Porównanie wydajności relacyjnej i nierelacyjnej bazy danych w kontekście przechowywania danych z mikromacierzy DNA

• Autorzy: Zapart D. , Waller T. , Tkacz M.

Warianty tytułu

EN

Relational and non-relational database efficiency comparision with DNA microarray data storing

• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

W artykule porównana została wydajność dwóch wersji systemów zarządzania bazami danych pod kątem możliwości zastosowania ich w gromadzeniu danych z mikromacierzy DNA. W analizie porównawczej uwzględniono metody składowania danych: oparte na modelu nierelacyjnym (noSQL) oraz metodę gromadzenia danych mikromacierzowych zgodną z modelem relacyjnym Obiekt-Atrybut-Wartość. Do implementacji relacyjnej bazy danych wykorzystany został system Microsoft SQL Server 2012. Implementacja nierelacyjnej bazy danych wykonana została w programie Raven DB. Ocena efektywności każdej z metod gromadzenia danych oparta została na próbkowaniu czasu procesora (ang. CPU sampling) za pomocą oprogramowania Microsoft Visual Studio Profiler.

EN

The paper compares the efficiency of two versions of database management systems from the possibility of using them in storing data from DNA microarray point of view. In comparative analysis 3 methods of storing data were taken into account: basing on non-relational model (noSQL) and the method of storing microarray data according to the relational model called entity-attribute-value. Microsoft SQL Server 2012 system was used to implementation of relational database. Implementation of non-relational database was performed in Raven DB. Evaluation of efficiency of each of the method of storing data was based on CPU sampling using Micrisoft Visual Studio Profiler.

Słowa kluczowe

PL

relacyjna baza danych; nierelacyjna baza danych; model obiekt-atrybut-wartość; Microsoft SQL Server; Raven DB; NoSQL; mikromacierze DNA

EN

relational database; non-relational database; entity-attribute-value model; Microsoft SQL Server; Raven DB; NoSQL; DNA microarrays

• Wydawca: Wydawnictwo Politechniki Śląskiej
• Czasopismo: Studia Informatica
• Rocznik: 2012
• Tom: Vol. 33, nr 2A
• Strony: 555--566
• Opis fizyczny: Bibliogr. 11 poz.

Twórcy

autor

Zapart D.

autor

Waller T.

autor

Tkacz M.

• Uniwersytet Śląski, Instytut Informatyki, ul. Będzińska 39, 41-200 Sosnowiec, Polska,

Bibliografia

• 1. Gramacki A., Gramacki J.: Modelowanie typu Entity-Attribute-Value w bazach danych. PAK, Vol. 53, nr 5/2007.
• 2. Hong-Hai D., Toralf K., Erhard R.: Comparative Evaluation of Microarray-based Gene Expression Databases. Conference paper. BTW 2003, Datenbanksysteme für Business, Technologie und Web, Tagungsband der 10. BTW-Konferenz, Leipzig 2003.
• 3. Tsoi L. C., Zheng W. J.: A Method of Microarray Data Storage Using Array Data Type. Comput. Biol. Chem., 2007.
• 4. Masys D.: Database designs for microarray data. Pharmacogenomics J., Vol. 1(4), 2001,s.232-233.
• 5. Jarząb B., Gubała E., Lange D.: Mikromacierze DNA i profil ekspresji genów raka brodawkowatego tarczycy. IV Konferencja Sekcji Endokrynologii Molekularnej PTE, Poznań 2004.
• 6. Chang F., Dean J., Ghemawat S., Hsieh W. C., Wallach D. A., Burrows M., ChandraT., Fikes A., Gruber R. E.: Bigtable: A Distributed Storage System for Structured Data. Google, Inc., 2006.
• 7. Lakshman A., Malik P.: Cassandra - A Decentralized Structured Storage System. Facebook 2009.
• 8. Peng D., Dabek F.: Large-scale Incremental Processing Using Distributed Transactions and Notifications. Google, Inc.
• 9. Scholz J.: Coping with Dynamic, Unstructured Data Sets - NoSQL a Buzzword or a Savior? TU Vienn.
• 10. Neubauer P.: Graph Databases, NoSQL and Neo4j. 2010.
• 11. Crockford D.: The application/json Media Type for JavaScript Object Notation (JSON). 2006.