Charakterystyka genetyczna niemieckich szczepów wirusa RHD (rabbit haemorrhagic disease)

Pawlikowska, M.; Niedźwiedzka, P.; Deptula, W.

Artykuł - szczegóły

Tytuł artykułu

Charakterystyka genetyczna niemieckich szczepów wirusa RHD (rabbit haemorrhagic disease)

Autorzy

Pawlikowska M. , Niedźwiedzka P. , Deptula W.

Identyfikatory

Warianty tytułu

Genetic characteristic of german strains of RHD virus (rabbit haemorrhagic disease)

Języki publikacji

Abstrakty

Celem obecnej pracy była charakterystyka genetyczna pięciu niemieckich szczepów wirusa RHD (Eisenhuttenstadt, Erfurt, Frankfurt, Rossi, Wika), w oparciu o wyniki analiz molekularnych fragmentu o długości 510 nukleotydów, kodującego N-końcową część białka strukturalnego VP60. Analiza genetyczna na podstawie wygenerowanych drzew filogenetycznego i homologii wskazuje na stosunkowo niewielką zmienność szczepów w obrębię badanej sekwencji, która wynosiła 1-8%. Zaznaczyć jednak należy, że pomiędzy grupą I tworzoną przez szczepy Rossi i Wika), a grupą drugą, w której znajdują się pozostałe analizowane szczepy niemieckie (Eisenhuttenstadt, Erfurt, Frankfurt) widać dystans genetyczny.

The aim of the study was genetic characteristic of five German strains of RHD virus (Eisenhuttenstadt, Erfurt, Frankfurt, Rossi, Wika) on the basis on molecular analysis of a 510 bp fragment, coding N-terminal part of structural VP60. The analysis was conducted to lead to determine the phylogenetic dependence of chosen RHD strains. The analysis of five German strains of RHD virus showed that the changeability of those strains is Low, ranging from l to 8%. Nevertheless there is a need to emphasize, that between the first group consisting of Rossi and Wika and the second group with all others analyzed strains from German (Eisenhuttenstadt, Erfurt, Frankfurt) the genetic distance is visible.

Słowa kluczowe

wirus RHD poliproteina VP60 za filogenetyczne genogrupa

RHD virus polyprotein VP60 phylogenetic analysis genogroup

Wydawca

Bydgoskie Towarzystwo Naukowe

Czasopismo

Ekologia i Technika

Rocznik

2008

Tom

R. 16, nr 6

Strony

289--293

Opis fizyczny

Bibliogr. 22 poz., rys.

Twórcy

autor

Pawlikowska M.

autor

Niedźwiedzka P.

autor

Deptula W.

Uniwersytet Szczeciński, Wydział Nauk Przyrodniczych, Katedra Mikrobiologii i Immunologii, 71-412 Szczecin, ul. Felczaka 3c

Bibliografia

1. Asgari S., Hardy J-R-E., Cooke B-D. 19 Sequence analysis of rabbit haemorrhagic diseasel virus (RHDV) in Australia: alterations after its| release. Arch. Yirol. 144, 135-145.
2. Boga J.A, Casais R., Marin M.S., Martin-Alonsol J.M., Carmenes R.S., Prieto M., Parra F. 1994.1 Molecular cloning, sequencing and expression inj Escherichia coli of the capsid protein gene froml rabbit haemorrhagic disease virus (Spanish isolatej AST/89). J. Gen. Virol. 75, 2409-2413.
3. Capucci L., Fallacara F., Grazioli S., Lavazza A.,1 Pacciarini M.L., Brocchi E. 1998. A further stepin the evolution of rabbit hemorrhagic disease rus: the appearance of the first consistent antigenicj variant. Virus Res., 58, 115-126.
4. Faąuet C.M., Mayo M.A., Maniloff J., Desselbergerl U., Bali L.A.: Virus Taxonomy, Elsevier Academicj Press, London 2005, s.843-857
5. Farnos O., Boue O., Parra F., Martin-Alonso J.M.,1 Yaldes O., Joglar M., Naveda L., Naranjo P., Lleonartl R. 2005. High-level expression and immunogenic j properties of recombinant rabbit hemorrhagic J disease virus YP60 capsid protein obtained inj Pichia pastoris. J. Biotechnol. 117, 215-224.
6. Fitzner A., Kęsy A., Niedbalski W.: Badanie zmienności genetycznej wirusa RHD. IV Konf. „Biologia mole-l kularna w diagnostyce chorób zakaźnych i biotechnologii". Warszawa, 2001, s. 84-87.
7. Fitzner A., Kęsy A.2003. Zmienność genetyczna! polskich izolatów wirusa RHD. Medycyna Wet. 59,| 905-908.
8. Fitzner A.: Charakterystyka molekularna wirusa] RHD z uwzględnieniem szczepów o odmiennym fe-l notypie. Rozprawa habilitacyjna, PIW- PIB Puławy,) 2005.
9. Gali Le G., Arnauld C., Boilletot E., Morisse J.P.,1 Rasschaert D. 1998. Molecular epidemiology of rabbit haemorrhagic disease virus outbreaks inj France during 1988 to 1995. J. Gen. Virol. 79, 11-16.
10. Gall-Recule Le G., Zwingelstein F., Laurentl S., De Boisseson C., Portejoie Y., Rasschaert D.2003. Phylogenetic analysis of rabbit of rabbit haemorrhagic disease virus in France between 1993-2000, and characterization of RHDY antigenic j variants. Arch. Yirol. 148,65-81.
11. Gould A.R., Kottenbelt J.A., Lenghaus C., Moris C., Chalmberlain T., Collins B. J., Westburyl H.A. 1997. The complete nucleotide sequencing of j rabbit haemorrhagic disease virus (Czech strata J V351): use of the polymerase chain reaction to detected replication in Australian vertebrates and analysis of viral population sequence variation. Virus Res. 47, 7-17.
12. Guittre C., Rouen-Clouet N., Barrakud L., Cherel Y., Baginski I., Prave M., Gariere J.P., Trepo C., Córa L. 1996. Early stages of rabbit haemorrhagic disease viras infection monitored by polymerase chain reaction. J. Vet. Med. B. 43, 109-118
13. Hukowska-Szematowicz B.: Charakterystyka immunologiczno-genetyczna wybranych szczepów wirusa RHD (rabbit haemorhhagic disease). Praca doktorska, Uniwersytet Szczeciński, Szczecin 2006
14. Marchandeau S., Le Gall-Recule G., Bertagnoli S., Aubineau J., Botti G., LavazzaA. 2005. Serrological evidence for a non-protective RHDV-like virus. Vet. Res. 36, 53-56.
15. Matiz K., Ursu K., Keeskemeti S., Bajmocy E., Kiss I. 2006. Phylogenetic analysis of rabbit haemorrhagic disease virus (RHDV) strains isolated between 1988 and 2003 in eastern Hungary. Arch. Virol. 151, 1659-1666.
16. Meyers G., Wirblich C., Thiel H-J.1991. Rabbit haemorrhagic disease virus - molecular cloning and nucleotide sequencing of calicivirus genome. Virology 184, 664-676
17. Moss S.R., Terner S.L., Trout R.C., White P.J., Hudson P.J., Desai A., Armesto M., Forrester N.L., Gould E. 2002. Molecular epidemiology of rabbit haemorrhagic disease virus. J. Gen. Virol. 83, 2461-2467.
18. Neill J.D. 1992. Nucleotide sequence of the capsid protein gene of two serotypes of San Miąuel sea lion virus: Identification of conserved and non-conserved amino acid sequences among calicivirus capsid proteins. Yirus Res. 24, 211-222
19. Nowotny N., Bascunana C. R., Ballagi-Pordany A., Gavier-Widen D., Uhlen M., Belak S. 1997. Phylogenetic analysis of rabbit haemorrhagic disease and European brown hare syndrome viruses by comparison of seąuences from the capsid protein gene. Arch. Virol., 142, 657-673.
20. Rasschaert D., Huguet S., Madelaine M-F.. Yautherot J-F. 1994. Seąuence and genomic organization of a rabbit haemorrhagic disease virus isolated from a wild rabbit. Virus Genes 9, 121-132.
21. Van de Bildt M., Van Bolhuis G., Van Ziderveld F., Van Riel D., Drees J., Ostrehous A., KuikenT. 2006. Confirmation and phylogenetic analysis of rabbit haemorhhagic disease virus in free-living rabbits from the Netherland. J. Wildlife Dis. 42, 808-812
22. www.nebi.nlm.nih.gov GeneBank, National Center of Biotechnology Information, Pub Med.(data ostatniego sprawdzenia 30.04.2008)

Typ dokumentu

Bibliografia

Identyfikator YADDA

bwmeta1.element.baztech-article-BPG8-0041-0046