Zastosowanie algorytmów progowania adaptacyjnego do segmentacji barwnych obrazów mikroskopowych w badaniu metodą ELISPOT

• Autorzy: Bieniecki W. , Węgrzyn M. , Grabowski S. , Kościelska-Kasprzak K. , Drulis-Fajdasz D. , Mazanowska O. , Klinger M.

Warianty tytułu

EN

Application of adaptive thresholding algorithms to color microscope image segmentation in ELISPOT examination

• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

W artykule zaprezentowano podejście do segmentacji barwnych obrazów mikroskopowych w badaniu ELISPOT przy użyciu metod progowania składowych barwy. Pod uwagę wzięto trzy metody progowania adaptacyjnego: Bernsena, oraz dwie wersje algorytmu Peaks & Valleys. Metody te w oryginalnej postaci zostały zaprojektowane do przetwarzania obrazów monochromatycznych. Autorzy zaproponowali ich rozszerzenie na przestrzeń barw RGB. Publikacja zawiera dyskusję skuteczności działania tych algorytmów na podstawie testów przeprowadzonych na obrazach dostarczonych przez Akademię Medyczną we Wrocławiu.

EN

An approach to segmentation of color microscope images, obtained in ELISPOT examination, which utilizes color components thresholding, is presented. Three methods of adaptive thresholding have been taken into account: Bernsen and two variants of Peaks & Valleys. Primarily, the algorithms were intended for monochrome images and the authors proposed their extension to RGB color space. The properties of the algorithms have been discussed basing on the tests carried out on images provided by the Wroclaw Medical Academy.

Słowa kluczowe

PL

ELISPOT; segmentacja obrazów barwnych; progowanie adaptacyjne

EN

ELISPOT; color image segmentation; adaptive thresholding

• Wydawca: Wydawnictwa AGH
• Czasopismo: Automatyka / Akademia Górniczo-Hutnicza im. Stanisława Staszica w Krakowie
• Rocznik: 2008
• Tom: T. 12, z. 3
• Strony: 599--608
• Opis fizyczny: Bibliogr. 12 poz., rys., tab.

Twórcy

autor

Bieniecki W.

• Katedra Informatyki Stosowanej, Politechnika Łódzka

autor

Węgrzyn M.

• Katedra Informatyki Stosowanej, Politechnika Łódzka

autor

Grabowski S.

• Katedra Informatyki Stosowanej, Politechnika Łódzka

autor

Kościelska-Kasprzak K.

• Katedra i Klinika Nefrologii i Medycyny Transplantacyjnej, Akademia Medyczna we Wrocławiu

autor

Drulis-Fajdasz D.

• Katedra i Klinika Nefrologii i Medycyny Transplantacyjnej, Akademia Medyczna we Wrocławiu

autor

Mazanowska O.

• Katedra i Klinika Nefrologii i Medycyny Transplantacyjnej, Akademia Medyczna we Wrocławiu

autor

Klinger M.

• Katedra i Klinika Nefrologii i Medycyny Transplantacyjnej, Akademia Medyczna we Wrocławiu

Bibliografia

• [1] Hanson A.R., Riseman E.R., Segmentation of natural scenes. Computer Vision Systems, Hanson and Riseman (Eds), Academic Press, NJ, 1978, 129-163.
• [2] Otsu N., A threshold selection method from gray-level histograms. IEEE Transactions on Systems, Mań and Cybernetics, vol. SMC-9, Jan. 1979, 62-66.
• [3] Kittler J., Illingworth J., Foglein J., Threshold selection based in a simple image statistic. Computer Vision, Graphics and Image Processing, vol. 30, 1985, 125-147.
• [4] Bernsen J., Dynamic thresholding of grey-level images. Proceedings 8th International Conference on Pattern Recognition, Paris 1986, 1251-1255.
• [5] Celenk M., A color clustering technique for color image segmentation. Computer Vision, Graphics, and Image Processing, 52, 1990, 145-170.
• [6] Young I.T., Gerbrands J.J., van Vliet L.J., Fundamentals of Image Processing. The Netherlands at the Delft University of Technology, 1998.
• [7] Ritter G.X., Wilson J.N., Computer Vision Algorithms in Image Algebra. London, CRC Press 2001.
• [8] Gebauer B.S., Hricik D.E., Atallah A., Bryan K., Riley J., Tary-Lehmann M., Greenspan N.S., Dejelo C., Boehm B.O., Hering B.J., Heeger P.S., Evolution of the enzyme-linked immunosorbent spot assay for post-transplant alloreactivity as a potentially useful immune monitoring tool. Am. J. Transplant., vol. 2, 2002, 857-866.
• [9] Hricik D.E., Rodriguez V., Riley J., Bryan K., Tary-Lehmann M., Greenspan N., Dejelo C., Schulak J.A., Heeger P.S., Enzyme linked immunosorbent spot (ELISPOT) assay for interferon-gamma independently predicts renal function in kidney transplant recipients. Am. J. Transplant., vol. 3, 2003, 878-884.
• [10] Wójcicki D., Bieniecki W., Grabowski Sz., Kościelska-Kasprzak K,, Algorytmy przetwarzania wstępnego obrazów mikroskopowych w badaniu aktywności wydzielniczej limfocytów. XIII konf. „Sieci i systemy informatyczne", Łódź 2005, 573-580.
• [11] Strzecha K., Fabijańska A., Sankowski D., Nowe algorytmy segmentacji w wysokotemperaturowym przemysłowym systemie analizy obrazów. Automatyka (półrocznik AGH), t. 10, z. 3, 2006, 283-297.
• [12] Bieniecki W., Grabowski S., Kościelska-Kasprzak K., Drulis-Fajdasz D., Mazanowska O., Klinger M., An Algorithm for Smart ROI Detection in ELISPOT Examination Images. XV konf. „Sieci i systemy informatyczne", Łódź 2007, 133-136.