Algorytmy dla problemów sekwencjonowania przez hybrydyzację opartych o nieklasyczne chipy DNA

• Autorzy: Radom M. , Formanowicz P.

Warianty tytułu

EN

Algorithms for sequencing by hybridization problems based on non-classical DNA chips

• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

W niniejszym artykule przedstawione zostaną algorytmy dla problemów sekwencjonowania przez hybrydyzację opartych o dwa nieklasyczne chipy DNA. Opisane zostaną zasady kontrukcji rozpatrywanych chipów oraz sposób działania algorytmów rozwiązujących problem SBH z ich pomocą. Przedstawione zostaną także wyniki eksperymentów obliczeniowych, w których testowane będą omawiane algorytmy oraz algorytm klasyczny.

EN

In this paper algorithms for sequencing by hybridization problems based on two non-classical DNA chips are presented. The idea of these chips is briefly described and the algorithms are presented and analyzed in detail. Also the results of an extensive experiment are showed and commented.

Słowa kluczowe

PL

sekwencjonowanie DNA; sekwencjonowanie przez hybrydyzację; algorytmy

EN

DNA sequencing; sequencing by hybridization; algorithms

• Wydawca: Wydawnictwo SIGMA-NOT
• Czasopismo: Przegląd Elektrotechniczny
• Rocznik: 2010
• Tom: R. 86, nr 9
• Strony: 97--100
• Opis fizyczny: Bibliogr. 9 poz., rys., tab.

Twórcy

autor

Radom M.

autor

Formanowicz P.

• Instytut Informatyki, Wydział Informatyki, Politechnika Poznańska, ul. Piotrowo 2, 60-965 Poznań,

Bibliografia

• [1] Bains W., Smith G.C.: A novel method for nucleic acid sequence determination, Journal of Theoretical Biology, 135, pp. 303–307, 1988.
• [2] Błażewicz J., Kasprzak M., Complexity of DNA sequencing by hybridization, Theoretical Computer Science, 290, pp. 1459– 1473, 2003.
• [3] Formanowicz P.: DNA sequencing by hybridization with additional information available, Computational Methods in Science and Technology, 11, pp. 21–29, 2005.
• [4] Kwarciak K., Radom M., Formanowicz P.: DNA sequencing with negative errors and information about repetitions, Zeszyty Naukowe Politechniki S´ la˛skiej: Automatyka, 151, pp. 215– 222, 2008.
• [5] Lysov Yu.P., Florentiev V.L., Khorlin A.A., Khrapko K.R., Shik V.V., Mirzabekov A.D.: Determination of the nucleotide sequence of DNA using hybridization with oligonucleotides. A new method., Doklady Akademii Nauk SSSR, 303, pp. 1508– 1511, 1998.
• [6] Pevzner P.A.: l-tuple DNA sequencing: computer analysis, J. Biomol. Struct. Dyn., 7, pp. 63–73, 1989.
• [7] Pevzner P.A., Lipshutz R.J.: Towards DNA sequencing chips, Symposium on Mathematical Foundations of Computer Science, 841, pp. 143–158, 1994.
• [8] Sachadyn P., Kur J.: Reducing the number of microlocations in oligonucleotide microchip matrices by the application of degenerate oligonucleotides, Journal of Theoretical Biology, 197, pp. 393–401, 1999.
• [9] Hannenhalli S., Feldman W., Lewis H.F., Skiena S.S., Pevzner P.: Positional sequencing by hybridization, CABIOS, 12, pp. 19–24, 1996.