Selekcja kwasów nukleinowych in vitro

Nawrot, B.

Artykuł - szczegóły

Tytuł artykułu

Selekcja kwasów nukleinowych in vitro

Autorzy

Nawrot B.

Wybrane pełne teksty z tego czasopisma

Identyfikatory

Warianty tytułu

In vitro selection of nucleic acids

Języki publikacji

Abstrakty

In vitro selection of nucleic acids (Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment - SELEX) is the selection technique which, from the library of randomised or degenerated RNA or DNA molecules, allows the isolation of nucleic acids with expected biochemical properties. Repeated cycles of selection and amplification have been used to isolate sequences of nucleic acids (aptamers) that bind with high affinity specific molecular targets - proteins or low molecular weight ligands. This method allows also to isolate a number of nucleic acids with catalytic activity and thus to generate new ribozymes and deoxyribozymes. SELEX is an useful tool of molecular biology and bioorganic chemistry for developing new therapeutic agents, as well for the insight in function of RNA in molecular evolution and RNA World hypothesis.

Słowa kluczowe

kwas nukleinowy metoda SELEX chemia kombinatoryczna

Wydawca

Polskie Towarzystwo Chemiczne

Czasopismo

Wiadomości Chemiczne

Rocznik

2000

Tom

[Z] 54, 7-8

Strony

615--636

Opis fizyczny

schem., wykr., bibliogr. 93 poz.

Twórcy

autor

Nawrot B.

Zakład Chemii Bioorganicznej, Centrum Badań Molekularnych i Makromolekularnych PAN ul. Sienkiewicza 112, 90-363 Łódź

Zakład Chemii Bioorganicznej, Centrum Badań Molekularnych i makromolekularnych PAN, ul. Sienkiewicza 112, 90-363 Łódź

Bibliografia

[1] G. F. Joyce, Curr. Opin. Struct. Biol., 1994, 4, 331.
[2] C. Tuerk, L. Gold, Science, 1990, 249, 505.
[3] A. D. Ellington, J. W. Szostak, Nature, 1990, 346, 818.
[4] D. L. Robertson, G. F. Joyce, ibid., 1990, 344, 467.
[5] J. R. Lorsch, J. W. Szostak, ibid., 1994, 371, 31.
[6] E. H. Ekland, J. W. Szostak, D. P. Bartel, Science, 1995, 269, 364.
[7] L. Jaeger, Curr. Opin. Struct. Biol., 1997, 3, 324.
[8] T. Pan, ibid., 1997, 1, 17.
[9] P. Burgstaller, M. Famulok, Angew. Chem. Int. Ed. Engl., 1995, 34, 1189.
[10] R. R. Breaker, G. F. Joyce, Chem. Biol., 1994, 1[4], 223.
[11] K. Y. Wang, S. McCardy, R. G. Shea, S. Swaminathan, P. H. Bolton, Biochemistry, 1993, 32, 1899.
[12] D. P. Bartel, J. W. Szostak, Science, 1993, 261, 1411.
[13] L. E. Orgel, Trends Biochem. Sei., 1998, 491.
[14] P. J. Unrau, D. P. Bartel, Nature, 1998, 395, 260.
[15] M. Yarus, J. Mol. Evol., 1998, 47, 109.
[16] L. A. Thompson, J. A. Ellman, Chem. Rev.j 1996, 96, 555.
[17] J. M Burke, A. Berzal-Herranz, FASEB J„ 1993, 7, 106.
[18] D. J. Kenan, D. E. Tsai, J. D. Keene, Trends Biochem. Sei., 1994, 19, 57.
[19] R. K. Saiki, D. H. Gelfand, S. Stoffel, S. J. Scharf, R. Hugihi, K. B. Mullis, H. A. Erlich, Science, 1988, 239, 487.
[20] M. Jungerman, R. Słomski, Post. Bioch., 1990, 36, 14.
[21] J. Wrzesiński, W. Krzyżosiak, ibid., 1990, 36, 21.
[22] C. Tuerk, S. MacDougal, L. Gold, Proc. Natl. Acad. Sci., 1992, 89, 6988.
[23] D. J. Schneider, J. Feigon, Z. Hostomsky, L. Gold, Biochemistry, 1995. 34, 9599.
[24] . Chen, D. G. McBroom, Y. Zhu, L. Gold, T. W. North, ibid., 1996. 35, 6923.
[25] R. Yamamoto, S. Toyota, P. Viljanen, K. Machida S. Nishikawa, K. Murakami, K.. Taira, P. K. Kumar, Nucleic Acids Symp, Ser., 1995, 34, 145.
[26] L. Giver, D. Bartel, M. Zapp, G. B. Takie, A. D. Ellington, Nucleic Acids Res 1993, 21, 5509.
[27] M. A. Lochrie, S. Waugh, D. G. J. Pratt, J. Clever, T. G. Parslow, B. Polisky, ibid., 1997, 25, 2902.
[28] L. C. Bock, L. C. Griffin, J. A. Latham, E. H. Vermaas, J. J. Toole, Naturę. 1992. 355. 564.
[29] R. F. Macaya, P. Schultze, F. W. Smith, J. A. Roe, J. Feigon, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1993, 90, 3745.
[30] K. Padmanabhan, K. P. Padmanabhan, J. D. Ferrara, J. E. Sadler, A. Tulinskv, J. Biol. Chem., 1993, 268, 17651.
[31] E. H. Blackburn, Trends Biochem. Sci., 1991, 16, 378.
[32] K. N. Morris, K. B. Jensen, C. M. Julin, M. Weil, L. Gold, Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1998, 95, 2902.
[33] V. Hornung, H.-P. Hofmann M. Sprinzl, Biochemistry, 1998, 37, 7260.
[34] S. J. Klug, A. Huttenhofer, M. Kromayer, M. Famulok, Proc. Natl. Acad. Sci USA, 1997, 94, 6676.
[35] F. Zinoni, J. Heider, A. Bock, ibid., 1990, 87, 4660.
[36] A. Krakowiak, M. Koziołkiewicz, Post. Bioch., 1998, 44, 306.
[37] Y. Lin, D. Nieuwlandt, A. Magallanez, B. Feistner, S. D. Jayasena, Nucleic Acids Res., 1996, 24, 3407.
[38] K. A. Davis, B. Abrams, Y. Lin, S. D. Jayasena, ibid., 1996, 24, 702.
[39] M. Famulok, J. W. Szostak, J. Am. Chem. Soc., 1992, 114, 3990.
[40] I. Majerfeld, M. Yarus, Naturę Struct. Biol., 1994, 1, 287.
[41] A. Geiger, P. Burgstaller, H. von der Eltz, A. Roeder, M. Famulok, Nucleic Acids Res., 1996, 24, 1029.
[42] M. Famulok, J. Am. Chem. Soc., 1994, 116, 1698.
[43] M. Sassanfar, J. W. Szostak, Naturę, 1993, 364, 550.
[44] D. E. Huizenga, J. W. Szostak, Biochemistry, 1995, 34, 656.
[45] D. Kiga, Y. F ut amura, K. Sakamoto, S. Yokoyama, Nucleic Acids Res., 1998,26,1755.
[46] M. G. Wallis, U. von Ahsen, R. Schroeder, M. Famulok, Chem. Biol., 1995, 2, 543.
[47] Y. W. Wang, J. Killian, H. Hamasaki, R. F. Rando, Biochemistry, 1996, 35, 12338.
[48] D. H. Burkę, L. Gold, Nucleic Acids Res., 1997, 25, 2020.
[49] J. R. Lorsch, J. W. Szostak, Biochemistry, 1994, 33, 973.
[50] Y. Li, R. Geyer, D. Sen, ibid., 1996, 35, 6911.
[51] G. F. Joyce, Naturę, 1989, 338, 217.
[52] D. Soli, The RNA World, R. F. Gesteland, J. F. Atkins (red.), 1993, s. 157.
[53] I. Majerfeld, M. Yarus, RNA, 1998, 4, 471.
[54] R. D. Jenison, S. C. Gili, A. Pardi, B. Polisky, Science, 1994, 263, 1425.
[55] G. R. Zimmermann, R- D. Jenison, C. L. Wick, J. P. Simorre, A. Pardi, Naturę Struct. Biol., 1997, 4, 644.
[56] F. Jiang, R. A. Kumar, R. A. Jones, D. J. Patel, Naturę, 1996, 382, 183.
[57] T. Dieckmann, E. Suzuki, G. K. Nakamura, J. Feigon, RNA, 1996, 2, 628.
[58] Y. Yang, M. Kochoyan, P. Burgstaller, E. Westhof, M. Famulok, Science, 1996, 272, 1343.
[59] M. Egli, Angew. Chem. Int. Ed. Engl., 1997, 36, 480.
[60] L. Gold, D. Brown, Y. Y. He, T. Shtatland, B. S. Singer, Y. Wu, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1997, 94, 59.
[61] T. R. Cech, Science, 1987, 236, 1532.
[62] L. E. Orgel, Scient. Am., 1994, 271, 76.
[63] X. D. Dai, A. D. Mesmaeker, G. F. Joyce, Science, 1995, 267, 237.
[64] T. M. Tarasow, S. L. Tarasow, B. E. Eaton, Nature, 1997, 389, 54.
[65] M. M. Conn, J. R. Prudent, P. G. Schultz, J. Am. Chem. Soc., 1996, 118, 7012.
[66] Y. Li D. Sen, Nat. Struct. Biol., 1996, 3, 743.
[67] M. Illangasekare, G. Sanchez, T. Nickles, M. Yarus, Science, 1995, 267, 643.
[68] P. Lohse, J. W. Szostak, Nature, 1996, 381, 442.
[69] B. Zhang, T. R. Cech, Chem. Biol., 1998, 10, 539.
[70] J. R. Prudent, T. Uno, P. G. Schultz, Science, 1994, 264, 1924.
[71] M. C. Wright, G. F. Joyce, ibid., 1997, 276, 614.
[72] M. P. Robertson, A. D. Ellington, Cuit. Biol., 1997, 7, R376.
[73] R. R. Breaker, G. F. Joyce, Chem. Biol., 1995, 2, 655.
[74] S. W. Santoro, G. F. Joyce, Biochemistry, 1997, 94, 4262.
[75] S. W. Santoro, G. F. Joyce, ibid., 1998, 37, 13330.
[76] T. Kuwabara, M. Warashina, T. Tanabe, K. Tani, S. Asano, K. Taira, Nucleic Acids Res., 1997, 25, 3074.
[77] D. Faulhammer, M. Famulok, J. Mol. Biol., 1997, 269, 188.
[78] D. Faulhammer, M. Famulok, Angew. Chem. Int. Ed. Engl., 1996, 35, 2837.
[79] N. Carmi, L. A. Shultz, R. R. Breaker, Chem. Biol., 1996, 3, 1039.
[80] J. Burmeister, G. Kiedrowski, A. D. Ellington, Angew. Chem. Int. Ed. Engl., 1997, 36, 1321.
[81] N. Carmi, R. B. Shameelah, R. R. Breaker, Biochemistry, 1998, 95, 2233.
[82] B. Cuenoud, J. W. Szostak, Nature, 1995, 375, 611.
[83] M. Warashina, T. Kuwabara, Y. Nakamatsu, K. Taira, Chem. Biol., 1999, 6, 237.
[84] S. P. Hale, P Schimmel, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1996, 93, 2755.
[85] G. J. Connell, M. Yarus, Science, 1994, 264, 1137.
[86] P. Burgstaller, M. Famulok, Angew. Chem. Int. Ed. Engl., 1994, 33, 1084.
[87] S. A. Shub, Curr. Opin. Genet. Dev., 1991, 1, 478.
[88] J. H. Yang, J. P. Perreault, D. Labuda, N. Usman, R. Cedergren, Biochemistry, 1990, 29, 11156.
[89] B. Seeling, A. Jaschke, Chem. Biol., 1999, 6, 167.
[90] M. Chee, R. Yang, E. Hubbell, A. Berno, X. C. Huang, D. Stern, J. Winkler, D. J. Lockhart, M. S. Morris, S. P. Fodor, Science, 1996, 274, 610.
[91] S. R. Mirmira, I. Tinoco, Jr., Biochemistry, 1996, 35, 7664.
[92] Baza danych Medline, National Library of Medicine, National Institutes of Health, USA, luty 2000.
[93] L. L. Lebruska, L. J. Maher 3rd Biochemistry, 1999, 38, 3168.

Uwagi

Opracowanie rekordu ze środków MEiN, umowa nr SONP/SP/546092/2022 w ramach programu "Społeczna odpowiedzialność nauki" - moduł: Popularyzacja nauki i promocja sportu (2022-2023).

Typ dokumentu

Bibliografia

Identyfikator YADDA

bwmeta1.element.baztech-article-BUS1-0008-0075