Metody i techniki biologii molekularnej w biotechnologii środowiskowej

• Autorzy: Raszka A. , Ziembińska A. , Wiechetek A.

Warianty tytułu

EN

Molecular biotechnology techniques and methods in environmental biotechnology

• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

W ostatnich latach pojawiło się dużo różnorodnych metod pozwalających na analizę składu biocenozy oraz rozmieszczenia przestrzennego mikroorganizmów. Metody molekularne górują nad tradycyjnymi technikami, gdyż nie są uzależnione od hodowli mikroorganizmów na podłożach mikrobiologicznych. Jest to ważna cecha metod analitycznych, ponieważ przyspiesza to całą procedurę badawczą. Dodatkowo metody oparte na analizie materiału genetycznego charakteryzują się dużą czułością i powtarzalnością. W artykule opisano metody najczęściej wykorzystywane w biotechnologii środowiskowej.

EN

During last several years a wide variety of methods useful in the analyzing of biocenosis' composition and spatial microorganisms distribution appeared. A significant aspect of molecular techniques usage is its independence from traditional microbiological methods. It is an important analytical feature, because it enables a speedier research. Additionally, methods based on genetic material are more sensitive and repeatable. This article contains the description of the techniques of the most commonly used in environmental biotechnology.

Słowa kluczowe

PL

białka GFP; elektroforeza; hybrydyzacja DNA; klonowanie DNA; reakcja PCR; sekwencjonowanie DNA

EN

DNA cloning; DNA hybridization; DNA sequencing; electrophoresis; GFP; PCR

• Wydawca: Wydawnictwo Politechniki Krakowskiej im. Tadeusza Kościuszki
• Czasopismo: Czasopismo Techniczne. Środowisko
• Rocznik: 2009
• Tom: R. 106, z. 2-Ś
• Strony: 101--114
• Opis fizyczny: Bibliogr. 26 poz.,Tab., rys.,

Twórcy

autor

Raszka A.

autor

Ziembińska A.

autor

Wiechetek A.

• Katedra Biotechnologii Środowiskowej, Wydział Inżynierii Środowiska i Energetyki, Politechnika Śląska

Bibliografia

• [1] Buchowicz J., Biotechnologia molekularna, PWN, Warszawa 2007.
• [2] Harms G., Layton A., Dionisi H., Gregory I., Garrett V., Hawkins S., Robinson K., Saley G., Real-time PCR quantification of nitrifying bacteria in a municipal water treatment plant, Environ. Sci. Technol. 37 (2), 2003, 343-351.
• [3] Goerke Ch., Bayer M.G., Wolz Ch., Quantification of Bacterial Transcripts during Infection Using Competitive Reverse Transcription-PCR (RT-PCR) and LightCycler RT-PCR, Clinical And Diagnostic Laboratory Immunology 8(2), 2001, 279-282.
• [4] Moreira D., Efficient removal of PCR inhibitors using agarose-embedded DNA preparations, Nucleic Acids Research 26(13), 1998, 3309-3310.
• [5] Węgleński P. (red.), Genetyka molekularna, PWN, Warszawa 2006.
• [6] Dovich N.J., DNA sequencing by capillary electrophoresis, Electrophoresis 18, 1997, 2393-2399.
• [7] Dolnik V., DNA sequencing by capillary electrophoresis (review), J. Biochem. Biophys. Methods 41, 1999, 103-119.
• [8] Kowalchuk G.A., Naoumenko Z.S., Derikx P.J.L., Felske A., Stephen J.R., Arkhipchenko I.A., Applied Environmental Microbiology 65(2), 1999, 396-403.
• [9] Williams J., Kubelik A., Livak K., Rafalsky J., Tingey S., DNA polymorphism amplified by arbitrary primers are useful genetic markers, Nucleid Acids Res. 18, 1990, 7213-7218.
• [10] Hames B., Hooper N., Houghton J., Krótkie wykłady z biochemii, PWN, Warszawa 2002.
• [11] Olive D.M., Bean P., Principles and Applications of Methods for DNA-Based Typing of Microbial Organisms, Journal of Clinical Microbiology 37(6), 1999, 1661-1669.
• [12] Yavuz E., Gunes H., Harsa S., Bulut C., Yenidunya A., Optimization of pulsed eld gel electrophoresis (PFGE) conditions for thermophilic bacilli, World Journal of Microbiology and Biotechnology 20, 2004, 871-874.
• [13] Turner P., Mc Lennen A., Bates A., White M., Biologia molekularna – krótkie wykłady, PWN, Warszawa 1999.
• [14] Dorigo U., Volatier L., Humbert J.-F., Molecular approach to the assessment of biodiversity in aquatic microbial communities, Water Research 39, 2005, 2207-2218.
• [15] Brown T., Genomy, PWN, Warszawa 2001.
• [16] Daims H., Stoecker K., Wagner M., Fluorescence in situ hybridization for the detection of procaryotes, [in:] Advanced methods in molecular microbial ecology, Osborn A.M., Smith C.J. (eds.), Bios-Garland, Abingdon, UK, 2005, 213-239.
• [17] Wagner M., Horn M., Daims H., Fluorescence in situ hybridisation for the identification and characterisation of prokaryotes, Current Opinion in Microbiology 6, 2003, 302-309.
• [18] Kisiel A., Skąpska A., Markiewicz W., Figlerowicz M., Mikromacierze DNA, Kosmos 3–4, 2003, 295-303.
• [19] Kendall J.M., Badminton M.N., Aequorea victoria bioluminescence moves into an exciting new era, Trends Biotechnol. 16, 1998, 216-224.
• [20] Errampalli D., Leung K., Cassidy M.B., Kostrzynska M., Blears M., Lee H., Trevors J.T., Applications of the green fluorescent protein as a molecular marker in environmental microorganisms, Journal of Microbiological Methods 35, 1999, 187-199.
• [21] Bastos A.E.R., Cassidy M.B., Trevors J.T., Lee H., Rossi A., Introduction of green fluorescent protein gene into phenol-degrading Alcaligenes faecalis cells and their monitoring in phenol-contaminated soil, Appl. Microbiol. Biotechnol. 56, 2001, 225-260.
• [22] Skillman L.C., Sutherland I.W., Jones M.V., Goulsbra A., Green fluorescent protein as a novel species-specific marker in enteric dual-species biofilms, Microbiology 144, 1998, 2095-2101.
• [23] Olofsson A.C., Zita A., Hermansson M., Floc stability and adhesion of green-fluorescent-protein-marked bacteria to flocs in activated sludge, Microbiology, 144, 1998, 519-528.
• [24] Yagi K., Applications of whole-cell bacterial sensors in biotechnology and environmental science, Appl. Microbiol. Biotechnol. 73, 2007, 1251-1258.
• [25] Matejczyk M., Bakteryjne biosensory, Post. Mikrobiol. 43(2), 2004, 155-165.
• [26] Lei Y., Chen W., Mulchandani A., Microbial biosensors, Analytica Chimica Acta 568, 2006, 200-210.