Porównywanie topologii drzew i sieci filogenetycznych z wykorzystaniem metryki błędu

• Autorzy: Bogdanowicz D. , Małafiejska A.

Warianty tytułu

EN

Comparing topology of phylogenetic trees and networks using error metric

• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

Podstawowymi modelami historii ewolucji organizmów są drzewa i sieci filogenetyczne. Ponieważ algorytmy konstrukcji filogenów zwracają różne wyniki dla tych samych danych wejściowych, powstaje problem oceny, który filogen najlepiej reprezentuje historię ewolucji dla zadanego zbioru gatunków. W pracy podano definicję metryki dla przestrzeni drzew o n liściach, zwanej metryką błędu. Dokonano przeglądu miar odległości na przestrzeni sieci filogenetycznych, bazujących na metryce wprowadzonej dla drzew, wraz z analizą modelu, dla które-go miary te spełniają nierówność trójkąta. Z wykorzystaniem programu phylonet przeprowadzono porównanie przykładowych topologii zarówno drzew, jak i sieci, oraz dokonano oceny, na ile wprowadzone miary odzwierciedlają rzeczywistość.

EN

Phylogenetic trees and networks are based models of evolution history. Because algorithm for constructions phylogenies output different values for the same input data, there is a problem of which one from phylogenies is the best representation of history of evolution for given set of species. There is given a metric definition for n-leaves tree space called error metric in this paper. For phylogenetic network space, there are defined few distance funcion based on error metric for trees, which satisfy triangle inequality only in specific case of networks. Using phylonet software there is made a comparison between topology of trees and networks, and a conclusion about reality of each metric function.

Słowa kluczowe

PL

sieci filogenetyczne; przestrzeń drzew; metryka błędu; porównanie miar odległości

EN

phylogenetic network; phylogenetic tree space; error metric; comparison topology of trees and networks

• Wydawca: Wydział Elektroniki, Telekomunikacji i Informatyki Politechniki Gdańskiej
• Czasopismo: Zeszyty Naukowe Wydziału ETI Politechniki Gdańskiej. Technologie Informacyjne
• Rocznik: 2007
• Tom: T. 12
• Strony: 117--124
• Opis fizyczny: Bibliogr. 5 poz., rys., tab.

Twórcy

autor

Bogdanowicz D.

autor

Małafiejska A.

• Katedra Algorytmów i Modelowania Systemów, Politechnika Gdańska

Bibliografia

• [1] Gordon A.D.: A measure of the agreement between rankings. Biometrika, 66:7-15, 1979.
• [2] Amenta N., Klinger J.: Case Study: Visualization of Evolutionary Trees, Case study, IEEE Information Visualization, 71-74, 2002.
• [3] Nakhleh L, Wang LS.: Phylogenetic Networks, Trees, and Clusters. International Conference on Computational Science (2): 919-926, 2005.
• [4] Moret B., Nakhleh L, Warnow T., Linder R., Tholse A., Padolina A., Sun J., Timme R. E.: Phylogenetic Networks: Modeling, Reconstructibility, and Accuracy. IEEE/ACM Trans. Comput. Biology Bioinform. 1(1): 13-23, 2004.
• [5] Narzędzie phylonet dostępne jest pod następującym adresem: http://bioinfo.cs.rice.edu/vhvlonet/