Algorytm haszowania geometrycznego w dokowaniu molekularnym

• Autorzy: Pacholczyk M. , Bereska D.

Warianty tytułu

EN

The geometric hashing algorithm in molecular docking

• Konferencja: XV Krajowa Konferencja Automatyzacji Procesów Dyskretnych, Zakopane, 20-23 września 2006r.
• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

W pracy przedstawiono implementację oraz wstępne wyniki działania zmodyfikowanego algorytmu wizji komputerowej - haszowania geometrycznego zastosowanego w problemie dokowania molekularnego. Dokowanie molekularne w ujęciu przedstawionym w pracy jest problemem znalezienia najlepszego dopasowania struktury przestrzennej białka oraz mniejszej molekuły - ligandu (molekuły lekopodobnej). Jako model interakcji białko ligand zastosowano powierzchnie interakcji - stanowiących geometryczną reprezentację zbioru reguł rządzących oddziaływaniami na poziomie molekularnym (wiązania wodorowe, oddziaływania hydrofobowe). Właściwości algorytmu zostały sprawdzone podczas próby rekonstrukcji naturalnego dopasowania struktury izomerazy oraz ligandu SO4, pochodzących z kompleksu o oznaczeniu 5TIM (PDB).

EN

The paper presents an implementation and preliminary results obtained with modified computer vision algorithm called geometric hashing applied to the problem of molecular docking. Molecular docking as presented here is the problem of finding the best possible matching between protein structure and a ligand (typically a smaller, drag like molecule). As a model for protein - ligand interaction we use the interaction surfaces - geometric representation of rules governing intramolecular interactions (hydrogen bonds, hydrofobic interactions). We tested our method trying to reconstruct native binding pose of the SO4 ligand and isomerase in 5TIM (PDB) complex.

Słowa kluczowe

PL

algorytm haszowania; haszowanie geometryczne; dokowanie molekularne; ligand

EN

hashing algorithm; geometric hashing; molecular docking; ligand

• Wydawca: Wydawnictwo Politechniki Śląskiej
• Czasopismo: Zeszyty Naukowe. Automatyka / Politechnika Śląska
• Rocznik: 2006
• Tom: z. 145
• Strony: 157--162
• Opis fizyczny: Bibliogr. 7 poz.

Twórcy

autor

Pacholczyk M.

autor

Bereska D.

• Instytut Automatyki Politechniki Śląskiej, 44-100 Gliwice, ul.Akademicka 16, tel. [phone],

Bibliografia

• 1. Bohm, H-J.: LUDI: rule-based automatic design of new substituents for enzyme inhibitor leads. Journal of Computer Aided Molecular Design, 6,1992, p.593-606.
• 2. Rarey, M., Wefing, S., Langauer, T.: Placement of medium-sized molecular fragments into active sites of proteins. Journal of Computer Aided Molecular Design, 10, 1996, p. 41-54.
• 3. Berman, H.M., Westbrook, J., Feng, Z., Gilliland, G., Bhat, T.N., Weissig, H., Shindyalov, I.N., Bourne, P.E.: The Protein Data Bank. Nucleic Acids Research, 28, 2000, p. 235-242.
• 4. Wallace, A. C, Laskowski, R. A. & Thornton, J. M.: LIGPLOT: A program to generate schematic diagrams of protein-ligand interactions. Protein Engineering, 8, 1995, p. 127-134.
• 5. Wolfson H.J. Geometric hashing: an overview. IEEE Computational Science and Engineering, 13, 1997, p. 10-21.
• 6. Wolfson H.J., Nussinov R. From computer vision to protein structure and association in Computational Methods in Molecular Biology, (S. Salzberg, D.B. Searls, S. Kasif, eds.), Elsevier Science B.V, 14, 1998, p. 313-334.
• 7. Berman, H.M., Westbrook, J., Feng, Z., Gilliland, G. and Bhat, T.N.: Refined 1.83 Angstroms Structure of Trypanosomal Triosephosphate Isomerase, Crystallized in the Presence of 2.4 M-Ammonium Sulphate. A Comparison with the Structure of the Trypanosomal Triosephosphate Isomerase-Glycerol-3-Phosphate Complex, Journal of Molecular Biology, 220, 1991, p. 995-1005.