Parallel algorithm for sorting animal pedigrees

• Autorzy: Gierdziewicz M.

Warianty tytułu

PL

Aalgorytm w wersji współbieżnej do sortowania rodowodów zwierząt

• Języki publikacji: EN

Abstrakty

EN

In many analyses of animal genotype with the methods of quantitative genetics there is a need to account for relationships among individuals. Incorrectly calculated relationship coefficients may lead to biased estimates. The number of software packages exist which deal with that problem; however, in many of them it is assumed that pedigrees of the individuals are sorted chronologically, but in real data sets – containing information on traits and pedigrees – birth dates are often missing. In extreme cases, when (almost) no birth dates are present, the ordering must be made by comparing – at least once – each pair of individuals separately, since it is not sufficient to compare adjacent elements in order to check whether the data set is sorted. Two versions of parallel computer programs were compared, with constant or variable distance between elements of compared pairs. The results indicate that the second algorithm is more efficient.

PL

Badając genotypy zwierząt metodami genetyki ilościowej, trzeba uwzględniać spokrewnienia między zwierzętami. Niepoprawnie obliczone współczynniki spokrewnienia mogą prowadzić do oszacowań obciążonych błędem. W wielu gotowych pakietach ten problem jest uwzględniony; jednak często wymagane jest chronologiczne uporządkowanie rodowodów, ale w danych doświadczalnych często brakuje daty urodzenia zwierzęcia. W przypadkach skrajnych dla ustalenia porządku należy porównać – przynajmniej raz – każdą parę osobników w celu ich posortowania. Porównano dwie wersje algorytmu – ze stałym albo zmiennym odstępem między elementami pary w obrębie iteracji. Wyniki wskazują, że druga wersja algorytmu działa szybciej.

Słowa kluczowe

EN

animal breeding; pedigree; chronological order; parallel computing

PL

hodowla zwierząt; rodowód; porządek chronologiczny; przetwarzanie współbieżne

• Wydawca: Wydawnictwa AGH
• Czasopismo: Computer Science
• Rocznik: 2009
• Tom: Vol. 10
• Strony: 57--64
• Opis fizyczny: Bibliogr. 9 poz., tab.

Twórcy

autor

Gierdziewicz M.

• Department of Genetics and Animal Breeding, Faculty of Animal Sciences,

Bibliografia

• [1] Boldman K. G., Kriese L. A., Van Vleck L. D., Van Tassel L. A., Kachman S. D.: A manual for use of MTDFREML, a set of programs to obtain estimates of variances and covariances. Clay Center, Nebraska, USA, USDA–ARS 1993
• [2] Gilmour A. R., Cullis B. R., Welham S. J., Thompson R.: ASREML reference manual. Harpedden, UK, IACR-Rothamsted Experimental Station 2000
• [3] Henderson C. R.: A simple method of computing the inverse of a numerator relationship matrix used for prediction of breeding values. Biometrics, vol. 32, 1976, 69–79
• [4] Kennedy B. W., Quinton M., Van Arendonk J. A. M.: Estimation of effects of single genes on quantitative traits. Journal of Animal Science, vol. 70, 1992, 2000–2012
• [5] Lidauer M., Mantysaari E. A., Stranden I., Kettunen A., Poso J.: DMUIOD: A multitrait BLUP program suitable for random regression testday models. [in:] 6th World Congress „Genetics Applied to Livestock Production”, Armidale, NSW, Australia 1988
• [6] Lidauer M., Stranden I.: Fast and flexible program for genetic evaluation in dairy cattle. [in:] „International Workshop On Computational Cattle Breeding”, Tuusula, Finland 1999
• [7] Quaas R. L.: Transformed mixed model equations. A recursive algorithm to eliminate A−1. Journal of Dairy Science, vol. 72, 1989, 1937–1941
• [8] Stranden I., Lidauer M.: Parallel Computing Applied to Breeding Value Estimation in Dairy Cattle. Journal of Dairy Science, vol. 84, 2001, 276–285
• [9] Zhang Z., Li C., Todhunter R. J., Lust G., Goonewardene L., Wang Z.: An Algorithm to Sort Complex Pedigrees Chronologically without Birthdates. Journal of Animal and Veterinary Advances, vol. 8, 2009, 177–182