Bioinformatic environment for analyzing large scale genome sequence

• Autorzy: Sarapata K. , Sanak M.
• Języki publikacji: EN

Abstrakty

EN

Presented application for large scale genome analysis is useful to test whole chromosomes with Genscan program. Implemented solutions manage with following problems: Genscan program, as context dependent gene seeking program, makes impossible simple division of long sequences into subsequences and simple sum of results , optimization of input subsequences to obtain high level of accuracy with Genscan program, calculation of the longest input subsequences which Genscan can analyze (in comply with hardware limitations). The main result of the work is the ability of scanning large scale sequences to find genes without redundancy error or losses, while analyzing result from dividing ranges. This paper focuses on conditions of using Genscan program. Analyzed sequences came from human genome sequences.

PL

Niniejsza praca prezentuje rozwiązanie informatyczne umożliwiające analizę dużych sekwencji nukleotydowych na poziomie całych chromosomów z wykorzystaniem programu Genscan. Powstałe rozwiązania dotyczą następujących problemów: zastosowanie kontekstowego algorytmu w programie Genscan uniemożliwiającego prosty podział dużych sekwencji na mniejsze i prostego sumowania wyników skanowania, optymalizacja wejściowych subsekwencji dla uzyskania najlepszych rezultatów analizy sekwencji za pomocą programu Genscan ( high levels of accuracy program , wyznaczenie najdłuższej subsekwencji do bezpośredniej i jednokrotnej analizy programem Genscan, wynikającej z ograniczeń sprzętowych. Uzyskanym efektem pracy jest możliwość skanowania dużych sekwencji z zapewnieniem braku redundancji wyników analizy oraz braku utraty danych w miejscach podział u dużej sekwencji. W pracy zwrócono uwag ę na kryteria i warunki zastosowania programu Genscan. Analizowane dane dotyczyły genomu ludzkiego.

Słowa kluczowe

EN

genome; large scale analysis; nucleotide; sequences; distribution; Genscan wrapper

PL

analiza wieloskalowa; genom; dystrybucja; nukleotyd; sekwencja; program Genscan wrapper

• Wydawca: Uniwersytet Jagielloński - Collegium Medicum ; Index Copernicus Sp. z o.o.
• Czasopismo: Bio-Algorithms and Med-Systems
• Rocznik: 2008
• Tom: Vol. 4, no. 8
• Strony: 25--31
• Opis fizyczny: Bibliogr. 12 poz., rys.

Twórcy

autor

Sarapata K.

• Department of Bioinformatics and Telemedicine, Jagiellonian University School of Medicine

autor

Sanak M.

• Department of Medicine, Jagiellonian University School of Medicine

Bibliografia

• 1. Burge C. (1997), Identification of complete gene structures in human genomic DNA. PhD thesis. Stanford University, Stanford, CA.
• 2. Burge C., Karlin S. (1997), Prediction of complete gene structures in human genomic DNA. J. Mol. Biol. 268: 78-94.
• 3. http://genes.mit.edu/README.
• 4. Costantini M., Clay O., Auletta F., Bernardi G. (2006), An isochore map of human chromosomes. Genome Res. 16: 536-541.
• 5. Fearnhead P., Vasileiou D. (2006), Bayesian Analysis of Human Isochores. Poster. 8th Valencia International Meeting on Bayesian Statistics and the 2006 World Meeting of the International Society for Bayesian Analysis, June 2-6, 2006, Valencia.
• 6. Wen S.-Y., Zhang Ch.-T. (2003), Identification of isochore boundaries in the human genome using the technique of wavelet multiresolution analysis. Biochemical and Bio-physical Research Communications 311: 215-222.
• 7. Bernaola-Galván P., Grosse I., Carpena P., Oliver J.L., Román-Roldán R., Stanley H.E. (2000), Finding Borders between Coding and Noncoding DNA Regions by an Entropic Segmentation Method. Physical Review Letters 85, 6.
• 8. ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/H_sapiens/Assembled_chromosomes/.
• 9. http://ruby-doc.org/core/classes/IO.html#M002294.
• 10. Cormen T.H., Leiserson Ch.E., Rivest R.L., Stein C. (2005), Wprowadzenie do algorytmów. Polish trans. by K. Diks, Wydawnictwa Naukowo-Techniczne, Warszawa.
• 11. Karlin S. (1994), Statistical studies of biomolecular sequences: scorebased methods. Phil. Trans. R. Soc. Lond. Biol. 344: 391-402.
• 12. Xu Y., Uberbacher E.C. (1997), Automated gene identification in large-scale genomic sequences. J. Comput. Biol. 4: 325-338