PL EN


Preferencje help
Widoczny [Schowaj] Abstrakt
Liczba wyników
Tytuł artykułu

Zastosowanie modelowania matematycznego w opisie metabolizmu drobnoustrojów

Autorzy
Identyfikatory
Warianty tytułu
EN
Methematical modeling in description of microbial metabolism
Języki publikacji
PL
Abstrakty
PL
W ciągu ostatniego dziesięciolecia obszary bioinformatyki i genomiki zidentyfikowały .śruby. i .nakrętki. maszyny, która tworzy żywą komórkę. Równolegle rozwijany jest nowy kierunek badań, którego celem jest zrozumienie systemów biologicznych, związanych z modelowaniem, symulacją i wizualizacją dynamicznego zachowania się tych złożonych systemów. W pracy przedstawiono proces budowy modeli matematycznych opisujących metabolizm węgla i energii drobnoustrojów.
EN
Over the last decade, the areas of bioinformatics and genomics have identified the nuts and bolts of the machinery that make up a living cell. In parallel with such data-driven research, a new approach which aims at understanding of life mechanisms by modeling, simulating and visualization of the dynamic behaviors of complex biological systems is being developed. In this study, the process of building mathematical models of carbon and energy metabolism for microbial organisms is described.
Rocznik
Strony
1963--1971
Opis fizyczny
Bibliogr. 22 poz., rys., tab.
Twórcy
autor
  • Politechnika Łódzka, Wydział Inżynierii Procesowej i Ochrony Środowiska, ul. Wólczańska 213, 93-005 Łódź
Bibliografia
  • [1] YAO T., Bioinformatics for the genomic sciences and towards systems biology. Japanese activities in the post-genome era, Progress in Biophysics and Moleculaf'Biology, 2002, 80, 23.
  • [2] PALSSON B.O., The challenges of in silico biology, Nature Biotechnology, 2000, 18, 1147.
  • [3] LOEW L.M., SCHAFF i.C, The virtual cell: a software environment for computational cell biology, Trends in Biotechnology, 2001, 19 (10), 410.
  • [4] TAKAHASHI K., YUGI K., HASHIMOTO K., YAMADA Y., PICKETT CH.J.F., TOMITA M., Computational Challenges in Cell Simulation: A Software Engineering Approach, IEEE Intelligent Systems in Biology, 2002, 64.
  • [5] TOMITA M., Whole-cell Simulation: A Grand Challenge of the 21s' Century, Trends in Biotechnology, 2001, 19 (6), 205.
  • [6] TOMITA M., HASHIMOTO K., TAKAHASHI K.., SHIMIZU T.S., MATSUZAKI Y., MIYOSHI F., SAITO K., TANIDA S., YUGI K., VENTER J.C, HUTCHISON III C.A., E-cell: software environment for whole-cell simulation, Bioinformatics, 1999, 15 (1), 72.
  • [7] KOZA J.R., MYDLOWEC W., LANZA G., YU J., KEANE M.A., Reverse Engineering of Metabolic Pathways from Observed Data Using Genetic Programming, Pacific Symposium on Biocomputing, 2001,6, 434.
  • [8] REED J.L., PALSSON B.O., Thirteen Years of Building Constraint-Based In Silico Models of E. coli, J. Bacteriology, 2003, 185(9),2692.
  • [9] SCHILLING CH.H., COVERT M.W., FAMILI I., CHURCH G.M., EDWARDS J.S., PALSOON B.O., Genome-Scale Metabolic Model of Helicobacter pylori 26695, J. Bacteriology, 2002, 184 (16), 4582.
  • [10] COVERT M.W., SCHILLING CH.H., FAMILI I., EDWARDS J.S., GORYANIN 1.1., SELKOV E., PALSSON B.O., Metabolic modeling of microbial strains in silico., Trends in Biochemical Sciences, 2001, 26 (3), 179.
  • [11] FAMILI I., PALSSON B.O., Systemic metabolic reactions are obtained by singular value decomposition of genome-scale stoichiometric matrices, J. Theor. Biology, 2003, 224, 87.
  • [12] KRZYSTEK L., Stechiometria i kinetyka procesow metabolicznych wybranych drobnoustrojow, 2002, Zeszyty naukowe PL nr 896, Rozprawy naukowe, z.303.
  • [13] PAPIN J.A., PRICE N.D., WIBACK S.J., FELL D.A., PALSSON B.O., Metabolic pathways in the post-genome era, Trends in Biochemical Sciences, 2003, 28 (5), 250.
  • [14] PRICE N.D., PAPIN J.A., SCHILLING CH.H., PALSSON B.O., Genome-scale microbial in silico models: the constraints-based approach.Trends in Biotechnology, 2004, 21 (4), 162.
  • [15] PALSSON B.O., PRICE N.D., PAPIN J. A., Development of network-based pathway definitions: the need to analyze real metabolic networks, Trends in Biotechnology, 2003, 21 (5), 195.
  • [16] SCHILLING CH.H., LETSCHER D., PALSSON B.O., Theory for the Systemic Definition of Metabolic Pathways and their use in Interpreting Metabolic Function from a Pathway-Oriented Perspective, J. Theor. Biol., 2000, 203, 229.
  • [17] WIBACK S.J., MAHADEVAN R., PALSSON B.O., Reconstructing metabolic flux vectors from extreme pathways: defining the ct-spectrum, J. Theor. Biology, 2003, 224,313.
  • [18] EDWARDS J.S., RAMAKRISHNA R., PALSSON B.O., Characterizing the Metabolic Phenotype: A Phenotype Phase Plane Analysis, Biotechnology and Bioengineering, 2002, 77 (1), 27.
  • [19] FAMILI I., FORSTER J., NIELSEN J., PALSSON B.O., Saccharomyces cerevisiae Phenotypes can be Predicted using Constraint-based Analysis of a Genome-scale Reconstructed Metabolic Network, PNAS, 2003, 100, 13134.
  • [20] HERRGARD M.J., COVERT H.W., PALSSON B.O., Reconstruction of microbial transcriptional regulatory networks, Current Opinion in Biotechnology, 2004, 15, 70.
  • [21] WOLKENHAUER O., CHO K-H., KOLCH W., Systems Biology. Towards an understanding of dynamics of life, Bioforum Europe, 2004, 8 (1), 50.
  • [22] PAPIN J.A., PALSSON B.O., Topological analysis of mass-balanced signaling networks: a framework to obtain network properties including crosstalk, J. Theor. Biology, 2004, 227, 283.
Typ dokumentu
Bibliografia
Identyfikator YADDA
bwmeta1.element.baztech-article-BGPK-1006-4081
JavaScript jest wyłączony w Twojej przeglądarce internetowej. Włącz go, a następnie odśwież stronę, aby móc w pełni z niej korzystać.