Dwufazowy algorytm dopasowania w poszukiwaniu podobieństwa struktur białkowych

Krygowski, A.; Małysiak-Mrozek, B.; Mrozek, D.

Artykuł - szczegóły

Tytuł artykułu

Dwufazowy algorytm dopasowania w poszukiwaniu podobieństwa struktur białkowych

Autorzy

Krygowski A. , Małysiak-Mrozek B. , Mrozek D.

Identyfikatory

Warianty tytułu

Two-phase alignment algorithm for protein structure similarity searching

Języki publikacji

Abstrakty

Poszukiwanie podobieństwa strukturalnego białek jest jednym z kluczowych, a zarazem trudnych zadań współczesnej bioinformatyki strukturalnej. Bogata przestrzeń poszukiwań oraz różnorodność cech strukturalnych i funkcjonalnych białek sprawiają, że powstaje wiele algorytmów poszukiwania podobieństwa białek, których działanie opiera się na różnych cechach reprezentatywnych. W niniejszym artykule przedstawiono nowy, dwufazowy algorytm dopasowania struktur białkowych, wykorzystywany w poszukiwaniu podobieństwa białek.

Protein structure similarity searching is one of the key, and yet difficult tasks of modern structural bioinformatics. A reach exploration space and a wide variety of structural and functional features of proteins caused the development of many algorithms of protein similarity searching, whose activity is based on various representative characteristics. In this paper, we present a new, two-phase algorithm for matching protein structures used in the protein similarity searching.

Słowa kluczowe

bioinformatyka strukturalna dopasowanie struktura białka podobieństwo

structural bioinformatics alignment protein structure similarity

Wydawca

Wydawnictwo Politechniki Śląskiej

Czasopismo

Studia Informatica

Rocznik

2012

Tom

Vol. 33, nr 2A

Strony

525--541

Opis fizyczny

Bibliogr. 17 poz.

Twórcy

autor

Krygowski A.

autor

Małysiak-Mrozek B.

autor

Mrozek D.

Politechnika Śląska, Instytut Informatyki, ul. Akademicka 16, 44-100 Gliwice, Polska, bozena.malysiak@polsl.pl

Bibliografia

1. Gu J., Bourne P.E.: Structural Bioinformatics (Methods of Biochemical Analysis), 2 edition. Wiley-Blackwell, 2009.
2. Birrane G., Varma A. K., Soni A., Ladias J. A.: Crystal structure of the BARD1 BRCT domains. Biochemistry, Vol. 46(26), 2007, s. 7706-7712.
3. Berman H. M., Westbrook J., Feng Z., Gilliland G., Bhat T. N., Weissig H. et al.: The Protein Data Bank. Nucleic Acids Res., No. 28, 2000, s. 235-242.
4. Gibrat J. F., Madej T., Bryant S. H.: Surprising similarities in structure comparison. Curr. Opin. Struct. Biol., Vol. 6(3), 1996, s. 377-385.
5. Holm L, Sander C.: Protein structure comparison by alignment of distance matrices. J. Mol. Biol., Vol. 233(1), 1993, s. 123-138.
6. Shapiro J., Brutlag D.: FoldMiner and LOCK2: protein structure comparison and motif discovery on the web. Nucleic Acids Res., Vol. 32, 2004, s. 536-541.
7. Ye Y., Godzik A.: Flexible structure alignment by chaining aligned fragment pairs allowing twists. Bioinformatics, Vol. 19(2), 2003, s. 246-255.
8. Can T., Wang Y. F.: CTSS: A Robust and Efficient Method for Protem Structure Alignment Based on Local Geometrical and Biological Features. Proceedings of the 2003 IEEE Bioinformatics Conference, 2003, s. 169-179.
9. Shindyalov I. N., Bourne P. E.: Protein structure alignment by incremental combinatorial extension (CE) of the optimal path. Protein Engineering, Vol. 11(9), 1998, s. 739-747.
10. Mrozek D., Małysiak B., Kozielski S.: EAST: Energy Alignment Search Tool. Springer-Verlag GmbH, LNAI, Vol. 4223, 2006, s. 696-705.
11. Mrozek D., Małysiak B.: Searching for Strong Structural Protein Similarities with EAST. Journal of Computer Assisted Mechanics and Engineering Sciences, No. 14, 2007, s. 681-693.
12. Mrozek D., Małysiak-Mrozek B.; Kozielski S.: Alignment of protein structure energy patterns represented as sequences of Fuzzy Numbers. 32th Annual Meeting of the North American Fuzzy Information Processing Society, 2009. IEEE, Cincinnati, USA 2009, s. 1-6.
13. Mrozek D., Małysiak-Mrozek B.: An Improved Method for Protein Similarity Searching by Alignment of Fuzzy Energy Signatures. International Journal of Computational Intelligence Systems, Vol. 4, No. 1, Atlantis Press 2011, s. 75-88.
14. Smith T. F., Waterman M. S.: Identification of common molecular subsequences. J. Mol. Biol., Vol. 147, 1981, s. 195-197.
15. Hogue C., Ohkawa H., Bryant S.: A dynamic look at structures: WWW-Entrez and the Molecular Modelling Database. Trends Biochem. Sci., Vol. 21, 1996, 226-229.
16. Keating A. E., Malashkevich V. N., Tidor B., Kim P. S.: Side-chain repacking calculations for predicting structures and stabilities of heterodimeric coiled coils. Proc. Natl. Acad. Sci., Vol. 98(26), USA 2001, s. 14825-14830.
17. Lu M., Shu W, Ji H., Spek E., Wang L., Kallenbach N.R.: Helix capping in the GCN4 leucine zipper. J. Mol. Biol., Vol. 288(4), 1999, s. 743-752.

Typ dokumentu

Bibliografia

Identyfikator YADDA

bwmeta1.element.baztech-article-BSL6-0016-0080