Laboratoryjne systemy zarządzania informacją jako użyteczne źródło danych w pozyskiwaniu wiedzy przy użyciu metod eksploracji danych

• Autorzy: Chabior M. , Tkacz M.

Warianty tytułu

EN

Laboratory information management systems as a useful source of data to knowledge discovery using data mining methods

• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

Artykuł wskazuje na Laboratoryjne Systemy Zarządzania Informacją (ang. LIMS – Laboratory Information Management System) jako bazodanowe źródło danych możliwych do wykorzystania w procesie pozyskiwania wiedzy przy użyciu metod eksploracji danych. W artykule opisano zasady funkcjonowania LIMS, kierunki ich rozwoju oraz oczekiwania stawiane tym systemom na dzień dzisiejszy, ze strony laboratoriów badawczych. Na przykładzie systemu Sample-based Laboratory Information Management System (SLIMS) pokazano, że przy użyciu aplikacji pośredniczącej można pobrać określone dane zgromadzone w bazie systemu LIMS i wykorzystać je w celu eksploracji danych przy użyciu jednej z metod Data Mining. Opisano ponadto sposób pozyskiwania wybranych danych z bazy danych systemu laboratoryjnego przy użyciu autorskiej aplikacji, odpytującej przez składnię zapytań języka SQL, i użycie tych danych w metodzie drzew decyzyjnych C4.5. Rozwiązanie opisane w artykule pokazuje możliwość rozszerzenia funkcjonalności LIMS o zakres pozyskiwania wiedzy z danych.

EN

The article describes Laboratory Information Management Systems (LIMS) as a useful source of data to obtain new knowledge by using data mining techniques. Based on the example, article shows that using a simple application user can retrieve data from the LIMS database and use them to explore the data using data mining methods. The article describes also the use of a particular group of data stored in the Genapha SLIMS system to construct a decision tree using the algorithm C4.5. The solution described in the article, shows the possibility to extend the functionality of the LIMS through knowledge discovery from data.

Słowa kluczowe

PL

LIMS; zarządzanie treścią; systemy laboratoryjne; eksploracja danych; systemy ekspertowe; drzewo decyzyjne; algorytm C4.5

EN

LIMS; information management; laboratory systems; data mining; decision tree; algorithm C4.5

• Wydawca: Wydawnictwo Politechniki Śląskiej
• Czasopismo: Studia Informatica
• Rocznik: 2011
• Tom: Vol. 32, nr 2B
• Strony: 403--413
• Opis fizyczny: Bibliogr. 7 poz.

Twórcy

autor

Chabior M.

autor

Tkacz M.

• Uniwersytet Śląski, Wydział Informatyki i Nauki o Materiałach. Zakład Systemów Informatycznych, ul. Będzińska 39,41-200 Sosnowiec, Polska,

Bibliografia

• 1. Cowan D.: Informatics for the Clinical Laboratory. Springer, New York 2005.
• 2. Paszko C, Turner E.: Laboratory Information Management Systems, Second Edition, Revised and Expanded. Marcel Dekker, Inc., 2001.
• 3. Nakagawa A.S.: LIMS: Implementation and Management. The Royal Chemistry Society, 1994.
• 4. Rossum T.V., Tripp B., Daley D.: SLIMS - A user-friendly sample operations and inventory management system for genotyping labs. Bioinformatic Advance Access, 30 May 2010.
• 5. Hand D., Mannila H.. Smyth P.: Eksploracja danych. WNT, Warszawa 2005.
• 6. Larose D.T.: Odkrywanie wiedzy z danych. PWN, Warszawa 2006.
• 7. Wang J.T.L., Zaki M.J., Toivonen H.T.T., Shasha D.: Data Mining in Bioinfomiatics. Springer-Verlag, 2005.