Aplikacja wspomagająca przetwarzanie sekwencji DNA: moduł edycji chromatogramu

• Autorzy: Woźniak K. , Wrona Ł.

Warianty tytułu

EN

Computer aided DNA sequence processing: the chromatogram editor

• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

Moduł edycji chromatogramu jest częścią większej aplikacji, służącej do wspomagania przetwarzania danych pochodzących z sekwencjonowania DNA. Aplikacja skonstruowana jest z odrębnych, samodzielnych programów, które współpracują dwiema drogami - poprzez popularne formaty plików, co umożliwia wprowadzenie do modułów danych opracowanych częściowo w aplikacjach zewnętrznych, oraz poprzez przesyłanie danych pomiędzy modułami, co usprawnia przetwarzanie w obrębie aplikacji. Pierwszy moduł (moduł przetwarzania chromatogramu) służy do przeglądania oraz edycji "surowej" sekwencji oraz powiązanych z nią wykresów pobudzeń chromatograficznych. Skorygowane dane można zapisać w formatach dostępnych dla zewnętrznych aplikacji (FASTA, txt) lub przesłać do drugiego modułu, obsługującego dopasowanie wielu sekwencji.

EN

The Chromatogram Editor module is a part of a complex application made to aid processing DNA sequence data. The application is organized as a set of loosely joined modules, that communicate through two interfaces - popular file formats, so you can use data partially processed in other programs, and direct connection between two neighbouring modules, making it easier to transmit data within the application. First of those modules (the Chromatogram Editor) is used to view the plots of raw photometric data from the sequencer and edit associated raw DNA sequence. Edited sequence can be exported to files of formats FASTA and txt, so it can be accessed by other applications, or sent directly to the second module, to create multisequence alignments.

• Wydawca: Wydział Elektroniki, Telekomunikacji i Informatyki Politechniki Gdańskiej
• Czasopismo: Zeszyty Naukowe Wydziału ETI Politechniki Gdańskiej. Technologie Informacyjne
• Rocznik: 2006
• Tom: T. 10
• Strony: 535--541
• Opis fizyczny: Bibliogr. 5 poz., 4 rys.

Twórcy

autor

Woźniak K.

autor

Wrona Ł.

• Katedra Algorytmów i Modelowania Systemów, Politechnika Gdańska

Bibliografia

• [1] Strona domowa Human Genome Project, (http://www.oml.gov/sci/tecln'esources/Hunian_Genome/liome.shtml)
• [2] Standard IUPAC dotyczący kodu DNA (http://bioinformatics.org/sms2/iupac.litml)
• [3] Sanger F.: Determination of micleotide seąuences in DNA, wykład na rozdaniu nagród Nobla, 1980 (http://nobelprize.org/cheiTiistry/laureates/1980/sanger-lecture.pdf
• [4] Tibbetts C., Raw Data Flle Formats, and the Digital and Analog Raw Data Streams of the ABI PRISM™377DNA Sequencer (http://www.es.emu.edu/afs/cs/proiect/genome/ftp/other/377_Raw_Data.ps)
• [5] Malafiejski M., Algorytmy kombinatoryczne - wyklady (cz. 4: algorytmy tekstowe), 2004 Gdańsk