Protein molecular viewer - wizualizacja struktur przestrzennych białek zapisanych w formacie PDBML

Mastej, A.; Mrozek, D.

Artykuł - szczegóły

Tytuł artykułu

Protein molecular viewer - wizualizacja struktur przestrzennych białek zapisanych w formacie PDBML

Autorzy

Mastej A. , Mrozek D.

Identyfikatory

Warianty tytułu

Protein molecular viewer - the visualization of protein molecular structures stored in the PDBML format

Języki publikacji

Abstrakty

Wizualizacja struktur przestrzennych białek ma ogromne znaczenie dla analizy funkcji i aktywności tych złożonych cząstek biologicznych. Narzędzia wizualizacji umożliwiają bowiem graficzne przedstawienie złożonej, wewnętrznej konstrukcji białek, zbudowanych z setek lub tysięcy atomów, połączonych wzajemnie wiązaniami kowalencyjnymi. W niniejszym artykule przedstawiono najważniejsze możliwości autorskiego programu Protein Molecular Viewer (PMV), który pozwala na prezentację struktur białkowych pobieranych z popularnej bazy danych Protein Data Bank. Możliwość wizualizacji struktur zapisanych w formacie PDBML czyni program PMV jednym z nielicznych na świecie, które posiadają taką funkcję.

Visualization of protein molecular structures is a very important part of the analysis of protein function and activity. Molecular viewers allow to represent graphically the complex construction of proteins and give us an idea of the biological molecules built up with hundreds or thousands of atoms linked to each other by covalent bonds. In the chapter we present the most interesting features of our Protein Molecular Viewer (PMV). PMV is a molecular visualization tool developed at the Silesian University of Technology in Gliwice, which is used to show protein structures loaded from the well-known Protein Data Bank. With the possibility of loading and presenting protein structures from the PDBML data format the PMV becomes one of a few tools in the world having this unique function.

Słowa kluczowe

bioinformatyka białka struktura przestrzenna wizualizacja

bioinformatics proteins spatial structure visualization molecular viewer

Wydawca

Wydawnictwo Politechniki Śląskiej

Czasopismo

Studia Informatica

Rocznik

2008

Tom

Vol. 29, nr 4A

Strony

55--74

Opis fizyczny

Bibliogr. 25 poz.

Twórcy

autor

Mastej A.

autor

Mrozek D.

Instytut Informatyki Politechnika Śląska, 44-100 Gliwice, ul.Akademicka 16 tel. (032) 237-13-39, dariusz.mrozek@polsl.pl

Bibliografia

1. Fersht A: Enzyme Structure and Mechanism. 2nd ed. W.H. Freeman & Co., NY 1985.
2. Dickerson R.E., Geis L: The Structure and Action of Proteins. 2nd ed. Benjamin/Cumm-ings, Redwood City, Calif. Concise 1981.
3. Bańkowski E.: Biochemia. Podręcznik dla studentów uczelni medycznych. Wydawnictwo Medyczne Urban & Partner, Wrocław 2004.
4. Hames B.D., Hooper N.M., Houghton J.D.: Krótkie wykłady - Biochemia. Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa 2000.
5. Alberts B., i in.: Podstawy biologii komórki. PWN, Warszawa 2005.
6. Stepkiewicz O., Sokalski A.: Cząsteczki na zamówienie. CHIP 07/2000.
7. Murray R.K., Daryl K.G., Mayes P.A., Rodwell V.W.: Biochemia Harpera. Wydawnictwo Lekarskie PZWL, Warszawa 1995.
8. Creighton T.E.: Proteins: Structures and molecular properties. 2nd ed. Freeman, San Francisco 1993.
9. Mrozek D., Małysiak B., and Kozielski S.: EAST: Energy Alignment Search Tool, LNAI, 2006, Vol. 4223, s. 696-705.
10. Mrozek D., Małysiak B.: Searching for Strong Structural Protein Similarities with EAST. Journal of Computer Assisted Mechanics and Engineering Sciences, 2007, Vol. 14, s. 681-693.
11. Berman H.M., Westbrook J., Feng Z., Gilliland G., Bhat T.N., Weissig FL, Shindyalov I.N., and Bourne P.E.: The Protein Data Bank. Nucleic Acids Res., 2000, Vol. 28, s. 235-242.
12. Marchler-Bauer A., Addess K.J., Chappey C, Geer L., et al.: MMDB: Entrez's 3D structure database. Nucleic Acids Res., 1999, Vol. 27(1), s. 240-3.
13. Wesbrook J., Ito N., Nakamura H., Henrick K., Berman H.M.: PDBML: the representation of archival macromolecular structure data in XML. Bioinformatics, 2005, Vol. 21(7), s. 988-992.
14. Westbrook J.D., Fitzgerald P.M.D.: The PDB Format, mmCIF Formats, and Other Data Formats. Structural Bioinformatics, Volume 44, John Wiley & Sons, Inc. 2003.
15. Bourne P.E., Berman H.M., Watenpaugh K., et al.: The macromolecular Crystallographic Information File (mmCIF). Methods Enzymol., 1997, Vol. 277, s. 571-590.
16. Witryna internetowa Protein Data Bank (2008), http://www.wwpdb.org/documentation/
17. Baxevanis A.D., Ouellette B.F.F.: Bioinformatics. A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins. John Wiley & Sons, Inc. 2001.
18. Sayle R.: RasMol, Molecular Graphics Visualization Tool. Biomolecular Structures Group, Glaxo Welcome Research & Development, Stevenage, Hartfordshire 1998.
19. Steinbeck Ch., Han Y., Kuhn S., Horlacher O., et al.: The Chemistry Development Kit (CDK): An Open-Source Java Library for Chemo- and Bioinformatics. Journal of Chemical Information and Computer Sciences, 2003, Vol. 43(2), s. 493-500.
20. Kinoshita K, Nakamura H.: j V Users Guide, http://www.pdbj .org/j V/Help.html (2008).
21. Dokumentacja techniczna biblioteki JOGL (2008), https://jogl.dev.java.net/
22. Hogue CW.: Cn3D: a new generation of three-dimensional molecular structure viewer. Trends Biochem Sci. 1997, Vol. 22(8), s. 314-6.
23. Ohkawa H., Ostell J., Bryant S.: MMDB: an ASN.l specification for macromolecular structure. Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol. 1995, Vol. 3, s. 259-267
24. Spjuth O., Helmus T., Willighagen E.L., Kuhn S., et al.: Bioclipse: an open source workbench for chemo- and bioinformatics. BMC Bioinformatics. 2007, Vol. 22, s. 59-60.
25. Dokumentacja techniczna RCP, http://wiki.eclipse.org/index.php/Rich_Client_Platform (2008).

Typ dokumentu

Bibliografia

Identyfikator YADDA

bwmeta1.element.baztech-article-BSL9-0026-0004