Asemblacja długich łańcuchów peptydowych przy wykorzystaniu metaheurystyki GRASP

• Autorzy: Głowacki T. , Kozak A. , Formanowicz P.

Warianty tytułu

EN

Assembling long peptides using GRASP metaheuristic

• Konferencja: XVI Krajowa Konferencja Automatyzacji Procesów Dyskretnych, (2008, Gliwice, Polska)
• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

Ustalenie kolejności aminokwasów w cząsteczce białka nosi nazwę sekwencjonowania. Brak bezpośrednich metod sekwencjonowania długich peptydów powoduje, że potrzebne są dedykowane metody asemblacyjne, które odpowiednio poskładają krótkie łańcuchy w jeden długi łańcuch aminokwasów. W pracy tej został zaproponowany algorytm asemblacyjny typu GRASP. Przedstawiony algorytm został zaimplementowany i przetestowany dla zbioru rzeczywistych peptydów, a uzyskane rozwiązanie zostało przedyskutowane.

EN

Determining an order of amino acids in peptide structure is called sequencing method. Lack of direct sequencing methods for long peptides causes that assembling methods to combine many short peptides into one long structure are necessary. In this paper assembling algorithm based on GRASP method was proposed. The algorithm was implemented and tested on real peptides set and the obtained results was discussed.

Słowa kluczowe

PL

algorytm GRASP; metaheurystyka; algorytm asemblacyjny; bioinformatyka

EN

GRASP algorithm; metaheuristic; assembling algorithm; bioinformatic

• Wydawca: Wydawnictwo Politechniki Śląskiej
• Czasopismo: Zeszyty Naukowe. Automatyka / Politechnika Śląska
• Rocznik: 2008
• Tom: z. 151
• Strony: 203--208
• Opis fizyczny: bibliogr. 6 poz.

Twórcy

autor

Głowacki T.

autor

Kozak A.

autor

Formanowicz P.

• Instytut Informatyki Politechniki Poznańskiej ul. Piotrowo 2, 60-965 Poznań, Polska; Tel.: [phone]

Bibliografia

• 1. Gallant J.K.: The complexity of the overlap method for sequencing biopolymers. Journal of Theoretical Biology, 101, 1983, p. 1-17.
• 2. Błażewicz J., Borowski M., Formanowicz R, Stobiecki M.: Tabu search method for determining sequences of amino acids in long polypeptides. Lecture Notes in Computer Science, 2005, 3449, 22-32.
• 3. Błażewicz J., Borowski M., Formanowicz R, Głowacki T: On graph theoretical models for peptide sequence assembly. Foundations of Computing and Decision Sciences, 30, 2005, p. 183-191.
• 4. Formanowicz P.: Selected combinatorial aspects of biological seqeuence analysis. Wydawnictwo Politechniki Poznańskiej, Poznań 2005.
• 5. Resende M., Reibeiro C: Greedy Randomized Adaptive Search Procedures. Handbook of Metaheuristics, Kluwer Academic Publishers, 2003, p. 219-249.
• 6. Stryer L.: Biochemistry, 4th edition. W.H. Freeman and Company, New York 1995.