Multi-stage Informatic Technology

• Autorzy: Węgrzyn S. , Znamirowski L.

Warianty tytułu

PL

Wielostopniowa informatyczna technologia wytwarzania

• Języki publikacji: EN

Abstrakty

EN

In the paper, the production processes of a nano-products fabrication based on multi-stage informatic technology applying the concept of so called "gluey matrix" are described. In the first stage, an "intermediate product" is created, with linear, molecular structure identical to linear sequence in a final product. In the next stages, that flat, linear structure will convert into a spatial shape of molecules representing the final product. The operations performed in those systems are based on nanotechnologies or a "bottom-up" creation of the product. This approach to the product creation requires knowledge about the product molecular constitution and the phenomena obsewed on the surface of molecules and atoms, which allow for a design of a proper, "gluey matrix". This matrix introduced into a mixture of freely moving molecules (building blocks) concentrates and integrates the building blocks on the surface of matrix forming the needed intermediate product. In the next stages, the intermediate product created and next detached from the surface of gluey matrix is a substrate for the creation of appropriate final product by affecting the intermediate product with various external stimuli, assuring the proper conformational modifications.

PL

W pracy scharakteryzowano procesy produkcyjne stosowane w wytwarzaniu nanostruktur bazujące na wielostopniowej informatycznej technologii wytwarzania przy zastosowaniu koncepcji tzw. "macierzy lepkiej". W trakcie pierwszej fazy procesu jest wytwarzany półprodukt, którego liniowa, molekularna struktura jest taka sama jak w produkcie finalnym. W kolejnych fazach, ta liniowa struktura jest modyfikowana przestrzennie w celu otrzymania pożądanej konformacji produktu finalnego. W pracy przedstawiono różne warianty tego typu procesów. Macierz lepka wykorzystywana jest do syntezy struktury molekularnej na bazie podstawowych struktur elementarnych. Modyfikacje konformacji półproduktów realizowane są oddziaływaniem środowiska w którym realizuje się proces produkcyjny, na półprodukt otrzymany w pierwszej fazie procesu.

Słowa kluczowe

EN

gluey matrix; multi-stage process; nano-fabrication; post-translational modifications; Signal Cascades; translation

• Wydawca: Instytut Informatyki Teoretycznej i Stosowanej Polskiej Akademii Nauk
• Czasopismo: Archiwum Informatyki Teoretycznej i Stosowanej
• Rocznik: 2005
• Tom: T. 17, z. 3
• Strony: 173--188
• Opis fizyczny: Bibliogr. 26 poz., rys.

Twórcy

autor

Węgrzyn S.

• Institute of Theoretical and Applied Informatics Polish Academy of Sciences 44-100 Gliwice, ul. Bałtycka 5, Poland

autor

Znamirowski L.

• Institute of Theoretical and Applied Informatics Polish Academy of Sciences 44-100 Gliwice, ul. Bałtycka 5, Poland

Bibliografia

• [1]Węgrzyn S.. Xanosystems of Informatics. International Journal of Systems Sciences. Vol. 32. No. 12. 2001. pp. 1389-1397.
• [2]Znamirowski L. Żukowska E.. Simulation of Environment-Forced Conformations in the Polypeptide Chains. Proceedings of the ICSEE'03. 2003 Western MultiConferencc. The Society for Modeling and Simulation Intern.. Orlando. Florida. January 19-23. 2003. pp. 87-91.
• [3]Merrifield R.B.. Solid phase synthesis. Science. Vol. 232. 1986. pp. 341-347.
• [4] Hosokawa K.. Fujii T.. Nojima T..Shoji S..Yotsumoio A..Endo I.. Cell-free mRXA translation in a microbiocliemical reactor. IEEE Intern. Symposium on Micromechatronics and Human Science. IEEE. 1997. pp. 91-95.
• [5]Sayle R.. Ras.Mol. Molecular Graphics Visualization Tool. Biomolecnlar Structures Croup. Glaxo Wellcome Research & Development. Stevenage. Harlfordshire. H. J. Bernstein v.2.7.1.I.. 1998. ras- [e-mail]
• [6]Green R.. Noler H.F.. Ribosomes and Translation. Annual Rev. Bioch.. Vol. 66. 1997. pp. 679-716.
• [7] Cell Signaling Technology Database: Pathways. Cell Sign. Techn. Inc., Beverly. MA.. 2003. [e-mail]
• [8]Rhoads R.E.. Signal Transduction Pathways that Regulate Eukaryotic Protein Synthesis. J. Biol.1 Chem.. Vol. 274 ,1999. pp. 30337-30340.
• [9]NCBI. Natl. Center for Biotechn. Inf.. Entrez. 2003. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
• [10]Berman H.M. ct al.. The Protein Data Bank. Nucleic Acid Res.. Vol. 28. No. 1. 2001 .pp235-242.
• |11]Hovmoller S.. Zhou T.. and Ohlson T.. Conformations of amino acids in protein. Acta Crystalog..Vol. D58. No. 5. 2002. pp. 768-776.
• [12]Liebecq C.. (Ed.). The White Book Biochemical Nomenclature and Related Documents. IUPAC IUBMB. Joint Commissiom. (2nd Edition. London. Portland Press. 1993.
• [13]Ponder J.. TINKER - Software Tools for Molecular Design. Dept. Of Biochemistry & Molecular Biophysics. Washington Univ. School of Medicine. St. Louis, http://dasher.wusil.edu/tinker
• [14]Levitt M.. Mirshberg M.. Sharon R.. Daggett V.. Potential Energy Eunction and Parameters for Simulation of the Molecular Dynamics of Protein and Nucleic Acids in Solution. Comp. Physics Comm.. Vol. 91. 1995. 215-231.
• [15]BioCarta: Charting Pathways of Life, http://www.biocarta.com/genes/
• [16] Węgrzvn S.. Molecular technologies realize d in it molecular, informatic systems, in: S. Węgrzyn. B. Pochopień. T. Czachórski (Eds.): High-efficient Computer Networks. New Technologies. WKL (Wydawnictwa Komunikacji i Łączności). Warsaw 2005. pp. 13-20 (in Polish).
• [17]Węgrzyn S.. Znamirowski L.. Nanotechnological. Two-stage Production Processes. 2003 Third IEEE Conference on Nanotechnology. IEEE-NANO 2003. Proceedings-Volume Two. San Francisco. California. 12-14 August 2003. IEEE 2003. pp. 490-493.
• [18]Znamirowski L.. Non-gradient, Sequential Algorithm for Simulation of Sascent Polypeptide Folding. Computational Science - ICCS 2005. 5th International Conference. Proceedings. Part I (Eds.: Y.S. Sunderam et al.). Atlanta. Georgia. May 2005. LNCS 3514. Springer-Verlag. Berlin Heildelberg 2005. pp. 766-774.
• [19]Lodish H.. Berk A.. Zipursky S.L.. et al.. Molecular Cell Biology. Fourth Ed.. W. H. Freeman and Company. New York 2001.
• [20]Węgrzyn S.. Winiarczyk R . Znamirowski L.. Nanotechnologies and Nanosystems of Informatics as a Basis for Self-replication. Proceedings of the Second IEEE Conference on Nanotechnology. IEEE NANO 2002. Washington D.C.. August 26-28. 2002. IEEE 2002. pp. 99-102.
• [21 ] Letsinger R.L. Mahadevan V.. J. Am. Chem. Soc.. Vol. 87. 1965. p. 4526.
• [22]Kusch P. Angew. Chem.. Vol. 78. 1966. p. 611.
• [23]Fréchet J.M.. Schuerch C.. J. Am. Chem. Soc.. Vol. 93. 1971. p. 402.
• [24] Węgrzvn S.. Winiarczyk R.. and Znamirowski L.. Self-replication Processes in Nanosystems of Informatics. Int. Journal of Applied Math, and Comp. Science. Vol. 13. No. 4. 2003. pp. 585-591.
• [25] Callaway J.. Cummings M et al.. Protein Data Bank Contents: Atomic Coordinate Entry format Description. Federal Govern. Agency. 1996. http://www .rcsb.Org/pdb/docs/lormat/pdbguide2.2/
• [26} Nowak S.. Operating systems in the assemblies of molecular technologies, in: S. Węgrzyn. B. Pochopień. T. Czachórski (Eds.): High-efficient Computer Networks. New Technologies. WKL (Wydawnictwa Komunikacji i Łączności). Warsaw 2005. pp. 55-68 (in Polish).