identification and phylogenetic sorting of bacterial lineages with univerrsally conserved genes and proteins" Environmental Microbiology 6(7), 754-759
• [13] Konstantinidis K.T., Tiedje M., (2005)-"Towards a Genome-Based Taxonomy for Prokaryotes", Journal of Bacteriology; 187 (18): 6258-6264
• [14] La Scola B., Zeaiter Z., Khamis A., Raoult D. (2003) - "Gene-sequence-based criteria for species definition in bacteriology: the Bartonella paradigm" Trend in Microbiology 11 (7):318-321
• [15] Słomski R. (2004) - "Przykłady analiz DNA", Wyd. AR, Poznań
• [16] Czajka J, Bsat N, Piani M, Russ W, Sultana K, Wiedmann M, Whitaker R, Batt C.A.(1993)-"Differentiation of Listeria monocytogenes and Listeria innocua by 16S rRNA genes and intraspecies discrimination of Listeria monocytogenes strains by random amplified polymorphic DNA polymorphisms", Appl Environ Microbiol., 59(1):304-8
• [17] Muyzer G. (1999) - "Genetic fingerprinting of microbial communities-present status and future perspectives", Methods of Microbial Community Analysis
• [18] Babalola O.(2003)- "Molecular techniques:An overview of methods for the detection of bacteria", African Journal of Biotechnology 2 (12): 710-713
• [19] Lidia Markiewicz, Elżbieta Biedrzycka, Maria Bielecka. Różnicowanie mleczarskich szczepów lactobacillus metodą PFGE. Żywność. Nauka. Technologia. Jakość, 2006, 2 (47) Supl., 216 - 222
• [20] Busch U., Nitschko H. (1999) - "Methods for the differentation of microorganisms" Journal of Chromatography B, 722
• [21] Muyzer G., Smalla K. (1998) - "Application of denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and temperature gradient gel electrophoresis (TGGE) in microbial ecology"Antonie van Leeuwenhoek 73: 127-141
• [22] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez
• [23] Binnewies T. T, Motro Y, Hallin P. F, Lund O, La T, Hampson D.J, Bellgard M, Wassenaar T. M, Ussery D. W. (2006) -"Ten years of bacterial genome sequencing: comparative-genomics-based discoveries". Funct Integr Genomics.;6(3):165-85.