Eksploracja danych genetycznych bazy GenBank z wykorzystaniem usług sieciowych

• Autorzy: Siążnik A. , Małysiak-Mrozek B. , Mrozek D.

Warianty tytułu

EN

Exploration of genetic data from GenBank using web services

• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

National Center for Biotechnology Information (NCBI) gromadzi ogromne liczby danych opisujących różne organizmy biologiczne na wiele różnych sposobów. Dane te są przechowywane we właściwych bazach danych, zarządzanych przez NCBI. Baza danych GenBank jest jedną z najbardziej znanych na świecie baz NCBI przechowujących dziesiątki milionów sekwencji nukleotydowych DNA i RNA. W niniejszym artykule przedstawiono autorski system eksploracji danych genetycznych bazy GenBank. System search GenBank pozwala nie tylko wyszukiwać i przeglądać dane biologiczne bazy GenBank, ale także łączyć znalezione wpisy bazy GenBank z danymi w innych bazach danych NCBI, dając w ten sposób możliwość międzybazowej eksploracji danych.

EN

National Center for Biotechnology Information (NCBI) collects huge amounts of data describing various biological organisms in several ways. These data are stored in appropriate databases, managed by the NCBI. GenBank is one of the world's most famous NCBI database storing tens of millions of nucleotide sequences of DNA and RNA. In this article, we present a new system designed to explore genetic data in the GenBank database. The search GenBank system not only allows to search and browse biological data in the GenBank, but also combine the GenBank database entries with items in other NCBI databases. Therefore, the search GenBank provides the cross-database exploration possibilities.

Słowa kluczowe

PL

bioinformatyka; DNA; RNA; baza danych; usługi sieciowe

EN

bioinformatics; DNA; RNA; database; web services

• Wydawca: Wydawnictwo Politechniki Śląskiej
• Czasopismo: Studia Informatica
• Rocznik: 2011
• Tom: Vol. 32, nr 3B
• Strony: 35--51
• Opis fizyczny: Bibliogr. 10 poz.

Twórcy

autor

Siążnik A.

autor

Małysiak-Mrozek B.

autor

Mrozek D.

• Politechnika Śląska, Instytut Informatyki, ul. Akademicka 16, 44-100 Gliwice, Polska,

Bibliografia

• 1. Mrozek D : Bioinfomiatyczne bazy danych – rola, miejsce i klasyfikacja, [w] Bazy danych: Struktury, Algorytmy, Metody. Wydawnictwa Komunikacji i Łączności, Warszawa 2006, s. 117-128.
• 2. Mrozek D., Małysiak B: Bioinfomiatyczne bazy danych - poziomy opisu funkcjonowania organizmów, [w] Bazy danych: Struktury, Algorytmy, Metody. WKŁ. Warszawa 2006. s. 107-116.
• 3. Benson D. A., Karsch-Mizrachi I., Lipman D. J., Ostell J., Wheeler D. L.: GenBank: update. Nucleic Acids Res., Vol. 32, 2004, s. 23-26.
• 4. Hogue C., Ohkawa H., Bryant S.: A dynamic look at structures: WWW-Entrez and the Molecular Modelling Database. Trends Biochem. Sci. 21, 1996, s. 226-229.
• 5. Wheeler D. L., Chappey C., Lash A. E., Leipe D. D., et al.: Database resources of the National Center for Biotechnology Information. Nucleic Acids Res., 28(1), 2000, s. 10-14.
• 6. McEntyre J., Lipman D.: PubMed: bridging the information gap. CMAJ 164(9), 2001, s. 1317-1319.
• 7. Ostell J.: The Entrez Search and Retrievlal System, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshelf/br.fcgi?book=handbook&part=ch15 [stan na 02.02.2011].
• 8. Sayer E., Wheeler D.: Building Customized Data Pipelines Using The Entrez Programming Utilities (eUtils). http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshelf/ /br.fcgi?book=course-work&part=eutils [dostęp 02.02.2011],
• 9. Sayers E.: The E-Utilities In-Depth: Parameters, Syntax and More, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshelf/br.fcgi?book=helpeutils&part=chapter4 [dostęp 02.02.2011],
• 10. SOAP Version 1.2 Part 1: Messaging Framework (Second Edition), http://www.w3.org/TR/soap12-part1/ [dostęp 02.02.2011],