Modeling of the informatics process of translation in ribosomes

• Autorzy: Znamirowski L.

Warianty tytułu

PL

Modelowanie procesu informatycznego translacji w rybosomach

• Języki publikacji: EN

Abstrakty

EN

The paper presents a selected features of formal model of the translation processes performed in a ribosome moving along the mRNA chain in an eukaryote cells. The model construction paradigm for dynamics modeling is discussed in general, and the modeling of the translation process in a atatic sense is presented in details. A model using the concept of process comunicating through messages paradigm is discussed. The computer network structure contains a workstation fulfilling the needs of Graphic User Interface, and a supercomputer working under control of the workstation to fulfill the tasks of time-consuming, interdependent numerical computations performed in the Message-Passing Interface environment on a UNIX platform. The model introductory implementation is illustrated through the examples.

PL

W pracy przedstawiono strukturę modelu procesu translacji informacji genetycznej zawartej w mRNA w strukturę białka. W ogólności opisano model translacji realizowanej w rybosomie uwzględniający dynamikę procesów, natomiast szczegółowo przedstawiono tę część modelu, która w hierarchii modelu reprezentuje proces translacji w sensie statycznym. Model procesu translacji implementuje zasadę przesyłu komunikatów. Struktura sieciowa modelu bazuje na stacji roboczej pełniącej funkcje graficznego interfejsu użytkownika i zarządzania oraz superkomputera pracującego pod kontrolą stacji roboczej. Superkomputer realizuje masywne obliczenia numeryczne realizowane przez zrównoleglenie procesów z wykorzystaniem środowiska Message-Passing Interface w systemie UNIX. Przedstawione zostały przykłady ilustrujące wstępną implementację modelu.

• Wydawca: Instytut Informatyki Teoretycznej i Stosowanej Polskiej Akademii Nauk
• Czasopismo: Archiwum Informatyki Teoretycznej i Stosowanej
• Rocznik: 2001
• Tom: T. 13, z. 2
• Strony: 175--193
• Opis fizyczny: Bibliogr. 22 poz., rys.

Twórcy

autor

Znamirowski L.

• Instytut Informatyki Politechnika Śląska ul. Akademicka 16 44-100 Gliwice,

Bibliografia

• [1] Green R. and H. F. Noler, "Ribosomes and Translation", Annual Rev. Biochem., Vol. 66, 1997, pp. 679-716. '
• [2] Stryer L., Biochemistry, W, H. Freeman and Company, New York, 1994.
• [3] Clote P. and R. Backofen, Computational Molecular Biology. John Wiley & Sons, Ltd, Chichester 2000.
• [4] Sun Enterprise 6500, "On-line". System Documentation, 157.158.1.1:8888 (address:port).
• [5] "IEEE Standard VHDL Language Reference Manual". IEEE Std 1076-1993, IEEE, New York, June 1994.
• [6] "Active-HDL, ver. 3.5", ALDEC, Henderson 1998.
• [7] Znamirowski L.. "CAD/CAE for Hardware Encryption of Files", STUDIA INFORMATICA, Vol. 21. No. I (39), 2000. pp. 549-566. (in Polish).
• [8] Znamirowski L. and 0. A. Palusinski, "HDL Code Generation for Implementation of Timing Control in Mixed-Mode Systems". 2000 Western MultiConference, (Intern. Conf. on Simulation and Multimedia in Engr. and Edu.). The Society for Computer Simulation International. Vol. 32, No. 1. San Diego. January 23-27 2000. pp. 17-24.
• [9] Vachoux A.. "Analog and Mixed-Signal Extension to VHDL". Analog Integrated Circuits and Signal Processing, Kluwer Academic Publishers. No. 16, 1998. pp. 185-200.
• [10] "V HDL-AMS Language Architecture. VHDL-AMS Proposal". host: ftp.uu.net, path: /doc/standardsheee/ 1076.1 /analog. 1996.
• [11] "VHDL 1076.1: Analog and Mixed Signal Extension for VHDL". IEEE Design Automation Standard Committee 1076.1 WG, 1999.
• [12] Microsoft Corp.. "MSDN, the Microsoft Developer Network", 3xCD-ROM, Technical Documentation for Microsoft Visual Studio 6.0. Redmond, October 1998.
• [13] Stevens W. R.. Programming of Network Application in a Unix System, WNT. Warszawa 1995 (in Polish).
• [14] Gropp W.. E. Lusk, and A. Skjellum, Using MPI, The MIT Press, Cambridge, Massachusetts, London 1994.
• [15] "Using MPI in Parallel Programming". httn://www.csc.fi/english/
• [16] Foster I.. "Designing and Building Parallel Programs", 1995. http://prioris.im.pw.edu.n1/-instetanczyk/rido book/node6.html
• [17] Seweryn K.. 0. A. Palusinski. and L. Znamirowski, "Network Supercomputer Implementation in Massive CAD for VLSI Computations", STUDIA INFORMATICA, Vol. 22. No. 1 (43), 2001, pp. 109-129.
• [18] ExPASy - Translate Tools, htto://www.expasv.org/tools/dna.html
• [19] J. Ponder. "TINKER - Software Tools for Molecular Design", Dept. Of Biochemistry & Molecular Biophysics, Washington University School of Medicine, St. Louis, Missouri 63110, St. Louis, June 2001. http://dasher. Wustl.edu/tinker
• [20] R. Sayle. "RasMol. Molecular Graphics Visualization Tool", Biomolecular Structures Group. Glaxo Wellcome Research & Development. Stevenage. Hartfordshire 1998, H. J. Bernstein v.2.7.1.1 2001, rasmol @bernstein-plus-sons.com
• [21] The Nucleic Acid DataBase Project. Rutgers. The State University of New Jersey, http://ndb-mirror-2.rutgers.edu/
• [22] The Nucleic Acid DataBase Project. Rutgers, The State University of New Jersey, lutp://ndb-mirror-2.rutgers.edu/mmci f/index.html