Język zapytań dla molekularnych struktur białkowych

Wieczorek, D.; Małysiak-Mrozek, B.; Mrozek, D.

Artykuł - szczegóły

Tytuł artykułu

Język zapytań dla molekularnych struktur białkowych

Autorzy

Wieczorek D. , Małysiak-Mrozek B. , Mrozek D.

Identyfikatory

Warianty tytułu

Query language for protein molecular structures

Języki publikacji

Abstrakty

Reprezentacja białek w postaci struktury drugorzędowej dostarcza ważnych informacji dotyczących budowy białek i jest często wykorzystywana w procesie poszukiwania podobieństwa białek. Ponieważ istniejące komercyjne systemy zarządzania bazami danych nie udostępniają zintegrowanych sposobów zaawansowanego przetwarzania danych biologicznych na poziomie języka SQL, proces poszukiwania podobieństwa strukturalnego jest zwykle realizowany przez narzędzia zewnętrzne. W niniejszym artykule przedstawiono opracowany i zaimplementowany przez autorów język PSS-SQL, pozwalający na poszukiwanie w bazie danych białek o strukturze drugorzędowej podobnej do struktury wyspecyfikowanej przez użytkownika. W ten sposób otrzymujemy łatwy w zapisie, deklaratywny język do poszukiwania podobieństwa strukturalnego białek.

Secondary structure representation of proteins provides important information regarding protein general construction and shape. This representation is often used in protein similarity searching. Since existing commercial database management systems do not offer integrated exploration methods for biological data e.g. at the level of the SQL language, the structural similarity searching is usually performed by external tools. In the paper, we present our newly developed PSS-SQL language, which allows searching the database in order to identify proteins having secondary structure similar to the structure specified by the user in a PSS-SQL query. Therefore, we provide a simple and declarative language for protein structure similarity searching.

Słowa kluczowe

bioinformatyka białka struktura drugorzędowa podobieństwo

bioinformatics proteins secondary structure similarity

Wydawca

Wydawnictwo Politechniki Śląskiej

Czasopismo

Studia Informatica

Rocznik

2010

Tom

Vol. 31, nr 2A

Strony

267--287

Opis fizyczny

Bibliogr. 18 poz.

Twórcy

autor

Wieczorek D.

autor

Małysiak-Mrozek B.

autor

Mrozek D.

Politechnika Śląska, Instytut Informatyki, wieczorek.dominika@gmail.com

Bibliografia

1. Eidhammer I., Inge J., Taylor W.R..: Protein Bioinformatics: An Algorithmic Approach to Sequence and Structure Analysis. John Wiley & Sons, 2004.
2. Branden C., Tooze J.: Introduction to Protein Structure. Garland 1991.
3. Dickerson R.E., Geis I.: The Structure and Action of Proteins. 2nd ed. Benjamin/Cummings, Redwood City, Calif. Concise 1981.
4. Creighton T.E.: Proteins: Structures and molecular properties. 2nd ed. Freeman, San Francisco 1993.
5. Berman H.M., Westbrook J., Feng Z., Gilliland G., Bhat T.N., Weissig H., et al.: The Protein Data Bank. Nucleic Acids Res., 2000, No. 28, s. 235-242.
6. Gibrat J.F., Madej T., Bryant S.H.: Surprising similarities in structure comparison. Curr Opin Struct Biol, 6(3), 1996, s. 377-385.
7. Shapiro J., Brutlag D.: FoldMiner and LOCK 2: protein structure comparison and motif discovery on the web. Nucleic Acids Res., 32, 2004, s. 536-41.
8. Can T., Wang Y.F.: CTSS: a robust and efficient method for protein structure alignment based on local geometrical and biological features. Proc. of the 2003 IEEE Bioinformatics Conference, 2003, s. 169-179.
9. Yang J.: Comprehensive description of protein structures using protein folding shape code. Proteins, 71 (3), 2008, s. 1497-518.
10. Mrozek D., Małysiak B.: Searching for Strong Structural Protein Similarities with EAST. Journal of Computer Assisted Mechanics and Engineering Sciences, 2007, No. 14, s. 681-693.
11. Hammel L., Patel J.M.: Searching on the secondary structure of protein sequences. Proceedings of the 28th intemational conference on Very Large Data Bases, Hong Kong, China, 2002, s. 634-645.
12. Tata S., Patel J.M., Friedman J.S., Swaroop A.: Declarative Querying for Biologia Sequences. Proc. of the 22nd International Conference on Data Engineering, IEEE Computer Society, 2006, s. 87-98.
13. Wang Y., Sunderraman R., Tian H.: A Domain Specific Data Management Architecture for Protein Structure Data. Proceedings of the 28th IEEE EMBS Annual International Conference, New York City, USA, IEEE, 2006, s. 5751-5754.
14. Murzin A.G., Brenner S.E., Hubbard T., Chothia C: SCOP: A Structural Classification of Proteins Database for the Investigation of Sequences and Structures. J. Mol. Biol. 247, 1995, s. 536-540.
15. Orengo C.A., Michie A.D., Jones S., et al.: CATH - A hierarchic classification of protein, domain structures. Structure, Vol 5. No 8. 1997, s. 1093-1108.
16. Smith T.F., Waterman M.S.: Identification of common molecular subsequences. J Mol Biol, 147, 1981, s. 195-197.
17. Apweiler R., Bairoch A., Wu C.H., Barker W.C., et al.: UniProt: the Universal l Protein knowledgebase. Nucleic Acids Res., 32 (Database issue), 2004, s. 115-9.
18. Frishman D., Argos P.: Incorporation of non-local interactions in protein secondary| structure prediction from the amino acid sequence. Protein Eng, 9(2), 1996, s. 133-142.

Typ dokumentu

Bibliografia

Identyfikator YADDA

bwmeta1.element.baztech-article-BSL7-0046-0027