Alternative colour space construction of the stain reaction in FISH image analysis for quantification of the HER2 gene amplification

• Autorzy: Markiewicz T. , Cichowicz M.

Warianty tytułu

PL

Alternatywne przestrzenie barw w analizie obrazów FISH w analizie ilościowej amplifikacji genu HER2

• Języki publikacji: EN

Abstrakty

EN

The paper presents a study of the different colour representation (intensity of the stain reaction) in FISH images. The better colour visualisation of the centromers and HER2 genes in these methods of the breast cancer stain has a significant influence to correct evaluation of the presence/absence HER2 gene amplification. We taken into account wide range of the image colour representation and propose alternative colour space construction, based on the selected signals in FISH image registration. The proposed approach offers the reduction of the angle between HER2 dots from about 10° to 5.5°.

PL

Artykuł prezentuje analizę różnych reprezentacji barwnych obrazów FISH. Lepsza wizualizacja barwna centromerów i genów HER2 w rozważanym barwieniu preparatów raka sutka ma znaczący wpływ na prawidłowość oceny obecności bądź braku amplifikacji tego genu. W badaniu przeanalizowano wiele reprezentacji barw oraz zaproponowano alternatywny sposób konstrukcji przestrzeni barw, poprzez użycie wybranych sygnałów z rejestracji obrazów FISH. Zaproponowane podejście pozwala zmniejszyć kąt przestrzenny pomiędzy poszczególnymi znacznikami genów HER2 z wartości około 10° do 5.5°.

Słowa kluczowe

EN

colour representation; FISH; breast cancer

PL

reprezentacja barw; FISH; rak sutka

• Wydawca: Wydawnictwo SIGMA-NOT
• Czasopismo: Przegląd Elektrotechniczny
• Rocznik: 2012
• Tom: R. 88, nr 3a
• Strony: 10--12
• Opis fizyczny: Bibliogr. 4 poz., tab.

Twórcy

autor

Markiewicz T.

autor

Cichowicz M.

• Politechnika Warszawska, Instytut Elektrotechniki Teoretycznej i Systemów Informacyjno-Pomiarowych, ul. Koszykowa 75, 00-661 Warszawa, oraz Wojskowy Instytut Medyczny, Zakład Patomorfologii, ul. Szaserów 128, 04-141 Warszawa,

Bibliografia

• [1] H. Netten, I. T. Young, L. J. van Vliet, H. J. Tanke, H. Vroljik, and W. C. R. Sloos, "Fish and chips: Automation of fluorescent dot counting in interphase cell nuclei." Cytometry, vol. 28, no. 1, pp. 1-10, 1997.
• [2] Raimondo F, Gavrielides MA, Karayannopoulou G, Lyroudia K, Pitas I, Kostopoulos I. Automated evaluation of her-2/neu status in breast tissue from fluorescent in situ hybridization images. IEEE Trans Image Process 2005;14:1288–99.
• [3] Z. Theodosiou, I.N. Kasampalidis, G. Karayannopoulou, I. Kostopoulos, M. Bobos, G. Bevilacqua, P. Aretini, A. Starita, K. Lyroudia, I. Pitas, Evaluation of FISH image analysis system on assessing HER2 amplification in breast carcinoma cases, The Breast, vol 17, pp. 82-86, 2008.
• [4] Lerner B, Clocksin WF, Dhanjal S, Hulten MA, Bishop CM. Automatic signal classification in fluorescence in situ hybridization image analysis." IEEE Transactions on Systems, Man, and Cybernetics, vol. 31, no. 6, pp. 655-665, 2001.