The Approach For Computer Analysis Of Results Obtained In Two-Dimensional Electrophoresis Of Serum Protein Complexes With Congo Red

• Autorzy: Śmietański J.

Warianty tytułu

PL

Komputerowa analiza obrazu rozdziałowego kompleksów białek surowicy krwi z czerwienią Kongo powstałego w elektroforezie dwukierunkowej

• Języki publikacji: EN

Abstrakty

EN

The research of blood serum by the method of double electrophoretical separation, where the second, perpendicular run is modified by adding Congo red, inspires a lot of hope. This paper describes the attempt to create a program which is indispensable to interpret the results. The received on input scan of the glass plate is brought under preliminary processing which enables to get us rid of noise and useless information. The segmentation which is done in order to separate the objects from the background, was implemented by the method of linear image search and merge. The points are added from the darkest to the brightest ones to the single objects. The recognition of previously separated objects proceeds stage by stage, thanks to that the areas which are difficult to identify can have more distinctive marks. The value of appurtenance function is calculated by the nearest neighbour method, and for the final classification the majorizating rule is used. The calculation of percentage of each fraction proceeds by summing the brightness of the points which make the object, after the value of the background was substracted. The obtained results of the automatic recognition are promising. However, a greater amount of experimental images is needed for the full evaluating of the usefulness of the program.

PL

Badanie składu surowicy krwi metodą podwójnego rozdziału elektroforetycznego, gdzie drugi, prostopadły rozdział modyfikowany jest dodaniem czerwieni Kongo, budzi spore nadzieje. W niniejszej pracy przedstawiam próbę stworzenia oprogramowania niezbędnego do interpretacji wyników. Otrzymany na wejściu skan szklanej płytki poddawany jest wstępnej obróbce, umożliwiającej pozbycie się szumu oraz zbędnych informacji. Segmentacja, mająca na celu wyodrębnienie poszczególnych obiektów od tła, zaimplementowana została metodą liniowego przeglądania obrazu i sklejeń. Punkty do poszczególnych obiektów dodawane są w kolejności od najciemniejszych do najjaśniejszych. Rozpoznanie uprzednio wyodrębnionych obiektów odbywa się etapowo, dzięki czemu trudniej identyfikowalne plamy mają do dyspozycji większą liczbę charakteryzujących je cech. Wartość funkcji przynależności obliczana jest metodą najbliższego sąsiada, a do ostatecznej klasyfikacji stosujemy regułę majoryzacyjną. Obliczenie procentowego udziału każdej frakcji następuje poprzez zsumowanie jasności punktów składających się na obiekt, po uprzednim odjęciu wartości tła. Uzyskane rezultaty automatycznego rozpoznania są obiecujące, jednak do pełnej oceny przydatności programu konieczna jest większa liczba obrazów eksperymentalnych.

Słowa kluczowe

EN

image processing; segmentation; pattern recognition; serum protein; Congo red; electrophoresis

PL

przetwarzanie obrazów; segmentacja; rozpoznawanie obrazów; surowica krwi; czerwień Kongo; elektroforeza

• Wydawca: Uniwersytet Jagielloński - Collegium Medicum ; Index Copernicus Sp. z o.o.
• Czasopismo: Bio-Algorithms and Med-Systems
• Rocznik: 2006
• Tom: Vol. 2, no. 3
• Strony: 25--31
• Opis fizyczny: Bibliogr. 6 poz., rys.

Twórcy

autor

Śmietański J.

• Department of Pharmacokinetics and Physical Pharmacy, Medical College, Jagiellonian University, Medyczna Str. 9, 30-688 Kraków, Poland

Bibliografia

• 1. Gonzalez R., Wintz P.: Digital Image Processing, Addison-Wesley Publishing Company, 1987.
• 2. Pavlidis T.: Grafika i przetwarzanie obrazów, WNT, Warszawa 1987.
• 3. Rybarska J., Spólnik P., Drozd A., Konieczny L., Piekarska B., Stopa B., E Zemanek G., Król M., Roterman-Konieczna I.: Tworzenie i rozdział kompleksów białek surowicy z barwnikami supramolekularnymi w elektroforezie dwukierunkowej – próba opracowania komputerowej techniki analizy obrazu rozdzia¬łowego, Bio-Algorithms and Med-Systems, Vol. 1, No1/2, pp. 133-138, 2005.
• 4. Śmietański J., Projekt i implementacja systemu rozpoznają¬cego białka zawarte w surowicy krwi, Kraków 2003 (thesis)
• 5. Tadeusiewicz R.: Systemy wizyjne robotów przemysłowych, WNT, Warszawa 1992.
• 6. Tadeusiewicz R., Flasiński M.: Rozpoznawanie obrazów, PWN, Warszawa 1991.