Analiza wydajności metod dostępu do danych pochodzących z eksperymentów mikromacierzowych w zależności od sposobu ich przechowywania

• Autorzy: Zapart D. , Waller T. , Tkacz M.

Warianty tytułu

EN

Efficiency of microarray data access mechanisms in comparision with data storing methods

• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

W niniejszej pracy porównano (pod względem wydajności dostępu do danych) dwie metody gromadzenia plików zawierających dane z eksperymentu mikromacierzowego z wykorzystaniem mechanizmów relacyjnych baz danych. Pomiar czasu dostępu do zawartości pliku miał na celu wytypowanie tej metody, która po zaimplementowaniu w systemie informatycznym (którego jedną z funkcjonalności było przechowanie i udostępnianie danych mikromacierzowych) cechowałaby się lepszymi paramatrami dostępu do danych podlegających następnie dalszemu przetwarzaniu.

EN

The main goal of this article was to select the most optimal method of storing files from microarray experiment in database. The paper compares two methods of storing the data using the database: storing the files from microarray experiment directly in database or storing the reference to the files from the microarrays experiment saved on hard disk.

Słowa kluczowe

PL

mikromacierze DNA; systemy zarządzania bazami danych; SQL Server 2008; bioinformatyka

EN

DNA microarrays; database management system; SQL Server 2008; bioinformatics

• Wydawca: Wydawnictwo Politechniki Śląskiej
• Czasopismo: Studia Informatica
• Rocznik: 2010
• Tom: Vol. 31, nr 2A
• Strony: 303--312
• Opis fizyczny: Bibliogr. 7 poz.

Twórcy

autor

Zapart D.

autor

Waller T.

autor

Tkacz M.

• Instytut Informatyki, Uniwersyte Śląski,

Bibliografia

• 1. Storing Uploaded Files in a Database or in the File System with ASP.NET 2.0 http://imar.spaanjaars.com/QuickDocId.aspx?quickdoc=414
• 2. Storing Binary Files Directly in the Database Using ASP.NET 2.0 http://www.4guysfromrolla.com/articles/120606-1.aspx
• 3. To BLOB or Not To BLOB: Large Object Storage in a Database or a Filesystem http://research.microsoft.com/apps/pubs/default.aspx?id=64525
• 4. A Method of Microarray Data Storage Using Array Data Type http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2709412/
• 5. Oficjalna strona środowiska The R Project http://www.r-project.org/
• 6. Oficjalna strona bioinformatycznego pakietu Bioconductor http://www.bioconductor.org/
• 7. http://www.affymetrix.com/about_affymetrix/media/image-library.affx