Automatyczna anotacja genomu jako narzędzie biologii systemów

• Autorzy: Bizukojć M.

Warianty tytułu

EN

Automatic genome annotation as a tool of systems' biology

• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

W pracy przedstawiono metodę analizy metabolizmu organizmów polegającą na rekonstrukcji sieci metabolicznej na podstawie całkowicie lub częściowo zsekwencjonowanego genomu. Analizę tę przeprowadzono dla siedmiu gatunków grzybów nitkowych z rodzaju Aspergillus wykorzystując serwer automatycznej anotacji, a jej wyniki porównano z wybranymi danymi fizjologicznymi.

EN

A method based upon the reconstruction of fully or partially sequenced genome to analyse metabolic networks of organisms is presented. This analysis was performed for seven fungal species of genus Aspergillus with the use of automatic annotation server. The results were compared with selected physiological data.

Słowa kluczowe

PL

anotacja; genom; Aspergillus; KAAS; KEGG

EN

annotation; genome; Aspergillus; KAAS; KEGG

• Wydawca: Stowarzyszenie Inżynierów i Techników Mechaników Polskich
• Czasopismo: Inżynieria i Aparatura Chemiczna
• Rocznik: 2009
• Tom: Nr 3
• Strony: 25--27
• Opis fizyczny: Bibliogr. 9 poz.

Twórcy

autor

Bizukojć M.

• Wydział Inżynierii Procesowej i Ochrony Środowiska, Politechnika Łódzka, Łódź

Bibliografia

• 1. Y. Moriya, M. Itoh, S. Okuda, A.C. Yoshizawa, M. Kanehisa: Nucleic Acids Research 35 Web Server Issue doi: 10.1093/nar/gkm321 (2007).
• 2. KAAS - KEGG Automatic Annotation Server: www.kegg.jp/kaas
• 3. N. Kitamoto, T. Kimura, Y. Kito, K. Ohmiya, N. Tsukagoshi: Bioscience, biotechnology and biochemistry, 59, nr 91, 795, (1995).
• 4. BRENDA Braunschweig Enzyme Database: www.brenda-enzymes.info
• 5. H. Hajjaj, P. Niederberger, P. Duboc: Appl. Environ. Microbiol. 67, 2596 (2001).
• 6. J.L. Casas Lopez, J.A. Sanchez Perez, J.M. Fernandez Sevilla, F.G. Acien Fernandez, E. Molina Grima, Y. Chisti: Enz. Microb. Technol. 33, 270 (2003).
• 7. R. Schuurink, R. Busink, D.H. Hondmann, C.F. Witteveen, J. Visser: J. Gen. Microbiol. 136, 1043, (1990).
• 8. J.M. Clements, C.F. Roberts:. Curr. Gen., 9, 293 (1985).
• 9. K. Lisowska, M. Bizukojć, J. Długoński: Enz. Microb. Technol. 39, 1464, (2006).