Modeling and simulation in KRAB zinc-finger research

• Autorzy: Frischmuth K. , Thiesen H. J.

Warianty tytułu

PL

Modelowanie i symulacja w badanich KRAB palców cynkowych

• Języki publikacji: EN

Abstrakty

EN

The human genome encodes about 350 KRAB zinc finger genes. The KRAB domain represents one of the strongest repression domains found in mammalian organisms. Antisera against numerous KRAB-ZNF proteins have been generated to dissect their biological functions in respect to expression patterns in normal and cancer tissues, which finally allows systems biology oriented modeling approaches. By numerical simulation we study the temporal evolution of a set of genes, assuming a certain model for interactions between their expression levels. Classification methods like SVM play an important role in the identification of the model.

PL

Geny człowieka kodują około 350 KRAB palców cynkowych. Dziedzina KRAB reprezentuje jedną z najmocniejszych dziedzin supresji pośród wszystkich znalezionych w organizmach ssaków. Wygenerowano antysera do licznych białek KRAB palców cynkowych, żeby rozróżnić ich funkcje biologiczne na podstawie poziomu ekspresji w tkankach zdrowych i rakowych. W ten sposób stworzono bazę do modelowania w ramach biologii systemowej. Za pomocą symulacji numerycznej badamy czasową ewolucję zbioru genów na podstawie pewnych założeń dotyczących interakcji między ich poziomami ekspresji. Przy identyfikacji modelu ważną rolę odgrywają metody klasyfikacji typu Maszyn Wektorów Podpierających.

Słowa kluczowe

EN

modelling; simulation; zinc fingers; KRAB; systems biology

PL

modelowanie; symulacja; palce cynkowe; KRAB; biologia systemowa

• Wydawca: Polskie Towarzystwo Symulacji Komputerowej
• Czasopismo: Symulacja w Badaniach i Rozwoju
• Rocznik: 2010
• Tom: Vol. 1, nr 2
• Strony: 131--137
• Opis fizyczny: Bibliogr. 7 poz., rys.

Twórcy

autor

Frischmuth K.

autor

Thiesen H. J.

• University of Rostock, Institute for Mathematics,

Bibliografia

• 1. Murray J.D.: Mathematical Biology I. An Introduction. Springer Series: Interdisciplinary Applied Mathematics, Vol. 17, 2004.
• 2. Murray J.D.: Mathematical Biology II. Spatial Models and Biomedical Applications. Springer Series: Interdisciplinary Applied Mathematics, Vol. 18, 2004.
• 3. Krishna S.E.; Majumdar I.; Grishin N.V.: Survey and summary: Structural classification of zinc fingers. Nucleic Acids Res. 31: 532-550, 2003.
• 4. Jamieson A.C., Miller J.C., Pabo C.O.: Drug discovery with engineered zinc-finger proteins. Nat. Rev. Drug Discov. 2: 361-8, 2003.
• 5. Carroll D.: Progress and prospects: Zinc-finger nucleases as gene therapy agents. Gene Therapy, 15: 1463-1468, 2008.
• 6. Ekker S.C.: Zinc finger-based knockout punches for zebrafish genes. Zebrafish 5: 1121-3, 2008.
• 7. Lorenz P., Kreutzer M., Kiseleva L., Qian Z., Frischmuth K., Li. Y., Thiesen H.-J.: Systems biology platform established for studying KRABZNF cell biology in human tissues as well as human neoplasias. In: M. Kellis, A. Califano, G. Stolovitzky (Eds.), Regulatory Genomics, Systems Biology DREAM3, MIT / Broad Institute / CSA, Oct 29-Nov 2, 2008.