Aplikacja wspomagająca przetwarzanie sekwencji DNA: moduł dopasowań

• Autorzy: Woźniak J. , Wrona Ł.

Warianty tytułu

EN

Computer aided DNA sequence processing: the alignment module

• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

Biologia molekularna jest obecnie bardzo dynamicznie rozwijającą się dziedziną nauki. Wzrost mocy obliczeniowej komputerów pozwala na coraz szybszą i dokładniejszą analizę wielocząsteczkowych biologicznych polimerów. Poniższy artykuł przedstawia jeden z modułów programu AlignGator - modułowego systemu przeznaczonego do analizy DNA. Omawiany moduł pozwala na tworzenie, oraz edycję wielodopasowań. W początkowej części artykułu opisane jest biologiczne znaczenie problemu tworzenia dopasowań, wraz z podstawowymi informacjami z dziedziny biologii molekularnej, pozwalającymi zrozumieć istotę problemu. Dalsza część zawiera matematyczną definicję omawianego zagadnienia. Na koniec przedstawione są rozwiązania wykorzystane w programie AlignGator, umożliwiające tworzenie wielodopasowań.

EN

Molecular biology is currently a very dynamically developing branch of science. The increase in computer processing power allows to analyze multimolecular biologic polymers with increase in speed and accuracy. This article presents one of the AIignGator software modules. AlignGator is a modular system, designed to aid in DNA processing. The module described in this article allows to create and edit multiple alignments. The first part of this article the biological meaning of the alignment problem is described, along with Some elemental molecular biology information, which allow to fully understand the nature of the problem. The following part contains a mathematical definition of multiple alignment problem. Finally - solutions used in AlignGator software in order to create multiple alignments are presented.

• Wydawca: Wydział Elektroniki, Telekomunikacji i Informatyki Politechniki Gdańskiej
• Czasopismo: Zeszyty Naukowe Wydziału ETI Politechniki Gdańskiej. Technologie Informacyjne
• Rocznik: 2006
• Tom: T. 10
• Strony: 509--515
• Opis fizyczny: Bibliogr. 13 poz., 1 rys.

Twórcy

autor

Woźniak J.

autor

Wrona Ł.

• Katedra Algorytmów i Modelowania Systemów, Politechnika Gdańska

Bibliografia

• [1] D. Gusfield, Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology, Cambridge University Press, 1997.
• [2] Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison, Biological Sequence Analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids, Cambridge University Press, 1999.
• [3] Jarosław Zola - Parallel Server for Multiple Sequence Alignment, INSTITUT NATIONAL POLYTECHNIQUE DE GRENOBLE 08.12.2005.
• [4] Julie Thompson, Toby Gibson - Clustal W versian 1.7Documentation, June 1997
• [5] Thompson, J.D., Higgins, D.G. and Gibson, T.J (1994), CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, positions-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Research, 22:4673-4680 .
• [6] Wilbur, W. J. and Lipman, D. J. (1983) Rapid similarity searches of nucleic acid and protein data banks. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 80: 726-730
• [7] Saitou, N. and Nei, M. (1987) The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees. Mol. Biol. Evol., 4: 406-425
• [8] Chenna, Rainu, Sugawara, Hideaki, Koike,Tadashi, Lopez, Rodrigo, Gibson, Toby J, Higgins, Desmond G, Thompson, Julie D. Multiple sequence alignment with the Clustal series of programs. (2003) Nucleic Acids Res 31 (13):3497-500 PubMedID: 12824352
• [9] Shmuel Pietrokovski, Introduction to making and using protein multiple alignments, (tutorial notes, March 1999)
• [10] Watson J D, Crick F H (1953) Molecular structure of nucleic acids: a structure for deoxyribose nucleic acid. Nature 171: 737-738.
• [11] F. Sanger, S. Nicklen, and A. R. Coulson, DNA sequencing with chain-terminating inhibitors, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 76, 5463-5467 (1977).
• [12] Cormen T. H., Leiserson C. E., Rivest R. L. Wprowadzenie do algorytmów WNT 2001 ISBN 83-204-2556-5
• [13] Bioinformatics. A Practical Guide to the Analysis of Cenes and Proteins. Edited by Baxevanis, AD, Franci Ouetlette BF. Wiley&Sons, 1998.