Wizualizacja algorytmów optymalnego dopasowania sekwencji nukleotydów i aminokwasów

• Autorzy: Skowron A. , Mrozek D.

Warianty tytułu

EN

Visualisation of optimal alignment algorithms of nucleotide and protein sequences

• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

Celem prac przedstawionych w niniejszym artykule była konstrukcja narzędzia do wizualizacji wybranych algorytmów optymalnego dopasowania sekwencji nukleotydów i aminokwasów. Zasadę działania zbudowanego narzędzia można sprowadzić do trzech kroków. W kroku pierwszym określane są parametry wejściowe. W kroku drugim następuje wizualizacja dopasowania sekwencji biopolimerowych. Na koniec wyznaczane jest optymalne dopasowanie, zobrazowane ścieżką przejścia oraz wartością liczbową.

EN

The aim of the work reported in this paper was to develop a tool for visualization of optimal alignment algorithms of nucleotide and protein sequences. Functioning of the developed tool is based on three steps. In the first step, input parameters are determined. In the second step, the tool visualizes alignment of biopolymers according to the chosen algorithm. At the end, an optimal alignment is illustrated as an alignment path with appropriate similarity measure.

Słowa kluczowe

PL

OPAL; nukleotydy; aminokwasy; algorytm optymalnego dopasowania; wizualizacja

EN

nucleotide; protein sequences; visualization; OPAL

• Wydawca: Wydawnictwo Politechniki Śląskiej
• Czasopismo: Studia Informatica
• Rocznik: 2011
• Tom: Vol. 32, nr 2A
• Strony: 245--258
• Opis fizyczny: Bibliogr. 18 poz.

Twórcy

autor

Skowron A.

autor

Mrozek D.

• Politechnika Śląska, Instytut Informatyki, ul. Akademicka 16, 44-100 Gliwice,,

Bibliografia

• 1. Winter P. C., Hickey G. I., Fletcher H. L.: Genetyka. Krótkie wykłady, PWN, Warszawa 2008.
• 2. Baran A. A., Silverman K. A., Zeskand J., Koratkar R., Palmer A., McCullen K., Curran W. J., Bocker E. T., Siracusa L. D., Buchberg A. M.: The Modifier of Min 2 (Mom2) locus: embryonic lethality of a mutation in the Atp5a1 gene suggests a novel mechanism of polyp suppression, Genome Res, Vol. 17 (5), 2007, s. 566÷76.
• 3. Cormen T. H., Leiserson C. E., Rivest R. L.: Wprowadzenie do algorytmów. WNT, Warszawa 2001.
• 4. Internet: http://www.clcbio.com, dostęp: 16.02.2011.
• 5. Internet: http://www.geneious.com, dostępŚ 16.02.2011.
• 6. Internet: http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/NW-align/, dostęp 16.02.2011.
• 7. Internet: http://baba.sourceforge.net/, dostępŚ 16.02.2011.
• 8. Lewi1ski K.Ś Porównywanie sekwencji białek i kwasów nukleinowych. Uniwersytet Jagiello1ski, Materiały dydaktyczne.
• 9. Rosenberg M. S.: Sequence Alignment. Methods, Models, Concepts, and Strategies. University of California Press, 2009.
• 10. Agarwal P. K., Vaidya M.: Local Alignment and Substitution Matrices. Algorithms in Computational Biology, Duke University, 2003.
• 11. Budd A.: European Molecular Biology Laboratory, Courses, Internet: http://www.embl.de/~seqanal/courses/tuebingenMpiPhyloMsaFeb2009/usingRaxml.html, dostęp 21.01.2011.
• 12. Henikoff S., Henikoff J.: Amino acid substitution matrices from protein blocks. Proc NatlAcad Sci USA, Vol. 89 (22), 1992, s. 10915÷10919.
• 13. Needleman S. B., Wunsch C. D.: A General Method Applicable to the Search for Similarities in the Amino Acid Sequence of Two Proteins. J Mol Biol, Vol. 48 (3), 1970, s. 443÷53.
• 14. Smith T.F., Waterman M.S., Fitch W.M.: Comparative Biosequence Metrics. J Mol Evol, Vol. 18 (1), 1981, s. 38÷46.
• 15. Smith T. F., Waterman M. S.: Identification of Common Molecular Subsequences. J Mol Biol, Vol. 147 (1), 1981, s. 195÷197.
• 16. Waterman M. S.: Efficient Sequence Alignment Algorithms, J Theor Biol, Vol. 108 (3), 1984, s. 333÷337.
• 17. Sellers P. H.: On the theory and computation of evolutionary distances. SIAM J Appl Math, Vol. 26 (4), 1974, s. 787÷793.
• 18. Vingron M., Waterman M.S.: Sequence alignment and penalty choice. Review of concepts, case studies and implications. J Mol Biol, Vol. 235 (1), 1994, s. 1÷12.