Analysis of the DNA microarray hybridization images using morphological image processing

• Autorzy: Ilnicki F. , Iwanowski M.

Warianty tytułu

PL

Analiza obrazów mikromacierzy DNA przy użyciu morfologicznego przetwarzania obrazów

• Konferencja: PELINCEC International Workshop on "Image Processing in Industrial Information Technology- Methods and Applications" Warsaw, 14-15.10.2004
• Języki publikacji: EN

Abstrakty

EN

This paper presents the usefulness of the morphological image processing in analysis of the DNA microarray hybridization pictures. The algorithm for automatic spot positioning based on the morphological covariance and morphological reconstruction will be proposed. The algorithm presented here makes it possible to easily determine two important parameters of the microarray image: mean distance between spots and mean value of the background erosions.

PL

W artykule przedstawiono użyteczność morfologicznego przetwarzania obrazów w analizie obrazów hybrydyzacji mikromacierzy DNA. Zostanie zaproponowany wykorzystujący morfologiczną kowariancję i rekonstrukcję morfologiczną algorytm automatycznego pozycjonowania spotów. Przedstawiony algorytm umożliwia określenie w łatwy sposób dwóch ważnych parametrów obrazu hybrydyzacji: średniej odległości między spotami oraz średniej wartości erozji tła.

Słowa kluczowe

EN

mathematical morphology; DNA array; image processing

PL

morfologia matematyczna; przetwarzanie obrazu; macierz DNA

• Wydawca: Wydawnictwo SIGMA-NOT
• Czasopismo: Przegląd Elektrotechniczny
• Rocznik: 2005
• Tom: R. 81, nr 3
• Strony: 54--57
• Opis fizyczny: Bibliogr. 10 poz., rys.

Twórcy

autor

Ilnicki F.

• Warsaw University of Technology, Institute of Theoretical Electricity and Measuring Systems, , ul.Koszykowa 75, 00-661 Warszawa, Poland

autor

Iwanowski M.

• Warsaw University of Technology, Institute of Control and Industrial Electronics, ul.Koszykowa 75, 00- 662 Warszawa, Poland

Bibliografia

• [1] Angulo J., Serra J., Automatic analysis of DNA microarray images using mathematical morphology BIOINFORMATICS Vol. 19 no. 5 2003, pages 553–562
• [2] Dudoit S., Gentleman R., Irizarry R., Yang Y. H. Introduction to DNA microarray technologies http://www.bioconductor.org/workshops/WyethCourse101702/
• [3] Dudoit S., Gentleman R, Introduction to genome biology http://www.bioconductor.org/workshops/ WyethCourse101702/
• [4] Ilnicki F., BioChip – Narzędzie do analizy DNA, Przegląd Elektrotechniczny 4 2004. pages 277 -282
• [5] Iwanowski M., Automatic car number plate detection using morphological image processing, Przegląd Elektrotechniczny, this issue
• [6] Nieniewski M., Morfologia matematyczna w przetwarzaniu obrazów, PLJ Warszawa, 1998,
• [7] Serra J., Image analysis and mathematical morphology, vol.1, Academic Press, 1983,
• [8] Serra J., Image analysis and mathematical morphology, vol.2, Academic Press, 1988,
• [9] Soille P., Morphological image analysis, Springer, 2002
• [10] Yang Y. H., Buckley M., Dudoit S., Speed T., Comparison of methods for image analysis on cDNA microarray data,University of California, Berkeley, Technical Report # 584 (2002).