Sekwencjonowanie DNA z błędami negatywnymi oraz informacją o powtórzeniach

• Autorzy: Kwarciak K. , Radom M. , Formanowicz P.

Warianty tytułu

EN

DNA sequencing with negative errors and information about repetitions

• Konferencja: XVI Krajowa Konferencja Automatyzacji Procesów Dyskretnych, (2008, Gliwice, Polska)
• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

W pracy przedstawiony jest algorytm typu podziału i ograniczeń dla problemu sekwencjonowania przez hybrydyzację z błędami negatywnymi oraz częściową informacją o powtórzeniach. Uwzględnienie tego rodzaju informacji możliwe jest ze względu na rozwój technologii stosowanej w eksperymencie hybrydyzacyjnym. Prowadzi ono do rozszerzenia standardowej wersji metody sekwencjonowania przez hybrydyzację oraz do polepszenia jakości uzyskiwanych rozwiązań.

EN

In this paper a branch and bound algorithm for sequencing by hybridization problem with negative errors and partial information about repetitions is presented. Taking into account information of this type is possible because of the development of the technology used in the hybridization experiment. It leads to an extension of the standard sequencing by hybridization method and to an improvement of the quality of the obtained results.

Słowa kluczowe

PL

algorytm podziału; algorytm ograniczeń; sekwencjonowanie DNA; hybrydyzacja

EN

bound algorithm; branch algorithm; DNA sequencing; hybridization

• Wydawca: Wydawnictwo Politechniki Śląskiej
• Czasopismo: Zeszyty Naukowe. Automatyka / Politechnika Śląska
• Rocznik: 2008
• Tom: z. 151
• Strony: 215--222
• Opis fizyczny: bibliogr. 6 poz.

Twórcy

autor

Kwarciak K.

autor

Radom M.

autor

Formanowicz P.

• Instytut Informatyki Politechniki Poznańskiej ul. Piotrowo 2, 60-965 Poznań, Polska; Tel.: [phone],

Bibliografia

• Bains W., Smith G.C: A novel method for nucleic acid sequence determination. Journal of Theoretical Biology, 135, 1988, p. 303-307.
• Błażewicz J., Formanowicz R, Kasprzak M., Markiewicz W.T., Węglarz J.: DNA sequencing with positive and negative errors. Journal of Computational Biology, 1999, 6, p. 113-123.
• Formanowicz P.: DNA sequencing by hybridization with additional information available. Computational Methods in Science and Technology, 11, 2005, p. 21-29.
• Formanowicz P.: Selected combinatorial aspects of biological seqeuence analysis. Wydawnictwo Politechniki Poznańskiej, Poznań 2005.
• Lysov Yu.P, Florentiev V.L., Khorlin A.A., Khrapko K.R., Shik V.V., Mirzabe-kov A.D.: Determination of the nucleotide sequence of DNA using hybridization with oligonucleotides. A new method. Doklady Akademii Nauk SSSR, 303, 1988, p. 1508-1511.
• Pevzner P.A.: Computational molecular biology. An algorithmic approach. The MIT Press, Cambridge, Massachusetts, 2000.