PL EN


Preferencje help
Widoczny [Schowaj] Abstrakt
Liczba wyników
Tytuł artykułu

Bioinformatyczna analiza przewidywanego klastra genów biosyntezy (+)-geodyny u Aspergillus terreus

Treść / Zawartość
Identyfikatory
Warianty tytułu
EN
Bioinformatic analysis of the predicted (+)-geodin biosynthesis gene cluster of Aspergillus terreus
Języki publikacji
PL
Abstrakty
PL
Klaster genów odpowiedzialny za biosyntezę (+)-geodyny u Aspergillus terreus został zidentyfikowany i opisany przy użyciu narzędzi bioinformatyki. Ustalono hipotetyczne funkcje produktów kodowanych przez geny klastra opisano je w kontekście proponowanego szlaku biosyntezy (+)-geodyny. Analiza pokazała, że metody in silico używane w analizie szlaków metabolicznych mogą dostarczyć cennych wskazówek dla badaczy, ale powinny być wspierane danymi eksperymentalnymi.
EN
The cluster of genes responsible for (+)-geodin biosynthesis in Aspergillus terreus was identified and described using the tools of bioinformatics. Hypothetical functions of proteins encoded by the cluster genes were established and discussed in the context of proposed (+)-gcodin biosynthesis pathway. The analysis showed that in silico methods employed in metabolic pathway analysis may provide useful guidelines for researchers, but should be always supported with experimental data.
Słowa kluczowe
Rocznik
Tom
Strony
92--94
Opis fizyczny
Bibliogr. 15 poz.
Twórcy
autor
autor
  • Katedra Inżynierii Bioprocesowej, Wydział Inżynierii Procesowej i Ochrony Środowiska, Politechnika Łódzka, Łódź
Bibliografia
  • Altschul S.F., Madden T.L., Schäffer A.A., Zhang J., Zhang Z., Miller W., Lipman D.J., 1997. Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs. Nucleic Acids Research, 25, nr 17, 3389-3402. DOI: 10.1093/nar/25.17.3389
  • Awakawa T., Yokota K., Funa N., Doi F., Mori N., Watanabe H., Horinouchi S., 2009. Physically discrete beta-lactamase-type thioesterase catalyzes product release in atrochrysone synthesis by iterative type I polyketide synthase. Chemistry & Biology, 16, nr 6, 613–623. DOI:10.1016/j.chembiol.2009.04.004
  • Cary J.W., Ehrlich K.C, Bland J.M., Montalbano B.G., 2006. The afl atoxin biosynthesis cluster gene, afl X, encodes an oxidoreductase involved in conversion of versicolorin A to demethylsterigmatocystin. Applied and Environmental Microbiology, 72, nr 2, 1096–1101. DOI:10.1128/AEM.72.2.1096–1101. 2006
  • Chang P.K., 2003. The Aspergillus parasiticus protein AFLJ interacts with the afl atoxin pathway-specifi c regulator AFLR. Molecular Genetics and Genomics, 268, nr 6, 711–719. DOI: 10.1007/s00438-003-0809-3
  • Chen Z.G., Fujii I., Ebizuka Y., Sankawa U., 1992. Emodin O-methyltransferase from Aspergillus terreus. Archives of Microbiology, 158, nr 1, 29-34. DOI: 10.1007/ BF00249062
  • Chen Z.G., Fujii I., Ebizuka Y., Sankawa U., 1995. Purifi cation and characterization of emodinanthrone oxygenase from Aspergillus terreus. Phytochemistry, 38, nr 2, 299-305. DOI: 10.1016/0031-9422(94)00543-3
  • Chooi Y.H., Cacho R., Tang Y., 2010. Identifi cation of the viridicatumtoxin and griseofulvin gene clusters from Penicillium aethiopicum. Chemistry & Biology, 17, nr 5, 483–494. DOI 10.1016/j.chembiol.2010.03.015
  • Ehrlich K.C., Montalbano, B., Boue, S.M., Bhatnagar D., 2005. An afl atoxin biosynthesis cluster gene encodes a novel oxidase required for conversion of versicolorin A to sterigmatocystin. Applied and Environmental Microbiology, 71, nr 12, 8963–8965. DOI:10.1128/AEM.71.12.8963–8965.2005
  • Fujii I., Ebizuka Y., Sankawa U., 1988. A novel anthraquinone ring cleavage enzyme from Aspergillus terreus. Journal of Biochemistry, 103, nr 5, 878-883.
  • Huang K.X., Fujii I., Ebizuka Y., Gomi K., Sankawa, U., 1995. Molecular cloning and heterologous expression of the gene encoding dihydrogeodin oxidase, a multicopper blue enzyme from Aspergillus terreus. Journal of Biological Chemistry, 270, nr 37, 21495-21502. DOI: 10.1074/jbc.270.37.21495
  • Marchler-Bauer A., Lu S., Anderson J.B., Chitsaz F., Derbyshire M.K., Deweese-Scott C., Fong J.H., Geer L.Y., Geer R.C., Gonzales N.R., Gwadz M., Hurwitz D.I., Jackson J.D., Ke Z., Lanczycki C.J., Lu F., Marchler G.H., Mullokandov M., Omelchenko M.V., Robertson C.L., Song J.S., Thanki N., Yamashita R.A., Zhang D., Zhang N., Zheng C., Bryant S.H., 2011. CDD: a Conserved Domain Database for the functional annotation of proteins. Nucleic Acids Research, 39, suppl 1, D225-D229. DOI: 10.1093/nar/gkq1189
  • Sato I., Shimizu M., Hoshino T., Takaya N., 2009. The glutathione system of Aspergillus nidulans involves a fungus-specifi c glutathione S-transferase. Journal of Biological Chemistry, 284, nr 12, 8042-8053. DOI: 10.1074/jbc. M807771200
  • Sato S., Okusa N., Ogawa A., Ikenoue T., Seki T., Tsuji T., 2005. Identifi cation and preliminary SAR studies of (+)-geodin as a glucose uptake stimulator for rat adipocytes. Journal of Antibiotics, 58, nr 9, 583-589. DOI:10.1038/ ja.2005.79
  • The UniProt Consortium, 2012. Reorganizing the protein space at the Universal Protein Resource (UniProt). Nucleic Acids Research, 40, D1, D71-D75. DOI:10.1093/nar/gkr981
  • van Pee K.H., Patallo E.P., 2006. Flavin-dependent halogenases involved in secondary metabolism in bacteria. Applied Microbiology and Biotechnology, 70, nr 6, 631-641. DOI: 10.1007/s00253-005-0232-2
Typ dokumentu
Bibliografia
Identyfikator YADDA
bwmeta1.element.baztech-article-BPP3-0002-0007
JavaScript jest wyłączony w Twojej przeglądarce internetowej. Włącz go, a następnie odśwież stronę, aby móc w pełni z niej korzystać.