Integracja i wizualizacja danych strukturalnych na przykładzie baz sieci biologicznych

• Autorzy: Świder K. , Jędrzejec B. , Jakobus D.

Warianty tytułu

EN

Integration and visualization of structured data representing biological networks

• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

Do najważniejszych zadań biologii systemowej należy badanie sieci biologicznych, celem ich lepszego poznania i praktycznego wykorzystania. W artykule przedstawiono zintegrowane środowisko BiNArr do wstępnego przetwarzania oraz wizualizacji danych, pochodzących z wybranych baz sieci biologicznych. Zaproponowano jednolitą grafową reprezentację struktur pozyskanych z oryginalnych zasobów oraz przygotowano moduły do ich wizualizacji i edycji. Przewidziano także możliwość eksportu grafów w formatach wymaganych przez aplikacje drążenia grafów. Do prezentacji wybranych funkcji systemu posłużyły – udostępnione w bazach KEGG – mapy szlaków metabolicznych oraz sieci oddziaływań białko-białko, pozyskane z za-sobów DIP.

EN

The investigation of biological networks for their better understanding and making available for practical use is currently the important task in systems biology. The paper presents an integrated environment BiNArr aimed to perform some data preparation operations as well as visualization of the network data stored in biological databases. We proposed the unified graph representation for the structures extracted from original resources and developed the modules for their visualization and edition. Another important feature is the automatic coding of the resulting graphs in several formats required by different graph mining applications. In order to present some capabilities of the application, the structures from example databases representing metabolic pathways (KEGG) as well as protein-protein interactions (DIP) were used.

Słowa kluczowe

PL

graf; dane strukturalne; wizualizacja; przetwarzanie danych; sieć biologiczna

EN

graph; structured data; visualization; data preparation; biological network

• Wydawca: Wydawnictwo Politechniki Śląskiej
• Czasopismo: Studia Informatica
• Rocznik: 2011
• Tom: Vol. 32, nr 2A
• Strony: 199--212
• Opis fizyczny: Bibliogr. 10 poz.

Twórcy

autor

Świder K.

autor

Jędrzejec B.

autor

Jakobus D.

• Politechnika Rzeszowska, Wydział Elektrotechniki i Informatyki, ul. W. Pola 2, 35-959 Rzeszów,

Bibliografia

• 1. Cline M. S. et al.: Integration of biological networks and gene expression data using Cytoscape. Nature Protocols, t. 2, No. 10, 2007, s. 2366÷2382.
• 2. Cook D. J., Holder L. B..: Mining Graph Data. John Wiley and Sons Inc., 2007.
• 3. De Las Rivas J., Fontanilio C.: Protein-Protein Interactions Essentials: Key Concepts to Building and Analyzing Interactome Networks. PLoS Computational Biology, t. 6, No. 6, e1000807, 2010. Integracja i wizualizacja danych strukturalnych na przykładzie baz sieci biologicznych 211
• 4. Iragne F. et al.: ProViz: Protein Interaction Visualization and Exploration. Bioinformatics, Bioinformatics Advance Access published September 3, 2004, available via: bioinformatics. oxfordjournals.org.
• 5. Kanehisa M. et al.: From genomics to chemical genomics: new developments in KEGG. Nucleic Acids Research, t. 34, Database-Issue, 2006, s. 354÷357.
• 6. Kanehisa M., Goto S.: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. Nucleic Acids Research, t. 28, No. 1, 2000, s. 27÷30.
• 7. Kerrien S. et al.: Broadening the horizon-level 2.5 of the HUPO-PSI format for molecular interactions. BMC Biology, z. 5, 44, 2007.
• 8. Lacroix V., Cottret L., Thébault P., Sagot M.-F.: An Introduction to Metabolic Networks and Their Structural Analysis. IEEE/ACM Trans. Comput. Biol. Bioinformatics, t. 5, No. 4, 2008, s. 594÷617.
• 9. Xenarios I., Rice D. W., Salwinski L., Baron M. K., Marcotte E. M., Eisenberg D.: DIP: the Database of Interacting Proteins. Nucleic Acids Res, z. 28(1), 2000, s. 289÷291.
• 10. You C., Holder L., Cook D.: Substructure Analysis of Metabolic Pathways by Graphbased Relational Learning. Biomedical Data and Applications, t. 224, s. 237÷261.